<>" /> <>" />
معلومة

أمثلة على أسماء Clade في PhyloCode


بعد البحث في PhyloCode ، الشيء الوحيد الذي وجدته يبدو كمثال كان في المادة 9 ، الفصل 4:

يمكن اختصار التعريف المستند إلى العقدة "

يمكن اختصار التعريف المستند إلى الفرع "> A ~ Z" أو "> A ~ Z∨Y∨X [إلخ]".

يمكن اختصار التعريف المستند إلى الشكل "> M (A)".

ثم من السطور التالية ، أفترض أن هذه هي الطريقة التي ستظهر بها الأسماء في الطباعة:

يعتمد نظام الاختصارات المستخدم هنا الاصطلاحات التالية:> = "أكثر مجموعة تحتوي على"؛ <= "الكليد الأقل شمولاً الذي يحتوي على" ؛ & = "و" ؛ ∨ = "أو" ؛ ~ = "لكن ليس" ؛ A ، B ، C ، إلخ = الأنواع أو العينات المستخدمة كمحددات داخلية ؛ Z ، Y ، X ، وما إلى ذلك = الأنواع أو العينات المستخدمة كمحددات خارجية ؛ م = أبومورفي ؛ () = "من" أو "متشابك مع ذلك في" ؛ > ∇ = "احتواء التاج الأكثر شمولاً" ؛ <∇ = "أقل مجموعة تاج شمولية تحتوي على". المثلث المقلوب الذي يعني "تاج كليد" يشبه تمثيل كليد التاج على مخطط شجرة النشوء والتطور.

أتساءل عما إذا كان بإمكان المرء توضيح ما هو اسم Clade الفعلي في العالم الحقيقي الذي يستخدم PhyloCode. ربما مجرد أمثلة قليلة أو حتى واحدة فقط. على سبيل المثال ، يوجد هذا السرخس Equisetidae ، فئة فرعية من Polypodiopsida. إجمالاً لديها هذه المجموعة من الأسماء:

Kingdom Plantae Subkingdom Embryophyta (غير مرتبة) Tracheophyta (غير مرتبة) فئة euphyllophytes Polypodiopsida Subclass Equisetidae

أتساءل كيف ستعيد كتابة هذا باستخدام PhyloCode. إذا كان الأمر معقدًا للغاية أو يتطلب مجموعة من الأعمال الإضافية لتهيئة مجموعة أساسية من الرموز أو شيء ما ، فمن الجيد معرفة ذلك أيضًا. ولكن من الوثائق التي رأيتها ، يبدو أنه يقترح أنه يمكن للمرء ترجمة مصطلحات تصنيف Linnaean الحالية إلى PhyloCode بطريقة ما. محاولتي في ذلك دون أن أخوض في الوثيقة بأكملها هي:

A = Plantae B = Embryophyta C = Tracheophyta D = euphyllophytes E = Polypodiopsida F = Equisetidae

لذا فإن الاسم الكامل لها سيكون شيئًا مثلأ> ب> ج> د> ه> و. أو ربما يكون الأمر مثل هذا:

A = Plantae A> B = Embryophyta A> B> C = Tracheophyta A> B> C> D = euphyllophytes A> B> C> D> E = Polypodiopsida A> B> C> D> E> F = Equisetidae

البحث عن بعض المساعدة لفهم أفضل لكيفية ترجمة المصطلحات / الأنواع الموجودة في Linnaean إلى PhyloCode. أتساءل عما إذا كنت تعيد تسمية أشياء مثلTracheophyta، الذي يحتوي على ملف وصفي الاسم اللاتينيأ> ب> ج، وهو ملف غير وصفي المعرف. شكرا لك.


كليد

مصطلح "clade" يأتي من اليونانية "كلادوس، "لـ" الفرع ". من المفيد التفكير في الكليد على أنه "فرع" واحد على شجرة الحياة ، حيث يكون السلف المشترك هو المكان الذي ينفصل فيه الفرع عن الجذع الرئيسي.

لأن الكليد هي طريقة للتفكير في "فروع شجرة الحياة" ، يمكن للكليد أن يحتوي فقط على كائنات حية تشترك في سلف مشترك. كليد يحتوي أيضا الكل أحفاد هذا الفرع ، باستثناء لا شيء.

تعتبر Clades مفيدة في دراسة علم الأحياء لأن علماء الأحياء يدرسون كيفية عمل الحياة وكيف تتغير بمرور الوقت. إن معرفة كيف انحدرت الأنواع المختلفة من سلف مشترك ، وكيف أنها متشابهة أو مختلفة ، يمكن أن تساعد علماء الأحياء على فهم كيفية تطور الخصائص المختلفة للحياة.

يوضح هذا الرسم أدناه كيفية تحديد وتعريف الكليد. لا يمثل الصندوق الأخضر كليدًا حقيقيًا ، لأنه لم يتم تضمين جميع أسلاف أقدم سلف مشترك. على النقيض من ذلك ، فإن الصناديق الزرقاء والبرتقالية عبارة عن مجموعات حقيقية لأنها تحتوي على سلف مشترك وجميع أحفاد ذلك السلف.

دراسة الكلاديسيات هي دراسة تصنيف الكائنات بناءً على علاقاتها مع بعضها البعض.

تستخدم Clades لمساعدة العلماء على فهم أوجه التشابه والاختلاف بين أشكال الحياة ، وكيف تتغير الحياة وتتطور بمرور الوقت.

نشأت فكرة تصنيف الكائنات بناءً على ارتباطها بنظرية داروين في التطور. عندما اكتشف داروين أن مجموعات الحيوانات يمكن أن تغير خصائصها الفيزيائية بمرور الوقت ، أدرك أن السكان يمكن أن ينقسموا إلى أنواع مختلفة بمرور الوقت.

ثم افترض أن الأنواع ذات الخصائص المتشابهة ، مثل البشر والقردة ، ربما تنحدر في مرحلة ما من نفس السلف المشترك.

حتى نظرية التطور لداروين & # 8217 ، حاول علماء الأحياء فهم الأنواع وتصنيفها وفقًا للسمات السطحية. على سبيل المثال ، تم تعريف الثدييات على أنها كائنات حية لها شعر ، ولها أربعة أطراف ، وترعى صغارها - لكن علماء الأحياء قبل الداروينية لم يصدقوا أن الثدييات مرتبطة ببعضها ، بل متشابهة فقط.

في ظل هذا النظام ، لم تتم الإجابة على السؤال عن سبب وجود العديد من الأنواع المختلفة - ولماذا بعضها متشابه جدًا مع بعضها البعض ، في حين أن البعض الآخر مختلف تمامًا - لم تتم الإجابة عليه.

جلبت نظرية داروين والتطور أجوبة لهذه الأسئلة. كان هناك العديد من أنواع الكائنات الحية نظرًا لوجود العديد من البيئات المختلفة ، والعديد من "المنافذ" المختلفة داخل تلك البيئات للبقاء على قيد الحياة. بمرور الوقت ، طورت الكائنات الحية العديد من السمات المختلفة للسماح لها بالبقاء والتكاثر بنجاح.

وبالمثل ، أوضح هذا سبب اختلاف بعض أنواع الحيوانات ، في حين أن البعض الآخر كان متشابهًا للغاية. الأسود والنمور ، على سبيل المثال ، ربما تباعدوا عن سلف مشترك مؤخرًا ربما كان للأسود والقرود سلف مشترك كان لديه فراء ورعاية صغارها ، ولكن من الواضح أن ذلك كان منذ وقت طويل جدًا وحدث الكثير من التغيير لكلا النوعين منذ ذلك الحين .

