معلومة

ج 14. الروابط والمراجع - علم الأحياء

ج 14. الروابط والمراجع - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

  1. Nature 465 (2010) 441-447. دوى: 10.1038 / nature09066
  2. Nature 465 (2010) 428-429.
  3. مجلة الكيمياء البيولوجية 284 ، (2009) 29773-29783.
  4. مجلة الكيمياء البيولوجية 286 (2011) 18056-18065
  5. وانتانبي ، آر وآخرون. بيولوجيا الطبيعة الكيميائية ، 6 ، 814-820 (2010)
  6. Vander Heiden، M. فهم تأثير واربورغ: المتطلبات الأيضية لتكاثر الخلايا. العلوم 234 ، ص 1029 (2009).
  7. Kersten ، S. أدوار PPARs في الصحة والمرض. طبيعة سجية. 405 ، الصفحة 421 (2000)
  8. يانكوفسكايا ، V. هندسة توليد أنواع نازعة هيدروجين السكسينات والأكسجين التفاعلي. علم. 299 ، ص 700 ، 671 (2003)
  9. أوليفر ، إس. إدارة الطلب في الخلايا. 48 ، الصفحة 33 (2002)
  10. راستوجي وجيرفين. التغييرات الهيكلية المرتبطة بالانتقال البروتوني بواسطة الوحدة الفرعية c من سينسيز ATP. 402 ، الصفحة 263 (1999)
  11. لارسن وآخرون. نصائح غذائية حول سؤال وإطالة فترة الحياة في C. Elegans بواسطة نظام غذائي يفتقر إلى الإنزيم المساعد Q (الجذور الحرة والشيخوخة؟). 295 ، الصفحة 54 ، 120 (2002)
  12. السفلى وآخرون. كيف تتنفس البكتيريا المعادن. 292. الصفحة 1312 ، 1360 (2001)
  13. Echtay et. آل. Coenzyme Q هو عامل مساعد إلزامي لفصل وظيفة البروتين. الطبيعة 408 ، الصفحة 609 (2000)
  14. Chen et al. آلية محددة ذريًا لنقل البروتون إلى مركز الأكسدة والاختزال المدفون في البروتين. 405 ، الصفحة 814 (2000)
  15. Echtay et al. ينشط الأكسيد الفائق بروتينات فصل الميتوكوندريا. 415. الصفحة 96 (2002)

الحدود في الهندسة الحيويةوالتكنولوجيا الحيوية

انتماءات المحرر والمراجعين هي الأحدث التي يتم توفيرها في ملفات تعريف بحث Loop وقد لا تعكس موقفهم في وقت المراجعة.


  • تحميل المادة
    • تحميل PDF
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • تكميلي
      مادة
    • ملاحظة ختامية
    • مدير المراجع
    • ملف TEXT بسيط
    • BibTex


    مشاركه فى

    نحو الرسم البياني للتنوع البشري

    تعد بنية الرسم البياني طريقة طبيعية لتمثيل مجموعة الجينوم القائمة على السكان ، مع وجود فروع في الرسم البياني تمثل جميع الاختلافات الموجودة في تسلسل المصدر. تستخدم معظم برامج التجميع تمثيلًا بيانيًا داخليًا لبناء التجميع ، ولكنها في النهاية تنتج بنية مسطحة لاستخدامها بواسطة أدوات المصب [12-14]. في الآونة الأخيرة ، تم وصف المقترحات الرسمية لتمثيل رسم بياني مرجعي للسكان [15-17]. يقود التحالف العالمي الجديد لعلم الجينوم والصحة (GA4GH) جهودًا لإضفاء الطابع الرسمي على هياكل البيانات للتجمعات المرجعية القائمة على الرسم البياني ، ولكن من المحتمل أن يستغرق الأمر سنوات لتطوير البنية التحتية وأدوات التحليل اللازمة لدعم هذه الهياكل الجديدة ورؤية انتشارها على نطاق واسع التبني عبر مجتمعات البحث البيولوجي والسريري [18].

    يوفر إدخال مواضع بديلة في نموذج التجميع نقطة انطلاق نحو تمثيل كامل قائم على الرسم البياني للجينوم المرجعي المستند إلى السكان. تعتمد المواقع البديلة التي يوفرها مركز الخليج للأبحاث على تسلسل نهائي عالي الجودة. على الرغم من أنه ليس من المجدي تمثيل جميع الاختلافات المعروفة باستخدام مخطط الموقع البديل ، إلا أن هذا النموذج يسمح لنا بتمثيل المناطق ذات المستويات القصوى من التنوع بشكل أفضل. لا يُقصد بالمواقع البديلة أن تمثل جميع الاختلافات داخل المجتمع ، ولكنها توفر حلاً فوريًا لإضافة متواليات مفقودة من مجموعة الكروموسوم. من الناحية العملية ، فإن إضافة الموضع البديل محدودة بتوافر التسلسل الجيني عالي الجودة ، وقد ركز مركز الخليج للأبحاث على تمثيل التسلسل في أكثر المناطق تنوعًا ، مثل مجمع التوافق النسيجي الرئيسي (MHC). يعتبر تمثيل جميع تباينات السكان أكثر ملاءمة للتمثيل المستند إلى الرسم البياني. توفر الجودة العالية للتسلسل في هذه المواقع بيانات قوية لاختبار تطبيقات الرسم البياني. بالإضافة إلى ذلك ، نظرًا لأن كل من NCBI و Ensembl قد قاموا بتوضيح هذه التسلسلات ، يمكننا أيضًا البدء في معالجة كيفية شرح هياكل الرسم البياني في هذه المواقع المعقدة.

    بينما يحتوي GRCh37 على ثلاث مناطق فقط تحتوي على تسعة متواليات مواقع بديلة ، فإن GRCh38 يحتوي على 178 منطقة تحتوي على 261 تسلسلًا موضعيًا بديلًا ، تمثل مجتمعة 3.6 ميجا بت في الثانية من التسلسل الجديد وأكثر من 150 جينًا غير ممثلة في التجميع الأولي (الجدول 1). يزيد المستوى المتزايد لتمثيل التسلسل البديل من الحاجة الملحة لتطوير طرق تحليل جديدة لدعم تضمين هذه التسلسلات. يسمح لنا تضمين جميع التسلسلات في التجميع المرجعي بتحليل هذه المناطق بشكل أفضل مع تحديثات يحتمل أن تكون متواضعة للأدوات المستخدمة حاليًا وهياكل التقارير. على الرغم من أن إضافة المواقع البديلة إلى خطوط أنابيب التحليل الحالية قد تؤدي إلى مكاسب متواضعة فقط في قوة التحليل على نطاق الجينوم ، فإن بعض المواقع ستشهد تحسنًا كبيرًا بسبب إضافة كميات كبيرة من التسلسل الذي لا يمكن تمثيله بدقة في الكروموسوم التجمع (الشكل 1).


    نتائج ومناقشة

    تسلسل الجينوم الكامل

    تم تسلسل الحمض النووي من نسر سينمائي باستخدام Illumina HiSeq2000. لقد حصلنا على 595 مليون قراءة مقترنة (الطول الإجمالي ، 119 جيجا بايت) بطول قراءة يبلغ 100 نقطة أساس وحجم إدراج يبلغ 346 نقطة أساس (ملف إضافي 1: الجدول S1). أجرينا أ كتحليل -mer (ك = 17) باستخدام تسلسل الجينوم الكامل للنسر (ملف إضافي 2: الشكل S1) ، ونقدر أن الجينوم يبلغ حوالي 1.13 جيجا بايت (الملف الإضافي 1: الجدول S2) ، وهو ما يتوافق مع تقديرات الطيور الأخرى (1.0– 1.2 جيجا بايت) [11-15]. نظرًا لعدم وجود جينوم مرجعي للنسر السينمائي ، قمنا بمحاذاة قراءة الحمض النووي لمرجع النسر الأصلع ، والذي (كعضو في Accipitridae) هو أحد الأنواع الأقرب للنسر السينمائي وذو تغطية أعلى من النسر ذو الذيل الأبيض ( نوع آخر Accipitridae) [10]. كان معدل التعيين مرتفعًا نسبيًا (89.61٪) ، وغطت القراءات المعينة 91.45٪ و 89.84٪ من منطقة ترميز الجينوم والبروتين المرجعي عند 15 × أو عمق أكبر ، على التوالي (ملف إضافي 1: الجدول S1). مقارنة بمرجع النسر الأصلع ، كان هناك ما يقرب من 34 مليون نوع من أنواع النوكليوتيدات المفردة (SNVs) و 2.0 مليون إدخال أو حذف صغير (indels) في النسر السينمائي. كانت SNVs تتكون من 32،093،779 (95.6 ٪) متماثل الزيجوت و 1،482،652 (4.4 ٪) SNV متغايرة الزيجوت (ملف إضافي 1: الجدول S3).