اليوم ، تستمر دراسة علم الكسوة في مساعدتنا على فهم من أين أتينا. سمحت لنا التطورات الأخيرة في علم الوراثة بإيجاد أوجه تشابه واختلاف مجهري بين أشكال الحياة ، مما أدى إلى بعض المفاجآت.

تتضمن بعض الاكتشافات المثيرة للاهتمام التي نتجت عن نهج البيولوجيا الجزيئية في علم الكسوة ما يلي:

    ترتبط ارتباطًا وثيقًا بالحيوانات أكثر من ارتباطها بالنباتات. عند دراسة الجينوم الخاص بنا ، يعتقد العلماء الآن أن أسلاف الفطريات والحيوانات قد تباعدوا بعد أن كان سلف النباتات بالفعل سلالة منفصلة. يجيب هذا على أسئلة حول الاختلافات المثيرة للاهتمام بين الفطريات والنباتات ويساعدنا على فهم كيفية تطور خلايانا وخصائصها # 8217. - صُنف سابقًا على أنه مجرد "نوع غريب من البكتيريا" & # 8211 هو في الواقع فرع منفصل تمامًا من الحياة عن البكتيريا الحديثة. وهي تختلف جينيًا وجزيئيًا اختلافًا كبيرًا عن البكتيريا الحديثة والكائنات متعددة الخلايا.
  • يشير تحليل الجينوم إلى أن الكائنات متعددة الخلايا مثلنا ربما تكون قد تطورت بالفعل من البكتيريا القديمة. على الرغم من أن خلاياها تبدو مختلفة تمامًا عن خلايانا الآن ، فقد تم العثور على بعض الجينات الموجودة في خلايانا في البكتيريا القديمة التي لا توجد في البكتيريا الحديثة.

محتويات

تربط التسميات الوراثية الأسماء بالصفوف ، وهي مجموعات تتكون من سلف وجميع المتحدرين منه. يمكن أن تسمى هذه المجموعات بشكل مكافئ monophyletic. هناك طرق مختلفة قليلاً لتحديد السلف ، والتي تمت مناقشتها أدناه. بمجرد تحديد السلف ، يتم تحديد معنى الاسم: يتم تضمين الجد وجميع الكائنات الحية التي هي من نسله في التصنيف المسمى. يتطلب سرد كل هذه الكائنات (أي توفير حصر كامل) معرفة شجرة النشوء والتطور الكاملة. من الناحية العملية ، لا توجد سوى فرضية واحدة أو أكثر فيما يتعلق بالشجرة الصحيحة. تؤدي الفرضيات المختلفة إلى الاعتقاد بأن كائنات مختلفة مدرجة في التصنيف المسمى ، ولكنها لا تؤثر على الكائنات الحية التي ينطبق عليها الاسم فعليًا. بهذا المعنى ، الاسم مستقل عن مراجعة النظرية. [ بحاجة لمصدر ]

تحرير التعريفات التطورية لأسماء الكليد

تربط التسميات النشوء والتطور الأسماء بالكتل ، وهي مجموعات تتكون فقط من سلف وجميع أحفاده. كل ما هو مطلوب لتحديد كليد ، لذلك ، هو تعيين السلف. هناك عدد من الطرق للقيام بذلك. بشكل عام ، يُشار إلى السلف من خلال علاقته باثنين أو أكثر محددات (الأنواع أو العينات أو السمات) التي تم ذكرها صراحة. يوضح الرسم التخطيطي ثلاث طرق شائعة للقيام بذلك. بالنسبة للكتل A و B و C المحددة مسبقًا ، يمكن تعريف الكليد X على النحو التالي:

  • أ التعريف القائم على العقدة يمكن قراءة: " آخر سلف مشترك من A و B ، وجميع أحفاد ذلك السلف ". وهكذا ، فإن الخط بأكمله أسفل تقاطع A و B يعمل ليس تنتمي إلى الكليد الذي يشير إليه الاسم بهذا التعريف.
  • أ التعريف القائم على الفرع، وغالبًا ما تسمى أ التعريف القائم على الجذعية، يمكن أن يقرأ: " أول سلف A الذي ليس أيضًا أحد أسلاف C ، وجميع أحفاد ذلك الجد ". وهكذا ، فإن الخط بأكمله أسفل تقاطع A و B (بخلاف النقطة السفلية) هل تنتمي إلى الكليد الذي يشير إليه الاسم بهذا التعريف.
  • ان تعريف مبني على أبومورفي يمكن أن تقرأ: "أول سلف لـ A يمتلك الصفة M التي ورثها A ، وجميع أحفاد ذلك الجد". في الرسم التخطيطي ، يتطور M عند تقاطع الخط الأفقي مع الشجرة. وهكذا ، فإن الكليد الذي يشير إليه الاسم بهذا التعريف يحتوي على ذلك الجزء من السطر الموجود أسفل آخر سلف مشترك لـ A و B والذي يتوافق مع أسلاف يمتلكون الأبومورفي M. يتم استبعاد الجزء السفلي من السطر. لا يشترط أن يكون لدى B سمة M فقد تكون اختفت في النسب المؤدي إلى B.

يتم توفير العديد من البدائل الأخرى في كود PhyloCode، [3] (انظر أدناه) على الرغم من عدم وجود محاولة لتكون شاملة.

تسمح التسمية التطورية باستخدام ، ليس فقط من الأجداد علاقات، ولكن أيضًا خاصية من كونها موجودة. إحدى الطرق العديدة لتحديد العصر الحديث (الطيور الحديثة) ، على سبيل المثال ، هي:

تتكون عائلة Neornithes من آخر سلف مشترك لـ موجود أعضاء الكليد الأكثر شمولاً الذي يحتوي على الببغاء كاكاتوا جاليريتا لكن ليس الديناصور ستيجوسورس أرماتوس وكذلك جميع أحفاد ذلك الجد.

Neornithes عبارة عن كليد تاج ، كليد يكون فيه آخر سلف مشترك لأعضائه الحاليين هو أيضًا سلف مشترك آخر لـ الكل أعضائها.

تحرير أسماء العقد

  • عقدة التاج: أحدث سلف مشترك للأنواع المأخوذة من كليد الفائدة
  • العقدة الجذعية: أحدث سلف مشترك لفرع الفائدة و كليد أخته

التعاريف المستندة إلى النسب لأسماء الأصناف paraphyletic و polyphyletic Edit

في ال كود PhyloCode، فقط كليد يمكن أن يتلقى "تعريف النشوء والتطور" ، وقد لوحظ هذا التقييد في هذه المقالة. ومع ذلك ، من الممكن أيضًا إنشاء تعريفات لأسماء المجموعات الأخرى التي هي من أصل نسبي بمعنى أنها تستخدم فقط علاقات الأسلاف المرتكزة على الأنواع أو العينات. [4] على سبيل المثال ، بافتراض تعريف Mammalia و Aves (الطيور) بهذه الطريقة ، يمكن تعريف Reptilia على أنها "أحدث سلف مشترك لـ Mammalia و Aves وجميع أحفادها باستثناء Mammalia و Aves". هذا مثال على مجموعة paraphyletic ، كليد ناقص واحد أو أكثر من الفروع التابعة. يمكن تعريف أسماء المجموعات متعددة الخصائص ، التي تتميز بسمة تطورت بشكل متقارب في مجموعتين فرعيتين أو أكثر ، على أنها مجموع المجموعات المتعددة. [4]

بموجب رموز التسمية التقليدية ، مثل المدونة الدولية لتسميات علم الحيوان والمدونة الدولية لتسمية الطحالب والفطريات والنباتات ، لا يمكن تسمية الأصناف التي لا ترتبط صراحةً بالرتبة رسميًا ، لأن تطبيق اسم على يعتمد التصنيف على كل من النوع والرتبة. شرط الحصول على رتبة هو اختلاف رئيسي بين التسميات التقليدية والتطور. لها عواقب عديدة: فهي تحد من عدد المستويات المتداخلة التي يمكن عندها تطبيق الأسماء ، وتتسبب في تغيير نهايات الأسماء إذا تم تغيير ترتيب المجموعة ، حتى لو كان لديها نفس الأعضاء بالضبط (أي نفس النطاق) وهي يتعارض منطقيًا مع كون جميع الأصناف أحادية النمط.

خاصة في العقود الأخيرة (بسبب التقدم في علم الوراثة العرقي) ، قام علماء التصنيف بتسمية العديد من الأصناف "المتداخلة" (أي الأصناف الموجودة داخل الأصناف الأخرى). لا يحاول أي نظام للتسمية تسمية كل كليد ، سيكون هذا صعبًا بشكل خاص في المصطلحات التقليدية نظرًا لأنه يجب إعطاء كل تصنيف مسمى مرتبة أقل من أي تصنيف مسمى يكون متداخلاً فيه ، وبالتالي فإن عدد الأسماء التي يمكن تعيينها في مجموعة متداخلة من الأصناف لا يمكن أن تكون أكبر من عدد الرتب المعترف بها بشكل عام. Gauthier et al. (1988) [5] اقترح أنه إذا تم تعيين Reptilia في المرتبة التقليدية الخاصة بها ، فإن تصنيف النشوء والتطور يجب أن يعين رتبة الجنس لـ Aves. [6] في مثل هذا التصنيف ، كل شيء

بعد ذلك سيتعين دمج 12000 نوع معروف من الطيور الموجودة والمنقرضة في هذا الجنس.

تم اقتراح حلول مختلفة مع الحفاظ على رموز التسمية القائمة على الرتبة. اقترح باترسون وروزن (1977) [7] تسعة رتب جديدة بين الأسرة والعائلة الفائقة من أجل أن يكون بمقدورهم تصنيف كليد من الرنجة ، وقدم ماكينا وبيل (1997) [8] مجموعة كبيرة من الرتب الجديدة من أجل التأقلم مع تنوع Mammalia هذه لم يتم تبنيها على نطاق واسع. في علم النبات ، اختارت مجموعة أنجيوسبيرم نسالة ، المسؤولة عن التصنيف الأكثر استخدامًا حاليًا للنباتات المزهرة ، نهجًا مختلفًا. لقد احتفظوا بالرتب التقليدية للعائلة والنظام ، معتبرين إياها ذات قيمة في التدريس وفي دراسة العلاقات بين الأصناف ، لكنهم قدموا أيضًا كيانات مسماة بدون رتب رسمية. [9]

تحتوي الرموز الحالية أيضًا على قواعد تنص على أن الأسماء يجب أن يكون لها نهايات معينة اعتمادًا على رتبة التصنيف الذي يتم تطبيقها عليه. عندما يكون للمجموعة مرتبة مختلفة في تصنيفات مختلفة ، يجب أن يكون لاسمها لاحقة مختلفة. أعطى Ereshefsky (1997: 512) [6] مثالاً. وأشار إلى أن سيمبسون في عام 1963 وييلي في عام 1981 اتفقا على أن نفس المجموعة من الأجناس التي تضمنت الجنس وطي، يجب أن توضع معًا في تصنيف. تعامل سيمبسون مع هذا التصنيف كعائلة ، ومن ثم أطلق عليها اسم "Hominidae": "Homin-" من "Homo" و "-idae" كعائلة تنتهي تحت رمز علم الحيوان. اعتبرها وايلي من رتبة قبيلة ، ولذلك أطلق عليها اسم "Hominini" ، حيث تكون "-ini" هي نهاية القبيلة. شكلت قبيلة وايلي Hominini جزءًا فقط من عائلة أطلق عليها "Hominidae". وهكذا ، بموجب قانون علم الحيوان ، تم إعطاء مجموعتين لهما نفس التحديد على وجه التحديد أسماء مختلفة (Hominidae و Wiley's Hominini) ومجموعتين تحملان نفس الاسم كان لها حدود مختلفة (Simpson's Hominidae و Wiley's Hominidae).

في التسميات التطورية ، ليس للرتب أي تأثير على تهجئة أسماء الأصناف (انظر على سبيل المثال Gauthier (1994) [10] و كود PhyloCode). الرتب ، ومع ذلك ، ليست ممنوعة تماما في التسميات النشوء والتطور. يتم فصلها فقط عن المصطلحات: فهي لا تؤثر على الأسماء التي يمكن استخدامها ، والأصناف المرتبطة بالأسماء ، والأسماء التي يمكن أن تشير إلى الأصناف المتداخلة. [11] [12] [13]

مبادئ التسميات التقليدية القائمة على الرتب غير متوافقة منطقيا مع كون جميع الأصناف أحادية النمط بشكل صارم. [11] [14] يجب أن ينتمي كل كائن حي إلى جنس ، على سبيل المثال ، لذلك يجب أن يكون هناك جنس لكل سلف مشترك للثدييات والطيور. لكي يكون هذا الجنس أحادي النمط ، يجب أن يشمل كلا من فئة Mammalia والطبقة Aves. ومع ذلك ، في التسميات القائمة على الرتبة ، يجب أن تتضمن الفئات الأجناس ، وليس العكس.

يعكس التعارض بين التسميات التقليدية والتطور النسب وجهات نظر مختلفة عن الميتافيزيقيا ونظرية المعرفة الخاصة بالتصنيفات. بالنسبة إلى دعاة التسميات النشوء والتطور ، فإن الصنف هو فرد ، كيان يكتسب ويخسر سمات مع مرور الوقت. [15] تمامًا كما لا يصبح الشخص شخصًا آخر عندما تتغير خصائصه من خلال النضج أو الشيخوخة أو تغييرات جذرية أكثر مثل فقدان الذاكرة أو فقدان أحد الأطراف أو تغيير الجنس ، لذلك تظل الأصنوفة هي نفس الكيان مهما كان يتم اكتساب الخصائص أو فقدها. [16] بالنظر إلى الادعاءات الميتافيزيقية القوية بشأن الكيانات غير القابلة للرصد التي قدمها المدافعون عن تسميات النشوء والتطور ، أشار النقاد إلى نهجهم على أنه أصل الجوهر. [17] [18]