    التحليلات التطورية المقارنة

    يمكن لمجموعة من الأنواع القريبة ولكن المتميزة مع اختلافات واضحة في السمات أن تسمح لنا بالتنبؤ بالمتغيرات التي قد تحتوي على معلومات ارتباط النمط الظاهري الجيني إذا تمت مقارنة جينوماتها بالكامل [16 ، 17]. من أجل تحليلاتنا التطورية المقارنة ، أنشأنا تسلسلًا إجماعيًا للحمض النووي للنسر السينمائي عن طريق استبدال النسر SNV المكتشف من بيانات تسلسل الجينوم بأكمله بالجينوم المرجعي للنسر الأصلع. حددنا بعد ذلك الجينات المتعامدة بين تسلسل إجماع النسر السينمائي والمجموعات الجينية المتعامدة البالغ عددها 3710 من 17 جينومًا للطيور (بطريق أديلي ، والغراب الأمريكي ، والنسر الأصلع ، والدجاج ، والمدخنة السريعة ، والوقواق الشائع ، أبو منجل المتوج ، نقار الخشب الناعم ، هواتزين ، القاتل ، القليل البلشون الأبيض ، والبطري ، والنعام ، والصقر الشاهين ، والحمام الصخري ، ونسر الديك الرومي ، والنسر أبيض الذيل) التي تم الإبلاغ عنها سابقًا [18] ، عن طريق مطابقة وإضافة جينات النسر السينيري إلى مجموعات متعامدة من جينات النسر الأصلع. تم استخدام ما مجموعه 48،081 موقعًا متدهورًا بأربعة أضعاف لعائلات الجينات المتعامدة لحساب وقت الاختلاف بين النسر السينيري وأنواع الطيور الأخرى. قُدِّر زمن التباعد بين النسر السينيري والنسر الأصلع بنحو 18 مليون سنة (MYA) (ملف إضافي 2: الشكل S2). هذا الانقسام أقدم من زمن التباعد بين النسر الأصلع والنسر ذو الذيل الأبيض (6-7 ملايين سنة) ، وأصغر بكثير من نسور العالم القديم ونسور العالم الجديد (حوالي 60 مليون سنة) [19] مما يؤكد ذلك النسر السنيري أكثر ارتباطًا بالنسور.

    يعد تحديد الجينات المختارة بشكل إيجابي (PSGs) أداة أساسية لعلم الجينوم لفهم تطور الأنواع ، خاصة في ظل ضغوط بيئية مميزة. حددنا الجينات التي تتطور في ظل الاختيار الإيجابي عن طريق إجراء اختبارات الانحرافات في د ن/د س النسبة (الاستبدالات غير المترادفة لكل موقع غير مرادف إلى البدائل المترادفة لكل موقع مرادف ، ω) واختبارات نسبة الاحتمالية (LRTs) (ص ≤0.05) [20 ، 21]. لقد اكتشفنا بنجاح مجموعة من الجينات المختارة بشكل إيجابي في فصيلة Accipitrimorphae (ترتيب Accipitriformes و Cathartiformes: النسر الأصلع ، والنسر السينيري ، والنسر ذو الذيل الأبيض ، ونسر الديك الرومي). تم تحديد ما مجموعه سبعة و 136 جينًا على أنها PSGs باستخدام ، على التوالي ، نموذج موقع فرعي بنسبة 10 ٪ من معدل الاكتشاف الخاطئ (FDR) ونموذج فرع (1 & lt). د ن س تم تفسير ≤5 على أنه اختيار إيجابي) (ملف إضافي 1: الجدولين S4 و S5). للتحقيق في الإثراء الوظيفي لهذه PSGs ، استخدمنا أداة التعليقات التوضيحية الوظيفية DAVID (ملف إضافي 1: الجدول S6) [22].

    من أجل التحقيق في PSGs ذات المعنى البيولوجي لـ Accipitrimorphae ، اخترنا PSGs المرتبطة بالجهاز الهضمي في قاعدة بيانات KEGG (الجدول 1) [23] ، نظرًا لأنه من المعروف أن Accipitrimorphae لها معدة حمضية للغاية [24 ، 25]. من بين PSGs من Accipitriformes ، Somatostatin (طائرة أسرع من الصوت) (ωمعدل: 0.04840 ، ωAccipitriformes: 1.4515) في مسار الجهاز الهضمي. طائرة أسرع من الصوت هو مثبط قوي لإطلاق الجاسترين ويلعب دورًا في تنظيم إفراز حمض المعدة [26]. نقترح ذلك طائرة أسرع من الصوت تم اختياره وظيفيًا في فئة Accipitrimorphae.

    ينتمي النسر السنيري إلى عائلة Accipitridae مع النسر الأصلع والنسر ذو الذيل الأبيض ، بينما نسر الديك الرومي (هالة Cathartes) ينتمي إلى عائلة Cathartidae ، وهي زبال إجباري مثل النسر السينمائي [27]. لتحديد التكيفات المتقاربة والفريدة من نوعها لأسلوب الحياة الكاسح [28] ، قمنا بمقارنة PSG للنسور السينيري والنسور الديك الرومي باستخدام طيور جارحة أخرى كمرجع (النسر الأصلع ، الصقر الشاهين ، النسر ذو الذيل الأبيض). تم تحديد ستة و 167 جينًا على أنها PSGs في النسر السينمائي و 196 و 85 PSG في نسر الديك الرومي باستخدام نموذج موقع الفرع ونموذج فرع ، على التوالي (ملف إضافي 1: الجداول S7-S10). بالنسبة إلى PSGs للنسور السينمائية ونسور الديك الرومي ، أجرينا أيضًا تحليلًا للتجميع الوظيفي باستخدام أداة DAVID (ملف إضافي 1: الجدولان S11 و S12).

    اكتشفنا تسعة PSGs تمت مشاركتها في كل من النسر السينمائي (Accipitridae) ونسر الديك الرومي (Cathartidae) (الجدول 2). من بين مجموعات PSG التسعة ، ارتبطت عدة جينات بوظائف المناعة. ال AHSG يشارك الجين في عملية الالتقام الخلوي ، وهي عملية أساسية تسمح للخلايا باستيعاب الجسيمات مثل الكائنات الحية الدقيقة والخلايا الأبوطوزية. يعزز البروتين السكري Alpha2-HS (AHSG) الالتقام الخلوي ويمتلك خصائص طفيلي ، يتم من خلالها تمييز العامل الممرض للابتلاع والتخلص منه بواسطة البلعمة. بالإضافة إلى ذلك ، فإن بروتين موت الخلية ستة (PDCD6) ، الذي يشفر بروتينًا مرتبطًا بالكالسيوم مطلوبًا لموت الخلايا الناجم عن الجلوكورتيكويد ، تم اختياره بشكل إيجابي في كلا النسور. من المعروف أن التفاعل بين PDCD6 و DAPK1 (بروتين كيناز 1 المرتبط بالموت) يمكن أن يسرع من موت الخلايا المبرمج. يحدث التحريض الفيروسي لموت الخلايا المبرمج عندما تصاب خلية أو عدة خلايا من كائن حي بفيروس ، وتقوم العديد من الفيروسات بترميز البروتينات التي يمكن أن تمنع موت الخلايا المبرمج [29]. نتوقع أن تلعب هذه الجينات المختارة بشكل إيجابي دورًا في مساعدة نوعي النسور على مكافحة مسببات الأمراض التي تصادفهما في نظامهما الغذائي ، مما يكمل دور إفراز المعدة الذي تمت مناقشته سابقًا. مجتمعة ، قدمت تحليلات التباين في مقياس الجينوم أهدافًا جديدة مثيرة للاهتمام لمزيد من البحث على مستويات الترنسكربيتوم والبروتيوم وحتى الإيبيجينوم وستمكن الدراسات التجريبية المستقبلية من دراسة أدوار هذه الجينات بشكل قاطع في التطور التكيفي لهذه الأنواع.