بالنسبة لأي فرد ، يجب أن يكون هناك شيء يربط بين مراحله الزمنية بحيث يظل هو نفسه. بالنسبة للإنسان ، توفر الاستمرارية الزمانية المكانية للجسم الصلة ذات الصلة من الطفولة إلى الشيخوخة ، ويتتبع الجسم مسارًا مستمرًا عبر العالم وهذا المسار ، وليس أي خصائص للفرد ، هو الذي يربط الطفل بالعمر الثمانيني. . [19] هذا مشابه للمشكلة الفلسفية المعروفة لسفينة ثيسيوس. بالنسبة للأصناف ، إذا كانت الخصائص غير ذات صلة ، فيمكن أن تكون فقط علاقات الأسلاف التي تربط الديفوني Rhyniognatha هيرستي مع فراشة الملك الحديثة كممثلين ، مفصولين بـ 400 مليون سنة ، من الصنف Insecta. [16] يشكك المعسكر المعارض في فرضية هذا القياس ، ويجادل ، من منظور معرفي ، بأن أعضاء التصنيف لا يمكن التعرف عليهم إلا تجريبيًا على أساس شخصياتهم ، وفرضيات الأصل المشترك هي نتائج علم اللاهوت النظامي ، وليس فرضيات مسبقة . إذا لم تكن هناك شخصيات تسمح للعلماء بالتعرف على الحفرية على أنها تنتمي إلى مجموعة تصنيفية ، فهي مجرد قطعة صخرية لا يمكن تصنيفها. [20]

إذا كان السلالة كافية لاستمرارية الصنف ، فسيتم أيضًا تضمين جميع المتحدرين من أحد أعضاء الأصناف في الصنف ، لذلك فإن جميع الأصناف الحسنة النية أحادية النمط ، ولا تستحق أسماء المجموعات المصنفة اعترافًا رسميًا. نظرًا لأن "Pelycosauria" تشير إلى مجموعة paraphyletic التي تتضمن بعض رباعيات الأرجل البرمية ولكن ليس أحفادها الموجودة ، فلا يمكن قبولها كاسم تصنيف صالح. مرة أخرى ، على الرغم من عدم الاختلاف مع الفكرة القائلة بأنه يجب تسمية مجموعات أحادية الفصيلة فقط ، فإن النظاميين التجريبيين يواجهون هذه الأصولية السلفية من خلال الإشارة إلى أن البليكوصورات تُعرف على أنها متشابهة الشكل لأنها تظهر مزيجًا من التشابك العصبي والتشابهات المتشابهة مما يشير إلى أن بعضها أقرب إلى- ترتبط بالثدييات أكثر من ارتباطها ببيليكوصورات أخرى. إن الوجود المادي لتجمع من الأحافير ووضعها ككليد ليسا نفس القضية. تستحق المجموعات أحادية النمط الاهتمام والتسمية لأنها تشترك في خصائص الاهتمام - التشابك العصبي - وهذا هو الدليل الذي يسمح باستدلال أصل مشترك. [21]

التسميات النشوء والتطور هي امتداد دلالي للقبول العام للتفرع في سياق التطور ، ممثلة في الرسوم البيانية لجان بابتيست لامارك والكتاب اللاحقين مثل تشارلز داروين وإرنست هيكل. [23] في عام 1866 ، قام هيكل لأول مرة ببناء شجرة واحدة لجميع أشكال الحياة بناءً على التصنيف الحالي للحياة الذي تم قبوله في ذلك الوقت. كان هذا التصنيف قائمًا على التصنيف ، لكنه لم يحتوي على تصنيفات اعتبرها هيجل متعددة الأنواع. في ذلك ، قدم هيكل رتبة الشعبة التي تحمل دلالة أحادية في اسمها (تعني حرفيا "الجذع").

منذ ذلك الحين ، نوقش في أي طرق وإلى أي مدى يجب استخدام فهمنا لتطور الحياة كأساس لتصنيفها ، مع وجهات نظر تتراوح من "التصنيف العددي" (علم الظواهر) حول "التصنيف التطوري" (التدرج) ل "علم الوراثة النظامي". من الستينيات فصاعدًا ، تم اقتراح التصنيفات غير المرتبة في بعض الأحيان ، ولكن بشكل عام ، تم استخدام المبادئ واللغة المشتركة للتسميات التقليدية من قبل جميع مدارس الفكر الثلاث.

ومع ذلك ، يمكن إرجاع معظم المبادئ الأساسية لتسميات النشوء والتطور (الافتقار إلى الرتب الإلزامية ، وشيء قريب من التعريفات التطورية) إلى عام 1916 ، عندما فسّر إدوين جودريتش [24] اسم سوروبسيدا ، الذي أقامه تي إتش هكسلي قبل 40 عامًا ، تشمل الطيور (Aves) بالإضافة إلى جزء من Reptilia ، وصاغ الاسم الجديد Theropsida ليشمل الثدييات بالإضافة إلى جزء آخر من Reptilia. نظرًا لوجود هذه الأصناف فوق المستويات التي تحكمها تقليديًا قواعد التسمية الحيوانية ، لم يؤكد جودريتش على الرتب ، لكنه ناقش بوضوح السمات التشخيصية اللازمة للتعرف على الأحافير التي تنتمي إلى المجموعات المختلفة وتصنيفها. على سبيل المثال ، فيما يتعلق بالمشط الخامس للساق الخلفية ، قال: "الحقائق تدعم وجهة نظرنا ، لأن هذه الزواحف المبكرة لها مشط طبيعي مثل أسلافها البرمائيات. ومن الواضح ، إذن ، أن لدينا هنا شخصية داعمة قيمة تساعدنا في تحديد ما إذا كان نوع معين ينتمي إلى خط التطور Theropsidan أو Sauropsidan. " واختتم جودريتش ورقته البحثية: "إن امتلاك هذه الشخصيات يدل على أن جميع حيوانات الزواحف الحية تنتمي إلى مجموعة سوروبسيدان ، في حين أن بنية القدم تمكننا من تحديد أوجه التشابه بين العديد من الأجناس الأحفورية غير المعروفة بشكل كامل ، واستنتاج أن بعض الأوامر المنقرضة فقط هي التي يمكنها تنتمي إلى فرع Theropsidan ". رأى جودريتش أنه يجب التخلي عن اسم Reptilia بمجرد معرفة سلالة الزواحف بشكل أفضل.

أصبح المبدأ القائل بأنه يجب تسمية الكليد فقط رسميًا شائعًا في بعض الدوائر في النصف الثاني من القرن العشرين. ينتشر مع طرق اكتشاف الكليد (cladistics) وهو جزء لا يتجزأ من النظم النظامية للتطور (انظر أعلاه). في الوقت نفسه ، أصبح من الواضح أن الرتب الإلزامية التي هي جزء من النظم التقليدية للتسميات أدت إلى مشاكل. اقترح بعض المؤلفين التخلي عنها تمامًا ، بدءًا من تخلي ويلي هينيغ [25] عن اقتراحه السابق لتعريف الرتب على أنها فئات عمرية جيولوجية. [26] [27]

يمكن تأريخ أول استخدام لتسميات النشوء والتطور في منشور إلى عام 1986. [28] ورقات نظرية توضح مبادئ التسميات النشوء والتطور ، بالإضافة إلى المزيد من المنشورات التي تحتوي على تطبيقات لتسميات النشوء والتطور (معظمها للفقاريات) ، وسرعان ما تبعها (انظر قسم الأدب) .

في محاولة لتجنب الانقسام في المجتمع المنهجي ، "اقترح غوتييه على عضوين من ICZN تطبيق الأسماء التصنيفية الرسمية التي يحكمها قانون الحيوان فقط على الأغطية (على الأقل للأصناف فوق النوعية) والتخلي عن رتب لينيان ، ولكن هذين رفض الأعضاء على الفور هذه الأفكار "(Laurin، 2008: 224). [29] تستند فرضية الأسماء في التسميات التقليدية ، في نهاية المطاف ، إلى عينات النوع ، ويعتبر تحديد المجموعات اختيارًا تصنيفيًا من قبل النظاميين العاملين في مجموعات معينة ، بدلاً من قرار التسمية الذي يتم اتخاذه بناءً على قواعد مسبقة في الرموز في التسمية. [30] أدت الرغبة في إدراج الدوائر التصنيفية ضمن التعريفات الطبيعية للتسمية إلى قيام كيفن دي كويروز وعالم النبات فيليب كانتينو بالبدء في صياغة قانون التسميات الخاص بهما ، كود PhyloCode، لتنظيم التسميات النشوء والتطور.

أثار العمل الرائد لـ Willi Hennig نقاشًا حماسيًا [31] حول المزايا النسبية للتسميات التطورية مقابل تصنيف Linnaean ، أو النهج المرتبط بالتصنيف التطوري ، والذي استمر حتى الوقت الحاضر. [32] بعض النقاشات التي انخرط فيها الكلاديون كانت جارية منذ القرن التاسع عشر. [33] بينما أصر هينيغ على أن مخططات التصنيف المختلفة كانت مفيدة لأغراض مختلفة ، [34] أعطى الأسبقية لخاصته ، مدعيًا أن فئات نظامه لديها "الفردية والواقع" على عكس "التجريدات الخالدة" للصرف- التصنيفات القائمة. [35]

يقال إن التصنيفات الرسمية القائمة على التفكير الكلداني تؤكد على النسب على حساب الخصائص الوصفية. ومع ذلك ، فإن معظم علماء التصنيف اليوم يتجنبون المجموعات شبه الحركية كلما اعتقدوا أن ذلك ممكنًا في تصنيف لينيان ، فقد تلاشت الموضة منذ فترة طويلة. يعتقد العديد من الكلاديين أن الرموز التقليدية لعلم الحيوان والنبات تتوافق تمامًا مع المناهج cladistic ، وأنه ليست هناك حاجة لإعادة اختراع نظام أسماء يعمل بشكل جيد لمدة 250 عامًا [36] [37] [38]

ال ICPN، أو كود PhyloCode، هو رمز القواعد والتوصيات لتسميات النشوء والتطور.

  • ال ICPN ينظم أسماء الكليد فقط. تعتمد أسماء الأنواع على قواعد الرموز التقليدية للتسمية.
  • يتم المطالبة بمبدأ الأولوية (أو "الأسبقية") للأسماء والتعريفات داخل ICPN. كانت نقطة البداية للأولوية 30 أبريل 2020.
  • يجب نشر تعريفات الأسماء الحالية والأسماء الجديدة جنبًا إلى جنب مع تعريفاتها في أعمال خاضعة لمراجعة الأقران (في تاريخ البدء أو بعده) ويجب تسجيلها في قاعدة بيانات عبر الإنترنت حتى تكون صالحة.

عدد المؤيدين لاعتماد واسع النطاق ل كود PhyloCode لا يزال صغيراً ، ومن غير المؤكد مدى اتساع نطاق اتباعه.