    إذا كان التطور التكيفي عرضيًا ولا يؤثر إلا على عدد قليل من الأحماض الأمينية الحاسمة ، فمن المحتمل أن يؤدي تطبيق معيار PSG إلى حذف الجينات المهمة [30]. للتغلب على هذا القيد ، قمنا بالتحقيق في تغيرات الأحماض الأمينية الخاصة بالنسر السينمائي ونسر الديك الرومي في مسارات الجهاز المناعي (الشكل 1) (ملف إضافي 1: الجدولين S13 و S14). كان لدى ما مجموعه 17 و 24 جينًا تغيرات في الأحماض الأمينية خاصة بالنسر السينيري ونسر الديك الرومي ، على التوالي. من بين هذه الجينات ، تم مشاركة ثلاثة فقط من قبل النسر السينمائي ونسر الديك الرومي (الجدول 3). توقع برنامج محلل تأثير البروتين (PROVEAN) أن بدائل الأحماض الأمينية الخاصة بالنسر لوحظت في جميع الجينات الثلاثة (PIK3AP1, TBK1، و TNFAIP3) من المحتمل أن تسبب تغييرات في وظيفة البروتين [31]. يحظى كيناز 1 المرتبط بـ TANK (TBK1) بأهمية خاصة ، وهو ضروري لتنظيم الاستجابة للعوامل الفيروسية والميكروبية ويعزز تطوير حالة خلوية مضادة للفيروسات عن طريق تنشيط عوامل تنظيم مضاد للفيروسات [32] (الشكل 2). تم توقع اثنين من أشكال الأحماض الأمينية الثلاثة الخاصة بالنسور الموجودة في TBK1 كوظيفة تعمل على تغيير تغيرات الأحماض الأمينية وتقع في المجال الشبيه باليوبيكويتين على السطح المكشوف للبروتين. على وجه التحديد ، تم استبدال السلسلة الجانبية موجبة الشحنة (His) في المخلفات 327 في النسر السينمائي بسلسلة جانبية غير مشحونة (Gln) ، بينما تم استبدال السلسلة الجانبية القطبية (Thr) عند البقايا 364 في نسر الديك الرومي بسلسلة كارهة للماء سلسلة جانبية (علاء). من المعروف أن TBK1 يشكل العديد من المجمعات المختلفة مع مجموعة متنوعة من جزيئات السقالات ، وأن حذف أو طفرة المجال الشبيه باليوبيكويتين في TBK1 يضعف تنشيط كيناز والفسفرة الركيزة في الخلايا [33-35]. لذلك ، فإننا نتوقع أن تغيرات الأحماض الأمينية في هذا الجين قد تساهم في تعزيز أجهزة المناعة لدى هذه النسور. بالإضافة إلى ذلك ، فإن PIK3AP1 و TNFAIP3 الجينات ، التي تحتوي أيضًا على تغيرات وظيفية في الأحماض الأمينية ، تشارك في تطوير الخلايا البائية ، وعرض المستضد ، والالتهاب الذاتي ، وتنشيط NF-kappa B ، على التوالي [36 ، 37].

    التغيير الجيني النوعي في جهاز المناعة. الجينات ذات تغيرات الأحماض الأمينية الخاصة بالنسور (TNFAIP3, بطاقة 9, حركة المرور 6, الخريطة، و TBK1) باللون الأحمر (النسر السنيري) والأزرق (نسر الديك الرومي). الجين المنتظم في النسر السينمائي (TAB2) في مستطيل أصفر. جين منتقى إيجابيا (LY96) في نسر الديك الرومي في مستطيل أزرق فاتح. تم رسم المسار وفقًا لمسار KEGG (مستقبلات تشبه NOD ومسارات إشارات مستقبلات تشبه Toll). تشير الخطوط الصلبة إلى العلاقات المباشرة بين الإنزيمات والمستقلبات. تشير الخطوط المتقطعة إلى وجود أكثر من خطوة في العملية

    مواقف اثنين من تغيرات الأحماض الأمينية الخاصة بالنسر في الهيكل ثلاثي الأبعاد لـ TBK1. نطاقات كيناز ، مثل يوبيكويتين ، والسقالات / ديميريزيشن ملونة باللون السماوي والأصفر والأخضر ، على التوالي. تظهر المواضع الهيكلية لتغيرات الأحماض الأمينية الثلاثة في النسور باللون الأحمر

    لقد بحثنا أيضًا في Accipitridae (نسر سينيري ، نسر أصلع ، ونسر أبيض الذيل) و Cathartidae (نسر الديك الرومي) - تغييرات الأحماض الأمينية المحددة في مسارات الجهاز الهضمي (ملف إضافي 1: الجدول S15). تم تحديد ما مجموعه ثمانية و 10 جينات كتغيرات فريدة في الأحماض الأمينية في Accipitridae و Cathartidae ، على التوالي. من بين هذه الجينات ، تمت مشاركة سبعة من قبل كل من Accipitridae و Cathartidae (ملف إضافي 1: الجدول S16). من هؤلاء ، اثنان من الجينات (KCNJ16 و SLC26A7) في مسارات إفراز حمض المعدة (ملف إضافي 2: الشكل S3). KCNJ16 عبارة عن قناة بوتاسيوم مقوم داخليًا تنظم توازن السوائل ودرجة الحموضة ، ومن المعروف أن SLC26A7 يلعب دورًا مهمًا في تحمض المعدة [38]. من بين الاختلافات الخمسة في الأحماض الأمينية في هذه الجينات ، تم توقع اثنين على أنهما يغيران الوظيفة باستخدام Polyphen2 [39] و PROVEAN (ملف إضافي 1: الجدول S17). بالإضافة إلى ذلك ، تم اختيار جينين (KCNC1 و KCTD18) ، المتورطين في نشاط قناة البوتاسيوم ، بشكل إيجابي في النسر السينمائي ، على الرغم من أن هذا لم يكن كذلك في نسر الديك الرومي. من المعروف أن أيونات البوتاسيوم ضرورية لإفراز حمض المعدة [40]. في الآونة الأخيرة ، أظهرت دراسة ميتاجينوم النسر أن المجتمع الميكروبي للوجه كان أكثر تنوعًا بشكل ملحوظ من مجتمع المعى الخلفي ، مما يعكس انهيار الحمض النووي في الجهاز الهضمي للنسر ويشير إلى ظروف كيميائية قاسية للغاية [41]. مجتمعة ، نقترح أن هذه التغيرات في الأحماض الأمينية الخاصة بالنسور في الجهاز المناعي والجينات المرتبطة بحمض المعدة هي دليل على دفاعات النسور المعززة ضد العدوى الميكروبية / الفيروسية من الجثث وهي مرشحة جيدة للدراسات الوظيفية المستقبلية.

    تحليل النسخ

    لتوسيع الاستدلالات الجينومية لدينا ، قمنا ببناء مكتبة cDNA من إجمالي الحمض النووي الريبي المعزول من عينة الدم لنسر سينيري ثانٍ من نفس السكان. باستخدام Illumina HiSeq2500 ، تم إنتاج إجمالي 30،118،314 قراءة مقترنة (حوالي 6.0 جيجابت في الطول) ، بطول قراءة يبلغ 100 نقطة أساس وحجم إدخال يبلغ 280 نقطة أساس. لتقليل تأثير أخطاء التسلسل ، تم اختيار 51،537،752 (85.6 ٪ ، حوالي 5.15 جيجا بايت في الطول) بعد تصفية القراءات الغامضة ومنخفضة الجودة. تم تجميع جميع بيانات النسخ القصيرة التي تمت تصفيتها باستخدام الثالوث من جديد المجمع [42] مع الأمثل ك- أطول من 25. تم تجميع القراءات التي تمت تصفيتها في 423.702 كونتيج بمتوسط ​​طول 3670 نقطة أساس (N50 من 6110 نقطة أساس) ، وتم تجميع الكونتيجات في 352.872 جينات غير زائدة عن الحاجة بمتوسط ​​طول 3469 نقطة أساس و N50 من 6015 نقطة أساس (ملف إضافي 1: جدول S18).

    للتحقق من صحة 352،872 مجموعة unigen المجمعة والتعليق عليها ، بحثنا في قاعدة بيانات GenBank غير الزائدة عن الحاجة (NR) عن متجانسات جميع الجينات المجمعة ، باستخدام برنامج BLASTx [43] مع المعيار E-value ≤ 1.0E-5.كان إجمالي 241،347 (68.4٪) من أصل 352،872 unigenes متجانسة مع التسلسلات في قاعدة بيانات NR. كما هو متوقع ، تم إثراء توزيع BLASTx للأنواع الأكثر تضررًا من النسر unigene في الفقاريات ، خاصة بين أنواع الطيور (ملف إضافي 2: الشكلان S4 و S5). لمزيد من التقييم للنصوص المجمعة ، قمنا أيضًا بفحص مستويات التعبير عن النسور المجمعة unigenes. تم تطبيع عدد القراءات المعينة لكل unigene مشروح إلى أجزاء لكل كيلو قاعدة من النص لكل مليون جزء معين (FPKM). تم تحديد ما مجموعه 170،990 unigenes ليتم التعبير عنها (FPKM & gt0) من هؤلاء ، يمكن شرح 73،984 unigenes وظيفيًا عن طريق المطابقة مع التسلسلات في قواعد البيانات. في النهاية ، تم اختيار 33302 مشروحًا وظيفيًا ومعبرًا عنها بشكل كبير (FPKM ≥1.0) واستخدامها في تحليل النسخ.

    تم تجميع ما مجموعه 29774 من أصل 33302 unigenes وظيفيًا في 52 فئة فرعية ضمن ثلاثة أنطولوجيات غير حصرية (المكونات الخلوية والوظائف الجزيئية والعملية البيولوجية) باستخدام WEGO [44] (ملف إضافي 2: الشكل S6): 27،632 كانت مخصصة للمكونات الخلوية ، و 25،572 للوظائف الجزيئية ، و 25،145 للعمليات البيولوجية (ملف إضافي 1: الجدول S19). من المكونات الخلوية ، تم تصنيف معظم الجينات على أنها مكونات الخلايا (أو أجزاء الخلية) ، مع تصنيف جزء صغير فقط كمكونات للفيريونات (أو أجزاء الفيريون). الأهم من ذلك ، تم تعيين عدد كبير من unigenes لعمليات الجهاز المناعي (2،305 unigenes ، 7.7 ٪) والاستجابات للمحفزات (5425 unigenes ، 18.2 ٪) الفئات الفرعية التي يمكن ربطها بالدفاعات المناعية للنسور. الأرقام أعلى من تلك الموجودة في ترنسكريبتوم الخلايا الليمفاوية في الدم من أوزة الصينية (أنسر cygnoides) [45] وهي 0.3٪ و 2.8٪ لعمليات جهاز المناعة والاستجابات للمحفزات على التوالي. قمنا أيضًا بتحليل unigenes المشروحة باستخدام خادم التعليقات التوضيحية التلقائي KEGG (KAAS) [46]. لقد حصلنا على التعليقات التوضيحية المستندة إلى تقويم العظام لـ KEGG للنسر unigenes من عصفور الإنسان والدجاج والديك الرومي والحمار الوحشي. تم تحديد ما مجموعه 327 مسارًا لـ KEGG في النسر الجيني. تم تمثيل النسر unigenes بشكل مفرط في المسارات الأيضية (649 unigenes) ، والتخليق الحيوي للمستقلبات الثانوية (162 unigenes) ، والمسارات في السرطان (153 unigenes) (ملف إضافي 1: الجدول S20) ، والذي أظهر نمطًا مشابهًا موجودًا في a نسخة رئة الغراب [47] (أهم ثلاثة مسارات ممثلة بشكل كبير: المسارات الأيضية ، والمسارات في السرطان ، ومسار إشارات PI3K-Akt).

    تتعرف المستقبلات الشبيهة بالرصد (TLRs) ، جنبًا إلى جنب مع عائلة الجينات من النوع الأول لمستقبلات الإنترلوكين -1 (IL-1R) ، على مكونات مسببات الأمراض وتطلق سلسلة إشارات من خلال تجنيد مجموعات مختلفة من مستقبلات الرسوم / الإنترلوكين (TIR) ​​- المجال الذي يحتوي على بروتينات محول [48]. المستقبلات TLRs ضرورية في التعرف على العوامل الممرضة ، وقد أفادت دراسة سابقة بذلك TLR1 في نسر غريفون (جبس فولفوس) ، نسر العالم القديم ، لديه بنية جينية فريدة (فيما يتعلق بطول المجال الخارجي ، وعدد وموضع الزخارف الغنية باللوسين [LRR]] ، و ن-مواقع الارتباط بالجليكوزيل) بالنسبة للجينات المتعامدة من الكائنات الحية الأخرى [9]. هذه الميزات لها آثار وظيفية محتملة وقد أكدنا أن TLR1 unigene من النسر السينمائي له زخارف LRR متطابقة و نمواقع الارتباط بالجليكوزيل (ملف إضافي 2: الشكل S7).

    بالإضافة إلى ذلك ، قمنا بمقارنة مستويات التعبير الجيني للنسر السينيري بمستويات الخلايا الليمفاوية في الدم من أوزة صينية والدم من أربعة طيور أوراسية (سبينوس سبينوس) [50] (ملف إضافي 1: جدول S21). قمنا بفحص مستويات التعبير عن الجينات المرتبطة بالجهاز المناعي وحددنا الجينات المعبر عنها تفاضليًا التي ترضي التغيير 2 أضعاف على الأقل و FDR أقل من أو يساوي 0.1. ما مجموعه أربعة جينات مرتبطة بجهاز المناعة (TAB2, STAT3, CYLD، و NFYA) تم التعبير عنها بشكل كبير في النسر السينمائي ، مقارنة بالآخرين (ملف إضافي 1: الجدول S22). يعد بروتين TAB2 وسيطًا لتنشيط TAK1 في مسار تحويل إشارات الإنترلوكين -1. يؤدي التعبير عن TAB2 إلى تنشيط JNK (c-Jun N-terminal kinase) وتنشيط NF-kappaB ، والذي ينظم التعبير عن العديد من الجينات المسببة للالتهاب [51]. يلعب بروتين CYLD دورًا مهمًا في تنظيم المسارات المؤدية إلى تنشيط NF-kappaB [52]. أيضًا ، من المعروف أن STAT3 يتوسط الاستجابات الخلوية للإنترلوكينات وعوامل النمو ، ويتوسط STAT3 في التعبير عن مجموعة متنوعة من الجينات استجابة لمحفزات الخلية ، وبالتالي يلعب دورًا رئيسيًا في موت الخلايا المبرمج.

    التنوع الجيني والتاريخ السكاني

    يمكن إعادة بناء التاريخ الديموغرافي للأنواع من الجينوم المتسلسل بعمق [53]. حسبنا أولاً مستوى التنوع الجيني للنسر السينمائي عن طريق قياس معدل SNV متغاير الزيجوت الموجود في الجينوم. تم العثور على التنوع الجيني ليكون 0.00132 ، وهو مشابه للتنوع الملحوظ في نسر الديك الرومي (0.00148) وأعلى بكثير من ذلك لدى البشر (0.00069) [54] والنسر الأصلع (0.00053). استنتجنا أيضًا التاريخ الديموغرافي للنسر السينمائي باستخدام نموذج ماركوفيان المتحد المتسلسل (PSMC) [55] (الشكل 3). منذ ما بين 1000000 و 200000 سنة ، أظهر النسر السينمائي والنسر الأصلع نفس الحجم الفعال للسكان. ومع ذلك ، خلال أواخر العصر البليستوسيني (ما يقرب من 110.000 إلى 12.000 سنة مضت) ، تذبذب حجم السكان الفعال للسينيري بشكل ملحوظ ، في حين أن النسر الأصلع ونسر الديك الرومي كانا مستقرين نسبيًا. على وجه الخصوص ، عانى سكان النسور السينمائية من اختناق شديد بين 110.000 و 70.000 عام مضت ، في حين أظهر النسر الأصلع ونسر الديك الرومي حجمًا مستقرًا نسبيًا ومتزايدًا في عدد السكان ، على التوالي.


    قراءة متعمقة

    هناك العديد من المراجع المنتشرة في جميع أنحاء هذا الموقع ، ومعظمها خاصة بموضوعات معينة. تجد في هذه الصفحة مراجع عامة مختلفة ، مع وصف موجز لكل منها.

    صور من الطحالب الأسترالية

    تحتوي هذه الكتب على صور ملونة لنباتات الطحالب الموجودة في جنوب شرق أستراليا ، ومعظمها من مناطق غير قاحلة. ستجد أيضًا صورًا ملونة في بعض أدلة التعريف المدرجة في القسم التالي.

    جرمان ، SJ & amp Fuhrer ، BA. (1995) ، الطحالب والحشائش الكبدية في الغابات المطيرة في تسمانيا وجنوب شرق أستراليا. غابات تسمانيا ، CSIRO و ABRS. (العديد من الصور الملونة الممتازة لنباتات الغابات الرطبة.)

    ميجر ، دي أند فوهرر ، ب. (2003). دليل ميداني للطحالب والنباتات الحليفة في جنوب أستراليا. ABRS ، كانبيرا و FNCV ، ملبورن. (أوصاف ، لكل من السمات المجهرية والميكروسكوبية ، والصور الملونة للعديد من الطحالب الأسترالية الجنوبية الشرقية.)

    أدلة تحديد الطحالب الأسترالية

    بالنسبة لغالبية الطحالب ، فإن صور النباتات ليست كافية إذا كنت تريد تحديد عينة للأنواع. ستحتاج إلى القيام ببعض الأعمال المجهرية والاستفادة من مفتاح تعريف يستخدم بعض الميزات المجهرية. تحتوي جميع المراجع المدرجة في هذا القسم على مفاتيح التعريف هذه. إذا لم تكن على دراية بالمصطلحات البريولوجية ، إذن كتاب Bill & amp Nancy Malcolm & rsquos ، الطحالب والنباتات الطحلبية الأخرى: مسرد مصور (الطبعة الثانية التي نُشرت في عام 2006 بواسطة Micro-Optics Press ، Nelson ، NZ) هو كتاب مفيد للغاية. يحتوي على صور ملونة عديدة توضح الشروط.

    أليسون ، KW & amp Child ، J. (1975). ليفروورتس في نيوزيلندا. مطبعة جامعة أوتاجو ، دنيدن. (دليل تعريف ، به العديد من الرسوم البيانية بالأبيض والأسود ، وعلى الرغم من العنوان ، فهو مفيد في أستراليا.)