  1. ^ اللجنة الدولية لتسميات علم الحيوان (1999). "قائمة المصطلحات". الكود الدولي لمصطلحات علم الحيوان (الطبعة الرابعة). ردمك 978-0-85301-006-7.
  2. ^
  3. بنتون ، مايكل ج. (2005). علم الحفريات الفقارية. بلاكويل. ص. 214- ردمك 978-0-632-05637-8.
  4. ^
  5. كانتينو ، فيليب د. & أمبير دي كويروز ، كيفين (2010). "المادة 9. المتطلبات العامة لإنشاء أسماء كليد". الكود الدولي لتسميات النشوء والتطور. 4 ج. الملاحظة 9.3.1. .
  6. ^ أب
  7. دي كويروز ، ك.غوتييه ، ج. (1990). "علم التطور العرقي كمبدأ مركزي في التصنيف: التعريفات التطورية لأسماء الأصناف". علم الحيوان المنهجي. 39 (4): 307 - 322. دوى: 10.2307 / 2992353. JSTOR2992353.
  8. ^ Gauthier، J.، Estes، R. & amp de Queiroz، K. 1988. A Phylogenetic Analysis of Lepidosauromorpha. ص. 15-98 في R. Estes و amp G. Pregill (محرران): العلاقات التطورية لعائلات السحلية: مقالات لإحياء ذكرى تشارلز إل كامب. مطبعة جامعة ستانفورد. 978-0-8047-1435-8
  9. ^ أب
  10. إريشيفسكي ، م. (1997). "تطور التسلسل الهرمي ليني". علم الأحياء والفلسفة. 12 (4): 493-519. دوى: 10.1023 / A: 1006556627052. S2CID83251018.
  11. ^ باترسون ، سي. وأمبير روزين ، د. نشرة المتحف الأمريكي للتاريخ الطبيعي 158: 81 - 172.
  12. ^ McKenna، M.C & amp Bell، S. K. 1997. تصنيف الثدييات فوق مستوى الأنواع. مطبعة جامعة كولومبيا. 0-231-11012-X
  13. ^
  14. مجموعة سلالات كاسيات البذور (1998). "تصنيف ترتيبي لعائلات النباتات المزهرة". حوليات حديقة ميسوري النباتية. 85 (4): 531-553. دوى: 10.2307 / 2992015. JSTOR2992015. S2CID82134384.
  15. ^ غوتييه ، ج. أ. 1994. تنويع السلى. ص. 129-159 بوصة: D.R. Prothero & amp Rainer R. Schoch (محرران): السمات الرئيسية لتطور الفقاريات. جمعية الحفريات.
  16. ^ أب
  17. دي كويروز ، ك.غوتييه ، ج. (1992). "تصنيف النشوء والتطور [كذا]". Annu. القس ايكول. النظام. 23: 449–480.
  18. ^
  19. كانتينو ، بي دي (2000). "تسمية النشوء والتطور: معالجة بعض المخاوف". تايسون. 49 (1): 85-93. دوى: 10.2307 / 1223935. JSTOR1223935.
  20. ^
  21. براينت ، إتش إن كانتينو ، بي دي (2002). "مراجعة انتقادات التسميات النشوء والتطور: هل الحرية التصنيفية هي القضية الأساسية؟". بيول. القس. 77 (1): 39-55. دوى: 10.1017 / S1464793101005802. PMID11911373. S2CID20518066.
  22. ^
  23. Kazlev ، M. A. "الأنظمة Cladistic و Linnaean - غير متوافقة أم مكملة؟". (palaeos.com). مؤرشفة من الأصلي في 10 يوليو 2017. تم الاسترجاع 30 سبتمبر ، 2012.
  24. ^
  25. أسيس ، إل سي إس بريجاندت ، آي (2009). "التنادد: أنواع مجموعة الخصائص المتجانسة في النظاميات والتطور" (PDF). علم الأحياء التطوري. 36 (2): 248-255. دوى: 10.1007 / s11692-009-9054-y. S2CID363300. [رابط ميت دائم]
  26. ^ أب
  27. رو ، تيموثي (1988). "تعريف وتشخيص وأصل Mammalia" (PDF). مجلة علم الحفريات الفقارية. 8 (3): 241-264. دوى: 10.1080 / 02724634.1988.10011708.
  28. ^
  29. وينسور ، ماري ب. (2009). "التصنيف كان أساس تطور داروين". تايسون. 58: 43-49. دوى: 10.1002 / الضريبة .581007.
  30. ^
  31. ريبل ، أوليفر (2010). "الجوهر الجديد في علم الأحياء". فلسفة العلم. 36 (5): 662-673. دوى: 10.1086 / 656539. S2CID86958171.
  32. ^
  33. ويجينز ، ديفيد (1967). الهوية والاستمرارية المكانية الزمانية. مطبعة جامعة أكسفورد. ردمك 978-0631103707.
  34. ^
  35. بروير ، أندرو ف. (2016). "تفكير الشجرة". الإستنباط. 2.
  36. ^
  37. هنيج ، ويلي (1966). علم الوراثة النظامي. جامعة إلينوي - أوربانا.
  38. ^هيكيل ، إي إتش ف. أ .1866. Generelle Morphologie der Organismen. جورج رايمر.
  39. ^
  40. راجان ، مارك أ. (2009). "الأشجار والشبكات قبل داروين وبعدها". علم الأحياء المباشر. 4 (43): 43. دوى: 10.1186 / 1745-6150-4-43. PMC2793248. PMID19917100.
  41. ^
  42. جودريتش ، إي إس (1916). "حول تصنيف Reptilia". وقائع الجمعية الملكية ب. 89 (615): 261-276. بيب كود: 1916 RSPSB..89..261G. دوى: 10.1098 / rspb.1916.0012.
  43. ^هينيج ، و. 1969. Die Stammesgeschichte der Insekten. فالديمار كرامر.
  44. ^ هينج ، دبليو 1950. Grundzüge einer Theorie der phylogenetischen Systematik. دويتشر Zentralverlag.
  45. ^
  46. هينج ، و. (1965). "النظاميات النشوء والتطور". المراجعة السنوية لعلم الحشرات. 10: 97-116. دوى: 10.1146 / annurev.en.10.010165.000525.
  47. ^Gauthier، J. 1986. Saurischian Monophyly وأصل الطيور. ص. 1-55 في K.Padian (محرر): أصل الطيور وتطور الطيران. مذكرات 8 لأكاديمية كاليفورنيا للعلوم.
  48. ^
  49. لورين ، م. (2008). "العزلة الرائعة للتسميات البيولوجية". Zoologica Scripta. 37 (2): 223-233. دوى: 10.1111 / j.1463-6409.2007.00318.x. S2CID85020798.
  50. ^
  51. بروير ، أندرو VZ (2020). "ميت عند الوصول: تقييم بعد الوفاة لـ" تسمية النشوء والتطور "، بعد 20 عامًا". كلاديستيك. 37 (6): 627-637. دوى: 10.1111 / CLA.12432.
  52. ^
  53. ويلر ، كوينتين (2000). مفاهيم الأنواع ونظرية النشوء والتطور: مناقشة. مطبعة جامعة كولومبيا. ردمك 978-0-231-10143-1.
  54. ^
  55. بينتون ، إم ج. (2000). "السيقان ، والعقد ، وواجهات التاج ، والقوائم الخالية من الرتب: هل لينيوس ميت؟" (بي دي إف) . المراجعات البيولوجية. 75 (4): 633-648. CiteSeerX10.1.1.573.4518. دوى: 10.1111 / j.1469-185X.2000.tb00055.x. PMID11117201. S2CID17851383. مؤرشف من الأصل (PDF) في 09-08-2017. تم الاسترجاع 2011-08-26.
  56. ^
  57. هال ، ديفيد (1988). العلم كعملية. مطبعة جامعة شيكاغو. ص ص 232 - 276. ردمك 978-0-226-36051-5.
  58. ^
  59. هنيج ، ويلي (1966). علم اللاهوت الوراثي (tr. D. Dwight Davis and Rainer Zangerl). أوربانا ، إلينوي: جامعة. من مطبعة إلينوي (أعيد طبعه 1979 و 1999). ص. 9. ISBN 978-0-252-06814-0.
  60. ^هنيج 1966 ، ص. 81 خطأ harvnb: أهداف متعددة (2 ×): CITEREFHennig1966 (مساعدة)
  61. ^ نيكسون ، كيفن سي ، وجيمس إم كاربنتر. "على" علم الوراثة النظامي "الأخرى." كلاديستيكس 16 ، لا. 3 (2000): 298-318.
  62. ^ Schuh ، Randall T. "نظام Linnaean واستمراره لمدة 250 عامًا." المراجعة النباتية 69 ، لا. 1 (2003): 59.
  63. ^ بروير ، أندرو VZ. "ميت عند الوصول: تقييم بعد الوفاة لـ" تسمية النشوء والتطور "، بعد أكثر من 20 عامًا." (2020) Cladistics 36 (6): 627-637.

عدد قليل من المنشورات التي لم يتم الاستشهاد بها في المراجع مذكورة هنا. يمكن العثور على قائمة شاملة للمنشورات حول التسميات النشوء والتطور على الموقع الإلكتروني للجمعية الدولية لتسمية النشوء والتطور.


أبحاث FAU اليومية

نُشر مؤخرًا جون أ.مور ، دكتوراه ، أستاذ علم الأحياء ، وسوزان إل ريتشاردسون ، دكتوراه ، أستاذة أبحاث مساعدة في علم الأحياء ، وكلاهما من كلية هارييت إل ويلكس الفخرية ، في كتاب جديد بعنوان "Phylonyms: رفيق PhyloCode." Phylonyms هو مجلد مصاحب لـ "الكود الدولي للتسميات التطورية (كود PhyloCode) الذي تم إصداره في وقت واحد.

نتاج أكثر من 20 عامًا من العمل ، يساعد هذان المنشوران في إضفاء الطابع الرسمي على مجموعة بديلة من القواعد بعد 285 عامًا من إصدار الإصدار الأول من "Systema Naturae" ، وهو الحجم التاريخي الذي يمثل بداية النظام القائم على التصنيف لتصنيف و تسمية الحياة. يعرف هذا النظام باسم PhyloCode ، وهو يحدد الأسماء العلمية بناءً على العلاقات التطورية.

"يوفر كود PhyloCode نظامًا لتسمية الكتل (المجموعات ذات الصلة) للأنواع بناءً على علاقات النشوء والتطور (نوع من الشجرة التطورية). The Linnean system of creating ranked categories (e.g., genus, subfamily, family, order, etc.) was never very well defined and initially predated ideas of evolution, and so did not incorporate evolutionary relatedness until much later,“ said Moore. “Even now, the ideas used to define relatedness in the Linnean system are inconsistently applied and not explicit in their definitions of what is or isn’t in a certain group. The PhyloCode formalizes how clades are named and defined. The Phylonyms book provides formal examples of clade names and their definitions that were either previously named for valid clades by earlier investigators or newly named by the authors of the various chapters within the book.”

Moore is the lead author for formal definitions of ten clades of bony fishes, including naming five new groups (Osteichthyes, Pan-Osteichthyes, Actinopterygii, Pan-Actinopterygii, Actinopteri, Pan-Actinopteri, Neopterygii, Pan-Neopterygii, Teleostei, Pan-Teleostei). Richardson is the lead author for the formal definition for the clade Foraminifera, a diverse group of shelled protists. She is also a founding member of the International Society for Phylogenetic Nomenclature and a member of the Committee on Phylogenetic Nomenclature.