    Beever، J Allison، KW & amp Child، J. (1992). طحالب نيوزيلندا (الطبعة الثانية). مطبعة جامعة أوتاجو ، دنيدن. (دليل تعريف يحتوي على العديد من الرسوم البيانية والصور الملونة. على الرغم من أنه يعد كتابًا نيوزيلنديًا ، إلا أنه مفيد جدًا في أستراليا.)

    باك ، دبليو آر فيت ، دي إتش آند مالكولم ، دبليو إم. (2002). مفتاح أجناس الطحالب الأسترالية. ABRS ، كانبيرا. (العنوان يقول كل شيء. للشخص الطحلب الجاد. هناك العديد من الصور الملونة)

    كيرنز ، أ. (2007). مقدمة إلى الطحالب الاستوائية في الغابات المطيرة، ص 189-226 في Jackes ، B.R. نباتات الغابات الاستوائية المطيرة إلى الصحة: ​​دليل تحديد، جامعة جيمس كوك ، تاونسفيل ، 2007 (الطبعة الثانية) (مفتاح تعريف ، بشكل أساسي للأجناس ، من نباتات الغابات الاستوائية المطيرة. هناك أيضًا صور فوتوغرافية باللونين الأبيض والأسود ورسومات لميزات الطحالب بالإضافة إلى نص تمهيدي جيد يقدم بعض العناصر الأساسية حقائق عن الطحالب.)

    كاتشيسايد ، دي جي. (1980). طحالب جنوب أستراليا. حكومة جنوب أستراليا ، أديلايد. (الأوصاف الفنية والأساسية للأشخاص الجادين بشأن الطحالب في المناطق الجافة في أستراليا.)

    إلدريدج ، دي جي وأمبير توزر ، مي. (1997). دليل عملي لأشنات التربة والنباتات الطحلبية في أستراليا و rsquos Dry Country، Department of Land and Water Conservation، Sydney. (حساب شبه شائع لإيكولوجيا الأنواع في أستراليا شبه القاحلة. العديد من الصور الملونة ومفتاح للأنواع الأكثر شيوعًا في المناطق الجافة. عادةً ما تكون الأشنات والنباتات الطحلبية في أستراليا شبه القاحلة غائبة عن الأدلة الميدانية. )

    إنجل ، جي جي وأمبير جليني ، د. (2008). A Flora of the Liverworts و Hornworts في نيوزيلندا. المجلد 1. مطبعة حديقة ميسوري النباتية ، سانت لويس. (عمل تقني مفصل بشكل رائع والذي ، على الرغم من عنوانه ، مفيد جدًا في أستراليا. يحتوي الكتاب على أوصاف تفصيلية ورسومات متعددة بالأبيض والأسود و 16 صفحة من الصور الملونة. وهذا أيضًا المجلد 110 في السلسلة ، Monographs in Systematic Botany من حديقة ميسوري النباتية.)

    جليني ، دي أند أمبير مالكولم ، ب. (2005). مفتاح ليفروورت الأسترالي & amp ؛ هورنوورت جنيرا. ABRS ، كانبيرا و CBIT ، بريسبان. (يحتوي هذا القرص المضغوط على دليل تعريف تفاعلي للمستوى العام ، باستخدام برنامج Lucid ، ولكن يمكن الاستمتاع به من خلال الرسوم التوضيحية وحدها.)

    مكارثي ، PM (محرر) (2006). فلورا أستراليا ، المجلد 51 (الطحالب 1). ABRS & amp CSIRO ، كانبرا. (دليل تعريف تقني & ndash هو الأول من عدة مجلدات مخصصة للطحالب. يوجد في بداية الكتاب قسم يقدم مقدمة عامة عن الطحالب وتاريخ دراستهم في أستراليا.)

    سكوت ، جام. (1985). ليفروورتس جنوب أستراليا. خدمة النشر الحكومية الأسترالية ، كانبيرا. (دليل تعريف مكتوب للأشخاص الجادين بشأن حشيشة الكبد الأسترالية.)

    Scott، GAM. & amp Stone، IG. (1976). طحالب جنوب أستراليا. المطبعة الأكاديمية ، لندن. (دليل تعريف مكتوب للأشخاص الجادين بشأن الطحالب الأسترالية. رسومات متعددة باللونين الأبيض والأسود للميزات العيانية والميكروسكوبية.)

    كتب - أخرى

    Brightman، FH & amp Nicholson، BE. (1979). كتاب أكسفورد للنباتات الخالية من الزهور(تصويب. إعادة.). مطبعة جامعة أكسفورد ، أكسفورد. (لوحات وأوصاف مختصرة للعديد من كاميرات التشفير).

    كروم ، هـ. (2001). التنوع الهيكلي للنباتات الطحلبية. جامعة ميشيغان العشبية ، ميشيغان. (مناقشة تفصيلية ومخططات عديدة لهيكل الطحالب.)

    Glime، J & amp Saxena، D. (1991). استخدامات الطحالب. Today & amp Tomorrow & rsquos Printers & amp Publishers ، نيودلهي. (دراسة استقصائية للعديد من الأدوار البيئية للنباتات الطحلبية وكذلك الطرق التي استخدمها البشر بها).

    Gradstein، SR Churchill، SP & amp Salazar-Allen، N (2001). دليل نباتات الطحالب في أمريكا الاستوائية. مطبعة حديقة النباتات في نيويورك ، نيويورك. (هناك العديد من الرسوم التخطيطية الجيدة في هذه الكتب من حوالي 600 صفحة. إنه كتاب تقني ، مع مفاتيح تعريف وصولاً إلى مستوى الجنس & ndash ووصف لميزات كل جنس. تم العثور على معظم الأجناس أيضًا في غير الأمريكيين لذا فإن الكتاب مفيد في المناطق الاستوائية الأخرى ، ويشكل هذا الكتاب المجلد 86 من مذكرات حديقة نيويورك النباتية.)

    Hallingb & aumlck ، T & amp Hodgetts ، N. (المترجمون). (2000). الطحالب ، ليفروورتس ، ونباتات الزهقرنية. مسح الحالة وخطة عمل الحفظ للنباتات الطحلبية. IUCN / SSC Bryophyte Specialist Group ، IUCN ، Gland ، سويسرا وكامبريدج ، المملكة المتحدة. (مسح عالمي للتهديدات التي تتعرض لها الطحالب وحساب لخطط الحفظ.)

    جيويل ، أ. (1964). كتاب الأوبزرفر عن الطحالب وحشيشة الكبد . شركة فريدريك وارن وشركاه المحدودة ، لندن. (يحتوي هذا على رسوم بيانية وأوصاف موجزة للأنواع وصور ملونة لأنواع بريطانية مختلفة ، بعضها يحدث في أستراليا. وهو كتاب مفيد للتعرف على أنواع الطحالب المتنوعة وهياكلها.)

    مالكولم ، ب & أمبير ن. (1989). غابة السجاد . كريج بوتون ، نيلسون ، نيوزيلندة. (العديد من الصور الملونة الممتازة وحقائق مختلفة حول بيئة التشفير والهيكل والبيولوجيا.)

    مالكولم ، ب & أمبير ن. (2006). الطحالب والنباتات الطحلبية الأخرى: مسرد مصور ،الطبعة الثانية. مطبعة البصريات الدقيقة ، نيلسون ، نيوزيلندة. (مسرد مصور بغزارة ورائع للمصطلحات التقنية في علم الأحياء.)

    باريهار ، NS. (1965). مقدمة إلى Embryophyta. المجلد 1. بريوفيتا. مستودع الكتاب المركزي ، الله أباد ، الهند. (يقدم هذا الكتاب رسومًا بيانية ونصًا عن المشيجيات والنباتات البوغية والتاريخ التطوري للعديد من أنواع الطحالب. إنه منجم ذهب للمعلومات مع مراجع وفيرة لمزيد من الأدبيات.)

    بورلي ، ر. (2008). نباتات الطحالب الصالحة للزراعة. Wildguides ، Old Basing. (دليل ميداني للنباتات الطحلبية في الأراضي المزروعة في بريطانيا وأيرلندا. تم تعبئة العديد من الصور والكثير من المعلومات في حجم سهل الاستخدام. هناك ما يكفي في هذا الكتاب لإثارة اهتمام عالم الأحياء الأسترالي المتحمّس.)

    بورلي ، R & amp Hodgetts ، N. (2005). الطحالب و ليفروورتس. كولينز ، لندن. (تقدم الفصول القليلة الأولى مقدمة عامة جيدة للنباتات الطحلبية. تم تخصيص الجزء الأكبر من الكتاب للحسابات التفصيلية للنباتات الطحلبية الموجودة في الموائل المختلفة في المملكة المتحدة ، لذلك هناك الكثير من التفاصيل المحددة التي لا صلة لها بأستراليا. ومع ذلك ، توفر فصول الموائل هذه الكثير من المعلومات المثيرة للاهتمام حول سلوك الطحالب وتستحق القراءة من قبل أي شخص يرغب في الحصول على فهم جيد للنباتات الطحلبية.)

    ريتشاردز ، ب. (1950). كتاب الطحالب. كتب البطريق ، لندن. (نص تمهيدي و 16 لوحة ملونة رائعة ، مستنسخة من دراسة 1787-97 كتبها يوهان هيدويج ، عالم الأحياء الرائد.)

    ريتشاردسون ، DHS. (1981). بيولوجيا الطحالب. منشورات بلاكويل العلمية ، أكسفورد. (قديم بعض الشيء ، لكنه لا يزال مفيدًا للغاية ويتم عرضه على جمهور أكثر عمومية من مرجع Shaw & amp Goffinet الوارد أدناه.)

    سكوفيلد ، دبليو بي. (1985). مقدمة في علم الأحياء. ماكميلان ، نيويورك. (جيمقدمة عن التصنيف والتركيب والبيولوجيا والجغرافيا.)

    سكوت ، GAM Entwistle ، T May ، T & amp Stevens N. (1997). نظرة عامة على حفظ الأشنات الأسترالية غير البحرية ، الطحالب ، الطحالب والفطريات . الحياة البرية أستراليا ، كانبيرا. (العنوان يقول كل شيء).

    Shaw ، AJ & amp Goffinet ، B. (محرران). (2000). بيولوجيا الطحالب. مطبعة جامعة كامبريدج ، كامبريدج. (أوراق مختلفة تقدم مراجعات موثوقة للعديد من جوانب الموضوع. انظر أيضًا مرجع ريتشاردسون المذكور أعلاه).

    لذا ، ML. (1995). الطحالب و ليفروورتس في هونغ كونغ. مستودع هيفينلي بيبول ، هونغ كونغ. (أوصاف وصور ملونة جيدة للعديد من الأنواع. يمكن العثور على عدد من هذه الأنواع في أجزاء من أستراليا الاستوائية وهناك عدد قليل من الصور المنشورة للنباتات الطحلبية الأسترالية الاستوائية. تم العثور على بعضها أيضًا في أستراليا المعتدلة. انظر أدناه للحصول على التكملة بواسطة Zhu & amp وبالتالي.)

    واتسون ، إي في. (1971). هيكل وحياة الطحالب. هاتشينسون ، لندن. (وصف لبنية الطحالب ، والأحياء ، والبيئة ، والجغرافيا. العديد من المخططات B / W. أقل تقنية من مرجع Shaw & amp Goffinet المذكور أعلاه.)

    Zhu، RL & amp So، ML. (1996). الطحالب و ليفروورتس في هونغ كونغ. حجم 2. مستودع هيفينلي بيبول ، هونغ كونغ. (انظر التعليقات السابقة حول المجلد الأول ، بواسطة So only).


    نتائج

    Mitf يرتبط قصور haploinsufficiency بالتنظيم الأعلى للتوقيع الجيني المنظم من النوع I IFN في الخلايا الجذعية السرطانية والخلايا الصباغية

    من أجل تقييم آثار Mitf مي- vga9 / + على التعبير الجيني في الجسم الحي ، تم عزل الخلايا الجذعية السرطانية من أدمة الفئران البالغة في عمر 8 أسابيع. في هذا الوقت ، تتم مزامنة الشعر عبر جسم الفأرة في مرحلة الشعر في التيلوجين [27]. أثناء التيلوجين ، لا تحتوي بصيلة الشعر على بصيلة شعر أو خلايا صبغية متباينة ، وتكون الخلايا الصباغية الخلايا الصباغية الوحيدة الموجودة داخل الشعر. يمكن التعرف عليها من خلال تعبيرها عن إنزيم الدوباكروم توتوميراز (DCT) ومستقبل الغشاء KIT ، ويتم ملاحظتها في انتفاخ الشعر (المنطقة العلوية من الشعر في المرحلة التيلوجينية التي تقع عند نقطة إدخال الشعيرة المصححة. العضلة) وجراثيم الشعر الثانوية (المنطقة السفلية من شعر طور التيلوجين الأقرب إلى الحليمة الجلدية الشكل 2 أ). من أجل عزل هذه الخلايا الجذعية من الشعر التيلوجيني ، أدمة Mitf مي- vga9 / + والفئران من النوع البري تم فصلها وتمييزها عن طريق مناعي بعلامات سطح الخلية ، KIT ومجموعة التمايز 45 (CD45). تم بعد ذلك استخدام فرز الخلايا المنشطة الفلورية (FACS) لتمييز McSCs (KIT + / CD45−) عن الخلايا البدينة (KIT + / CD45 + الشكل 2 ب). عند التقييم في المختبر بعد 1 أو 3 أو 5 أيام من الفرز ، فإن أكثر من 92٪ من مجموعة الخلايا KIT + / CD45− تعبر عن بروتين الخلايا الصباغية DCT وتبدأ في إنتاج الصباغ في 5 أيام (الشكل 2 ج و 2 د). بالإضافة إلى ذلك ، نظرًا لأن MITF هو منظم نسخ معروف لـ عدة الجين [20،28] ، قمنا بمقارنة النسب المئوية للسكان داخل كل بوابة FACS بين النوع البري و Mitf مي- vga9 / + معلقات الخلايا الجلدية. لم يلاحظ فرق كبير في النسبة المئوية للخلايا الجلدية KIT + / CD45− بين النوع البري و Mitf مي- vga9 / + الحيوانات ، مما يوحي بأن Mitf مي- vga9 الطفرة لا تغير من قدرة استراتيجية FACS هذه على تحديد سكان McSC (الشكل 2E). يشير هذا إلى أن استراتيجية الفرز هذه كافية لإنتاج مجموعة غنية للغاية من MCSCs لتحليل النسخ.تم عزل الحمض النووي الريبي من مجموعات KIT + / CD45− McSC التي تم الحصول عليها من الأدمة من النوع البري و Mitf مي- vga9 / + ثم تعرضت الفئران لتسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq).

    (أ) الوسم المناعي لبروتين KIT في جلد الفأر في عمر 8 أسابيع. في هذا الوقت ، توجد غالبية الشعر في مرحلة الشعر التيلوجيني ، ويلاحظ وجود MCSCs الإيجابية لكل من KIT (الأخضر) و DCT (الأحمر) في انتفاخ الشعر (السهم) وجراثيم الشعر الثانوية (رؤوس الأسهم). الخطوط البيضاء المنقطة تحدد الخطوط العريضة لبصيلات الشعر. (ب) ينتج FACS للخلايا الجلدية من الفئران البالغة من العمر 8 أسابيع مجموعتين من KIT +. McSCs هي CD45− والخلايا البدينة CD45 +. إستراتيجية بوابات FACS (مخطط التألق المركزي) المستخدمة لعزل McSCs تفصل بنجاح كل نوع من أنواع الخلايا هذه ويتم تأكيدها من خلال تصور التشكل المتميز لـ McSCs صغيرة وغالبًا ما تكون ثنائية القطب (صور المرحلة اليسرى) ، في حين أن الخلايا البدينة كبيرة وخشنة المظهر (يمين) صورة المرحلة). (ج) تم وضع خلايا KIT + / CD45− المعزولة بواسطة FACS في الثقافة وتقييمها للتعبير عن KIT و DCT عن طريق الوسم المناعي على مدى فترة 5 أيام. تم تحديد الخلايا الكلية بواسطة العلامة النووية DAPI. يوضح الجدول النسبة المئوية والعدد الإجمالي (بين قوسين) للخلايا التي تعرض نمط التلوين المشار إليه. ينتج بروتوكول FACS هذا عدد سكان McSC نقي نسبيًا ، حيث تكون & gt92 ٪ من الخلايا DCT + يوم واحد بعد الفرز. (د) يظل KIT + / CD45 McSCs المعزول من FACS إيجابيًا لعلامات الخلايا الصباغية KIT (أخضر) و DCT (أحمر) وتظهر سمات تشبه الخلايا الصباغية أثناء زراعة الأنسجة. تتطور هذه الخلايا من كونها دائرية في يوم واحد ، إلى انتشار طفيف في 3 أيام ، إلى شجيري وتصبغ على مدى 5 أيام. (هـ) يؤكد تقييم البوابات (المربعات) المشار إليها على مخططات التألق FACS أنه لا يوجد فرق كبير من خلال ر اختبار عند مقارنة النسبة المئوية لكل مجموعة خلايا بين النوع البري (المؤامرة اليسرى) و Mitf مي- vga9 / + (المؤامرة اليمنى) تعليق الخلايا الجلدية (KIT + / CD45− ، ص = 0.85 كيت + / CD45 + ، ص = 0.14 KIT− / CD45 + ، ص = 0.28). يتم تمثيل النسب المئوية على أنها متوسط ​​± الانحراف المعياري ، مع ن = 3 أنواع لكل تركيب وراثي. البيانات الأولية المستخدمة لإنشاء هذه الرسوم البيانية متاحة في بيانات S1. APC ، allophycocyanin CD45 ، مجموعة التمايز 45 DCT ، dopachrome tautomerase FACS ، فرز الخلايا الفلورية المنشط ، FITC ، fluorescein McSC ، الخلايا الجذعية الصباغية Mitf، تكوين الميلانين المرتبط بعامل النسخ Neg ، سلبي PIG ، صبغة.