What are some examples of clades?

A clade is a group of organisms that evolved from a common ancestor. Eutheria is one mammalian clade and the other is Metatheria, which includes marsupials. The order primates can be considered a clade, as all members are descended from one common ancestor roughly that lived 60 million years ago. Another example of a clade could be birds: they all also descended from a common ancestor.

Check out this image from University of California Museum of Paleontology's Understanding Evolution series that will hopefully make things a bit more clear:

The bottom two images are not examples of clades because they exclude certain species or groups. Let's look at the orange example. If I trace my way back to the common ancestor (the very first line before it splits into two), I see that the line on the far right descends from this same common ancestor, but it is not included in the orange box meant to represent a clade. Thus, this is not a clade because the species on the far right is excluded.


Tragic waste

Taxonomists, already thin on the ground, are frantic to catalogue as much of the world’s biodiversity as they can before it disappears. “We’re the last generation that will have access to this enormous diversity of species, and to piddle away our time implementing a new system is a tragic waste,” says Quentin Wheeler, an insect taxonomist at Cornell University in Ithaca, New York.

The implications are more than just academic. The machinery of conservation, from laws like the US Endangered Species Act to international agreements such as the Convention on International Trade in Endangered Species, is based on the existing system of names.

“Trying to change that system of naming right now would be utter chaos,” says John Kress, a botanist at the Smithsonian Institution who works extensively with government agencies on biodiversity issues.

Savvy traders in endangered species would be quick to exploit any ambiguities during the changeover, says Dennis Stevenson of the New York Botanical Garden, who serves on the cycad specialist group for the World Conservation Union (IUCN).

Donoghue concedes that the transition may bring some uncertainties. “The prudent thing to do is to experiment with this,” he says. “Then we’ll understand the pros and cons much better and we can either modify things or decide not to do it at all. But my guess is that once we’ve done the experiment we’ll end up strongly preferring the PhyloCode.”

Given the hostile reception PhyloCode has received so far, they have a lot of convincing to do.


New books present the PhyloCode, an evolution-based system for naming organisms

A new book outlines the rules of the PhyloCode, a system for naming organisms based on their evolutionary relationships. Credit: CRC Press

Move over, Linnaeus: There's a new way of naming organisms.

Scientists have formalized an alternative set of rules 285 years after the publication of the first edition of "Systema Naturae," the landmark volume marking the beginning of the rank-based system for categorizing and naming life. Known as the PhyloCode, this system defines scientific names based on evolutionary relationships.

Two new books, "International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode)" and "Phylonyms: A Companion to the PhyloCode," outline the rules of the PhyloCode and apply them to some of nature's major clades—groups of organisms consisting of an ancestor and all its descendants.

"This is truly the most significant contribution to the scientific naming system since Linnaeus," said Nico Cellinese, treasurer of the International Society for Phylogenetic Nomenclature, which oversaw the publication of the books and ratified the rules.

Cellinese, associate curator of bioinformatics at the Florida Museum of Natural History and the University of Florida Herbarium, heralded the PhyloCode as "a nomenclature system for the modern age. This provides us with a tool to communicate tree-based concepts," she said, referring to phylogenetics, the study of the evolutionary relationships between organisms.

The product of more than 20 years' labor, "PhyloCode" is the work of Kevin de Queiroz, research zoologist at the Smithsonian's National Museum of Natural History, and Philip Cantino, professor emeritus of environmental and plant biology at Ohio University. De Queiroz, Cantino and Jacques Gauthier of Yale University also edited the accompanying volume "Phylonyms," in which nearly 200 experts established PhyloCode-governed names and phylogenetic definitions for many clades of organisms.

De Queiroz said when he and Gauthier first discovered the underlying theoretical principle of the PhyloCode in the mid-1980s, their intent was not to create a new scientific naming system.

"We just kind of stumbled on this idea," he said. "We were trying to decide where to place certain names on a phylogenetic tree. In the process of talking about it, we realized there could be a different way of defining names—by describing evolutionary relationships. Since definitions are the foundation of any naming system, this opened up the possibility for a new system: the PhyloCode."

Linnaeus' system predated the concept of evolution by more than 100 years and therefore lacked the ability to incorporate newfound knowledge about ancestral relationships between organisms, said Pamela Soltis, curator of the Florida Museum's Molecular Lab, distinguished professor at UF and president of the International Society for Phylogenetic Nomenclature.

"Linnaeus was revolutionary. But it's important to remember that he established these ranks more than a century before we knew about evolution," she said. "So, why do we keep trying to put what we know about evolution in a system that wasn't built to reflect it?"

While the tradition of ranking life forms dates back to Plato and Aristotle, Linnaeus refined that tradition, creating a formal hierarchy of categories—such as kingdoms, classes, orders and species—that nested within one another. But these ranks are ultimately human constructs and often rely on subjective criteria, which can lead to confusion and instability. When a name changes based on new findings, it can have a cascading effect, de Queiroz said.

A phylogeny is a map of the evolutionary relationships between organisms. This tree represents the relationships between green plants. Credit: Leebens-Mack et al. In Nature

Take termites, which until about a decade ago, made up the order Isoptera. Subsequent studies showed they're actually a subgroup of roaches, which had their own order, Blattodea. This resulted in the "demotion" of termites to the rank of family and a cascade of headache-inducing name changes down through its subgroups—even though termites, as a clade of organisms with a common ancestor, did not change.

"With the PhyloCode, that doesn't happen. You can use ranks, but they have no role in the naming," Cantino said. "We're retaining most existing names, but tying them to clades so that they won't change if they change in rank. Once we made the decision that the PhyloCode would govern only clade names, not species names, which are still governed by the traditional codes, we did whatever we could to make the two systems compatible."

Another benefit of the PhyloCode is increased clarity, said Cellinese, who spearheaded the development of RegNum, the online registration database for names created using the rules of the PhyloCode, including those in "Phylonyms."

"Clades have very well-defined points of references—the tree, ancestors, nodes, branches," she said. "Otherwise, you have to rely on ranks, which don't exist in nature, or groups defined by traits, physical characteristics that can be ambiguous. What looks red to you may look pink to me."

This subjectivity also makes groups defined by traits difficult to compute with algorithms, she said.

De Queiroz likened it to searching for a house using subjective directions such as "Turn right at the tall tree." The PhyloCode offers a definition that is akin to GPS coordinates, making it easier to use computer programs to navigate evolutionary trees.

The PhyloCode is not without its opponents, and much of de Queiroz and Cantino's time has been spent responding to critiques. But the authors said they hope the younger generation of scientists, who have been brought up on "tree thinking," will embrace the system and step into leadership roles to further develop it in the future.

What might Linnaeus have said about this new system? Soltis was optimistic.

"I think if he knew what we know now, he would say, 'Do it.'"

The books are now available for preorder from CRC Press, part of the Taylor and Francis Group, and will publish June 9.

Cellinese, Soltis and the Florida Museum's Douglas Soltis and Walter Judd contributed names to the "Phylonyms" volume.