    باستخدام قطع 1.5 مرة ، يقرأ تحليل التعبير الجيني التفاضلي لسلسلة RNA-seq التي تم الحصول عليها من Mitf مي- vga9 / + و McSCs من النوع البري ، كما هو متوقع ، Mitf مي- vga9 / + تُظهر McSCs التعبير المنخفض عن الجينات المرتبطة بالتصبغ المعروف أن MITF ينظمها بشكل إيجابي (بيانات S2). هذا يشمل DCT, Gpnmb, Gpr143, Irf4, عدة, ملانا, التقى, Rab27a, Slc45a2, Tbx2، و صور. ومع ذلك ، كشف هذا التحليل أيضًا عن إثراء غير متوقع لـ DEGs الخاضعة للتنظيم في Mitf مي- vga9 / + McSCs التي تشارك في المناعة الفطرية (بيانات S2). من بين 411 جينًا مع أكثر من 1.5 ضعفًا في التنظيم Mitf مي- vga9 / + من الخلايا ، 55 خلية على الأقل معروفة بتورطها في الإشارات المناعية الفطرية من النوع الأول (DAVID Functional Annotation Tool [29،30] and interferome.org [31]). وتشمل هذه مستقبلات التعرف على الأنماط السيتوبلازمية (PRRs Ddx58, Ifih1) ، منظمي النسخ (ايرف 7, الإحصاء 1) ، والجينات المحفزة IFN (ISGs) التي تنفذ الاستجابة المضادة للفيروسات (Ifit1, Ifit3, Isg15, ام اكس 1, Oas1a الشكل 3 أ ، بيانات S3). يُعرف التنظيم الأعلى لهذه المجموعة الفرعية المعينة من الجينات باسم "توقيع IFN" وغالبًا ما يرتبط بالعدوى الفيروسية واضطرابات المناعة الذاتية [32]. لاستبعاد احتمال أن يكون توقيع ISG هذا بسبب عدوى جرثومية لدينا Mitf مي- vga9 في الوقت الذي تم فيه حصاد McSCs من أجل FACS ، قمنا بتقييم تعبير ISG عن طريق تفاعل البوليميريز المتسلسل الكمي للنسخ العكسي (qRT-PCR) في جلود تم الحصول عليها من الفئران في يوم ما بعد الولادة 32 (P32) والتي كانت موجودة في منشأة غير ذات صلة والتي كانت موجودة معزولة وراثيا عن بلدنا Mitf مي- vga9 خط لعدة أجيال. بما يتوافق مع بيانات RNA-seq الخاصة بنا ، يتم الحصول على جلود من هذه Mitf مي- vga9 / + تظهر الفئران تنظيمًا واضحًا لمجموعات ISG الخمس التي تم تقييمها ، Ifih1, Ifit3, ايرف 7, Isg15، و الإحصاء 1، بالمقارنة مع الحيوانات التي لا تحمل هذه الطفرة (الشكل S1).

    (أ) خريطة الحرارة لقيم عدد القراءة المحجوبة والمجمعة والمتحولة من rlog التي تم الحصول عليها من تحليل RNA-seq لـ Mitf مي- vga9 / + و McSCs من النوع البري. خمسة وخمسون من الأربعمائة أحد عشر جينًا أظهروا زيادة ذات دلالة إحصائية أكبر من 1.5 ضعفًا في التعبير في Mitf مي- vga9 / + تشارك McSCs على McSCs من النوع البري في إشارات المناعة الفطرية ويتم تقديمها هنا (ص تم تعديله & lt 0.05 ، تم تعديل Benjamini-Hochberg ص-القيمة). (ب) الوسم المناعي لبروتين KIT في جلد الفأر عند P1.5. في هذا الوقت ، لوحظ أن KIT + (أخضر) ، DCT + (أحمر) الخلايا الصباغية تهاجر إلى بصيلات الشعر النامية. الخطوط البيضاء المنقطة تحدد الخطوط العريضة لبصيلات الشعر والخط الصلب يشير إلى موضع البشرة. (ج) تحليل qRT-PCR لـ Mitf وتعبير ISG (Ifih1, Ifit3, ايرف 7, Isg15، و الإحصاء 1) في الخلايا الميلانينية الأولية المعزولة من Mitf مي- vga9 / + والجراء البرية من النوع P1.5. تشير كل دائرة إلى التعبير عن الخلايا من خط خلية خلايا الميلانوبلاست الأولية الفردية المتولدة من جرو فردي. تمثل الأشرطة الأفقية المتوسط ​​، وتشير العلامات النجمية إلى تغيرات التعبير الجيني بـ a ف- قيمة & lt0.05 باستخدام إجراء تصعيد خطي من مرحلتين لكل من Benjamini و Krieger و Yekutieli ، مع س = 5%. (د) تحليل qRT-PCR للتعبير الجيني من النوع الأول للإنترفيرون (إفنا 4 و Ifnb1) في خطوط الخلايا الصباغية الأولية (المعزولة كما هو موضح في [C]). عولجت خطوط خلايا الميلانوبلاست لمدة 9 ساعات مع ليبو فكتامين فقط (ليبو فقط) أو ليبوفيكتامين وبولي (I: C) (ليبو + بولي (I: C)). تمثل الأشرطة الأفقية المتوسط ​​، وتشير العلامات النجمية إلى تغيرات التعبير الجيني بـ a ف- قيمة & lt0.05 باستخدام إجراء تصعيد خطي من مرحلتين لكل من Benjamini و Krieger و Yekutieli ، مع س = 5٪. تمثل البيانات المقدمة هنا تجربتين مستقلتين تختبران المعالجة المتعددة (I: C) لخطوط الخلايا الصباغية الأولية في ممرين مختلفين من الخلايا. البيانات الأولية المستخدمة لإنشاء الرسوم البيانية في (C) و (D) متوفرة في S1 Data. DCT ، dopachrome tautomerase ISG ، شحم الجين المحفز IFN + بولي (I: C) ، lipofectamine و poly (I: C) lipo فقط ، lipofectamine فقط Mitf، عامل النسخ المرتبط بتكوين الميلانين ، McSC ، الخلايا الجذعية الصباغية P ، يوم ما بعد الولادة qRT-PCR ، تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي للنسخ العكسي RNA-seq ، تسلسل الحمض النووي الريبي.

    تتكون الإشارات المناعية الفطرية من النوع الأول من سلسلة إشارات من جزأين. أولاً ، في الخلية المصابة ، يتم التعرف على الحمض النووي أو الحمض النووي الريبي الفيروسي بواسطة PRRs ، وتؤدي الإشارات النهائية إلى فسفرة عوامل تنظيم الإنترفيرون (IRFs). تدخل IRFs النشط إلى النواة وتنظم نسخًا أعلى من جينات IFN من النوع I لإنتاج الكيموكينات IFN-α و-. عبر إشارات الأوتوكرين والباراكرين ، تربط IFN مستقبلات IFN وتنشط سلسلة إشارات ثانية ينتج عنها برنامج ISG واسع وقوي. تتوسط مجموعات ISG في الاستجابة المضادة للفيروسات في كل من الخلايا المصابة والخلايا المجاورة [33-36]. وبناءً على ذلك ، فسرنا ذلك Mitf مي- vga9 / + يجب على McSCs أن ينظم بسهولة أكبر Ifn التعبير الجيني استجابةً للفيروس مقارنةً بـ McSCs من النوع البري إذا كان توقيع IFN مرتبطًا بـ Mitf مي- vga9 هو حقا حقيقي. لاختبار ذلك ، يمكن محاكاة العدوى الفيروسية عن طريق توصيل الرنا المزدوج الجديلة الاصطناعية في السيتوبلازم الخلوي عبر ترنسفكأيشن القائم على شحوم الفكتامين. Polyinosinic: حمض polycytidylic (بولي (I: C)) هو نوع واحد من dsRNA ، وهو ناهض للجين 5 المرتبط بـ PRR السيتوبلازمي (MDA5 ، المشفر بواسطة Ifih1 الجين) ، وهي كافية للتوسط من النوع الأول من استجابات IFN في المختبر وفي الجسم الحي [37].