Towards a phylogenetic nomenclature of Tracheophyta

Department of Environmental and Plant Biology, Ohio University, Athens, Ohio, 45701 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Section of Evolution and Ecology, University of California, Davis, California, 95616 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

UBC Botanical Garden and Centre for Plant Research, 6804 SW Marine Drive, The University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada, V6T 1Z4

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Botany, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611-8526 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Biology, P.O. Box 355325, University of Washington, Seattle, Washington, 98195-5325 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Department of Botany, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611-8526 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Florida Museum of Natural History, University of Florida, Gainesville, Florida, 32611 U.S.A.

Department of Ecology & Evolutionary Biology and Peabody Museum of Natural History, Yale University, P.O. Box 208106, New Haven, Connecticut, 06520-8106 U.S.A.

Department of Environmental and Plant Biology, Ohio University, Athens, Ohio, 45701 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

Section of Evolution and Ecology, University of California, Davis, California, 95616 U.S.A.

Authors are listed alphabetically, except for the first and last authors

UBC Botanical Garden and Centre for Plant Research, 6804 SW Marine Drive, The University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada, V6T 1Z4


الملخص

The past three decades of research have greatly advanced our understanding of phylogenetic relationships in the family Leguminosae. It has become clear in recent years that our classification system is in need of significant updating if it is to reflect our current understanding of the phylogeny of the family and facilitate effective communication of that knowledge. The goal of this paper is to suggest a set of guidelines for formally defining and naming clades, which draws on many of the recommendations embodied in the draft International Code of Phylogenetic Nomenclature or “PhyloCode”. I provide specific examples of phylogenetic nomenclature applied to several well recognized and well-supported, informally named papilionoid clades to serve as a model for standardizing legume clade names by the legume community in the future. For the most part the clades named here are below subfamily and above tribal ranks in the Linnaean system. It is my contention that a new Linnaean classification, designed to reflect phylogeny, and a clade-based system of phylogenetic nomenclature are mutually complementary approaches to achieving a new classification of the legume family.


The Nouns of Names on NEXUS

Programming is a mystery to most folks. They see a bunch of overpunctuated gobbledygook with words strewn about here and there and it's completely opaque. They know that it somehow translates into the functionality of the applications, games, websites, etc. that they use. But they have no inroads to understanding how on Earth that works.

I will now attempt a (very) partial explanation for the phylogenetics-literate crowd.

One thing people don't understand is that object-oriented computer languages (which is what I primarily use) are actually designed to be compatible with how humans think. Or at least, they're a sort of compromise between how computers think and how humans think. Natural languages, of course, are totally biased toward how humans think, while machine codes (and their slightly dressed-up cousins, assembly languages) are totally biased toward how computers think. (There are also functional languages which are slightly more computer-biased than object-oriented languages.)

Like natural languages, object-oriented languages have nouns, except they're called أشياء. They also have verbs, except they're called أساليب. Methods are usually (but not always) attached to objects. Objects can have attributes which are themselves other objects&mdashthese are called مجالات, and they can work a bit like adjectives (although that's not a perfect analogy).

One of the first tasks I do as a programmer when approaching a new project is to figure out what the nouns of the project are. These will be used as the basis for الطبقات, which are the templates which objects (and their methods and fields) are created from.

So let's use Names on NEXUS as an example. This is my project, hinted at in my paper, to relate the data in NEXUS files (Maddison et al. 1997) to definitions of names as governed by the PhyloCode. So my first step is to come up with lists of nouns (i.e., class candidates) for each side of the equation:

PhyloCode (nomenclature)scientific name (or nomen), uninomen, binomen, prenomen, genus name, clade name, phylonym, definition
PhyloCode (specification)specifier, species, specimen, specimen collection, specimen accession, apomorphy, definition
NEXUSNEXUS file, tree, tree element, tree node, tree terminus, character state
مشتركphylogeny, citation, piece of literature, calendar date, URI

The goal of this project is to translate a PhyloCode definition (associated with a phylonym) into a list of NEXUS taxa (i.e., operational taxonomic units) using a NEXUS tree. For that to happen, there need to be some additional nouns that help relate NEXUS entities to PhyloCode entities:

Names on NEXUScharacter state specifier, taxon specifier, character state link, taxon link

The next step is to figure out how these nouns&mdashthese classes&mdashrelate to each other. Typically, this involves statements of the form "X هو ص" (which has to do with class hierarchy) and the forms "X لديه ض", "X has one or more ضs", "X has zero or more ضs", etc. (which have to do with fields). I'll also translate these nouns into capitalized "camel-humped" format, the standard format for class names in the languages I use. Lower-case "camel-humped" nouns are of primitive types (numbers, strings, Booleans) which I don't need to make a class for.

  • أ LiteraturePiece لديه CalendarDate, one or more authorNames, and zero or more URI s.
  • أ الاقتباس لديه LiteraturePiece and zero or more authorNameس.
  • أ Nomen لديه الاقتباس، و orthography, and zero or more URIس.
  • أ Uninomen هو Nomen.
  • أ Binomen هو Nomen و أ Phylonym, and has a Prenomen و أ Uninomen.
  • أ GenusName هو Uninomen و أ Prenomen.
  • أ CladeName هو Uninomen، أ Phylonym, and a Prenomen.
  • أ PhyloDefinition لديه الاقتباس، أ Phylonym, one or more Specifiers, a prose statement, and a mathML statement(see my paper for details on the last one).
  • أ Specifier has zero or more URIس.
  • ان Apomorphy هو CharStateSpecifier, and has a وصف و أ الاقتباس.
  • أ Specimen هو TaxonSpecifier, and has one or more SpecimenAccessionس.
  • أ SpecimenAccession لديه الشفرة و أ SpecimenCollection.
  • أ SpecimenCollection لديه الشفرة، أ اسم, and zero or more URIس.
  • أ صنف هو TaxonSpecifier, and has one or more Binomens (binomina) and one or more Specimens (name-bearing types).
  • أ NexusFile لديها textData, zero or one الاقتباسs, zero or more URIs, a numTaxa amount, a numChars amount, two or more CharStates, zero or more شجرةs, zero or more CharStateLinks, and zero or more TaxonLinkس.
  • أ CharState has a character index and a character التهديف.
  • أ شجرة لديه TreeNode.
  • أ TreeNode هو TreeElement and has two or more TreeElementس.
  • أ TreeTerminus هو TreeElement and has a taxonIndex.
  • A CharStateSpecifier هو Specifier.
  • أ TaxonSpecifier هو Specifier.
  • أ CharStateLink لديه CharState و أ CharStateSpecifier.
  • أ TaxonLink لديه taxonIndex و أ TaxonSpecifier.

Now I can describe the core functionality of Names on NEXUS. Taking a NexusFile, the user selects one of its شجرةس. Next, the application finds all PhyloDefinitions whose Specifiers are each referred to by one of the NexusFileCharStateLinks or TaxonLinkس. Using the شجرة وكل PhyloDefinitionmathML statement, it correlates the PhyloDefinitionPhylonym to a set of taxon indices in the NexusFile.

Of course, this is not all the application will do. (In fact, I've been done with that part of the programming for a while now.) There will also need to be a lot of programming for saving these data permanently in a database, presenting the data to the user, and making it easier for the user to enter data (for example, by creating methods for coming up with specifier suggestions based on definition statements). This may take a while.


شاهد الفيديو: Why do Humans evolve differently? What are Human Races? human races evaluation (كانون الثاني 2022).