    تقنيات توسيع الخلايا الجذعية الخلقية في الثقافة من أجل التحليل في المختبر ليست راسخة ، لذلك قمنا بدلاً من ذلك بتقييم الخلايا الصباغية الأولية لاستجابتها للتقليد الفيروسي. تشير الخلايا الصباغية الأولية إلى سلائف الخلايا الصباغية شديدة التكاثر ، KIT + ، التي تغزو بصيلات الشعر النامية وتؤدي إلى تكوين خلايا صباغية متباينة أو خلايا صباغية متباينة أثناء تشكل الشعر في الفترة المحيطة بالولادة (الشكل 3 ب). باستخدام نفس استراتيجية FACS كما هو موضح أعلاه (الشكل 2 ب)يمكن عزل الخلايا الصباغية الأولية KIT + / CD45− من الجلد الكامل للجراء على P1.5 وتمرر بسهولة في زراعة الأنسجة. مقارنة الخلايا المعزولة من النوع البري و Mitf مي- vga9 / + رفقاء القمامة ، أكدنا ذلك أولاً Mitf مي- vga9 / + تعرض الخلايا الصباغية توقيع IFN مشابهًا لـ McSCs البالغة. بواسطة qRT-PCR قمنا بتقييم مجموعات ISG Ifih1, Ifit3, ايرف 7, Isg15، و الإحصاء 1 وأظهر ذلك Mitf مي- vga9 / + تظهر الخلايا الصباغية تنظيمًا كبيرًا للعديد من مجموعات ISG ، وهي Ifih1, Ifit3, ايرف 7، و Isg15 (الشكل 3 ج). على الرغم من توقيع IFN ، القاعدية Ifn التعبير الجيني في Mitf مي- vga9 / + وخلايا الميلانوبلاست من النوع البري متكافئة ولا يمكن اكتشافها تقريبًا (التين 3D يبو فقط). ومع ذلك ، فإن تعداء عابر لهذه الخلايا الصباغية مع بولي (I: C) يستحث التعبير عن إفنا 4 و Ifnb1 في كلا نوعي الخلايا ، مع Mitf مي- vga9 / + الخلايا الصباغية التي تعبر عن 2 إلى 3 أضعاف Ifn مستويات الرنا المرسال من الخلايا الصباغية من النوع البري (التين 3D يبو + بولي (I: C)). يوضح تعبير ISG في الخلايا الصباغية في الفترة المحيطة بالولادة أن توقيع IFN لوحظ في Mitf مي- vga9 / + الحيوانات ليست مقصورة على MCSC أو النقطة الزمنية للبالغين. التشابه في القاعدية Ifn التعبير بين النوع البري و Mitf مي- vga9 / + تشير الخلايا الصباغية أيضًا إلى أن توقيع IFN الذي لوحظ في Mitf مي- vga9 / + الخلايا الصباغية لا ترجع إلى الإنتاج المستمر لـ IFN بواسطة الخلايا الصباغية. علاوة على ذلك ، فإن المحسن Ifn التعبير الذي أظهره Mitf مي- vga9 / + تشير الخلايا الصباغية بعد التعرض للتقليد الفيروسي إلى عدم كفاية الفرد Mitf يهيئ هذه الخلايا الصباغية للاستجابة المضادة للفيروسات.

    يربط MITF المروج للعديد من ISGs ويقمع بشكل نسخ تعبير ISG في المختبر

    MITF هو عامل نسخ يعزز التنظيم المباشر وغير المباشر لعدد من الجينات الضرورية لتطور الخلايا الصباغية ، والتمايز ، والتكاثر ، والبقاء على قيد الحياة [38]. وبالتالي ، قمنا بالتحقيق فيما إذا كان توقيع IFN ملحوظًا في Mitf مي- vga9 / + قد تعتمد الخلايا الجذعية الخلقية والخلايا الصباغية على دور MITF كعامل نسخ. لتحديد ما إذا كان الحد من Mitf كافية لتؤدي إلى تغيير مباشر في تعبير ISG المستقل للخلايا الصباغية ، فقد أوقعنا Mitf في خط الخلايا الصباغية للماوس الخالد الميلان- أ باستخدام نهج RNA صغير متداخل (سيرنا). يمكن أن يؤدي توصيل siRNAs داخل الخلايا إلى استجابة مناعية فطرية غير محددة يمكن تخفيفها من خلال دمج 2′-ا-methyl-uridine أو guanosine nucleosides في خيط واحد على الأقل من مزدوج سيرنا [39]. وهكذا ، قمنا بتوليد اثنين من siRNAs - معيار siRNA مقابل Mitf (سيميتف [40]) ومعدلة Mitf سيرنا بتسلسل متطابق ولكن تم تصنيعه ليشمل ثلاثة 2′-ا-مجموعات الميثيل على طول كل خيط من سيرنا (سيميتف- OM). تمشيا مع قمع MITF لتعبير ISG ، ضربة قاضية لـ Mitf مع أي منهما سيميتف أو سيميتف- OM يؤدي إلى تنظيم قوي يصل إلى مجموعات ISG Ifih1, Ifit3, ايرف 7, Isg15، و الإحصاء 1 في غضون 48 ساعة من تعداء الدم مقارنةً بالتحكم في siRNA المخفوق (سيميتف- scram الشكل 4 أ). تدعم هذه البيانات الفرضية التي لوحظ فيها توقيع IFN Mitf مي- vga9 / + قد تكون الفئران بسبب تنظيم الجينات بوساطة MITF من ISGs.

    (أ ، ب) التعبير الجيني النسبي في خلايا الميلان أ بعد 48 ساعة من تعداء الخلايا باستخدام سيرنا. في (أ)، تم نقل الخلايا باستهداف siRNAs Mitf (سيميتف و سيميتف- OM) أو عنصر تحكم مشابه مختلط سيرنا (سيميتف- scram). في (ب)، تم نقل الخلايا باستخدام واحد من اثنين من siRNAs المستهدفة Irf4 (siIrf4_a, siIrf4_b) أو siNC1. تمثل الأشرطة المتوسط ​​± الانحراف المعياري ، وتشير العلامات النجمية إلى تغيرات التعبير الجيني بـ a ف- قيمة & lt0.05 باستخدام إجراء تصعيد خطي من مرحلتين لكل من Benjamini و Krieger و Yekutieli ، مع س = 5٪. تمثل البيانات المقدمة في A و B تجربتين مستقلتين بالضربة القاضية أجريت في خلايا الميلان أ في ممرين مختلفين من الخلايا. (ج) مخططات فين توضح تقاطع قوائم الجينات. يمثل الرسم البياني الأيسر الجينات التي تظهر اختلافًا بمقدار 1.5 ضعف أو أكبر في التعبير في Mitf مي- vga9 / + على McSCs من النوع البري (Mitf مي- vga9 / + DEGs ، الدائرة العلوية) متداخلة مع قائمة الجينات المرتبطة بقمم MITF ChIP-seq التي أبلغ عنها Webster et al. 2014 (MITF ChIP-seq الجينات ، الدائرة السفلية) [41] وتعتبر أهدافًا مباشرة محتملة لـ MITF. يتم توفير هذه الأهداف المباشرة 108 في بيانات S4. تم تحديد الجينات المستهدفة المباشرة بشكل أكبر من خلال مقارنتها بقائمة من جينات التصبغ المعروفة في الرسم البياني الأيمن العلوي ومع قائمة تضم 55 جينًا فطريًا مرتبطًا بالمناعة تم تنظيمها في Mitf مي- vga9 / + McSCs (كما هو محدد في الشكل 3 أ) في الرسم البياني الأيمن السفلي. (د) تم إجراء MITF ChIP-qPCR في خلايا melan-a ومعايرتها للتخصيب في مواقع الجينات المشار إليها (DCT, Ifih1, Ifit3, الإحصاء 1). تم تضخيم تسلسل الحمض النووي المركزي كعنصر تحكم سلبي (سلبي). تشير أشرطة الخطأ إلى يعني ± الانحراف المعياري لاثنين من عمليات سحب رقاقة مستقلة. البيانات الأولية المستخدمة لإنشاء الرسوم البيانية في (أ) و (ب) و (د) متوفرة في بيانات S1. فعل، الأكتين بيتا ChIP ، الترسيب المناعي للكروماتين ChIP-qPCR ، الترسيب المناعي للكروماتين الكمي تفاعل البوليميراز الكمي ChIP-seq ، تسلسل الترسيب المناعي للكروماتين DEG ، الجين IgG المعبر عنه تفاضليًا ، الغلوبولين المناعي G McSC ، الخلايا الجذعية الصباغية MITF ، التحكم في الميلانوجين الخلوي siNC1، غير الاستهداف السيطرة سيرنا siRNA ، صغيرة تدخل الحمض النووي الريبي.

    من بين الجينات المعبر عنها تفاضليًا في Mitf مي- vga9 / + McSCs ، كنا مهتمين بشكل خاص بالعامل التنظيمي IFN 4 ، Irf4. في الخلايا الصباغية البشرية ، يرتبط MITF وينشط Irf4 عبر مُحسِّن intronic [42] ، وبالتالي ، يمكن لـ IRF4 تنظيم إشارة IFN نسبيًا عن طريق قمع العامل التنظيمي الرئيسي للتعبير الجيني IFN ، ايرف 7 [43 ، 44]. تم تحديد دراسة ارتباط الجينوم على نطاق واسع لأمريكا اللاتينية Irf4 كموقع مرتبط بشيب الشعر [45]. لأن Irf4 و ايرف 7 تظهر علاقة متبادلة في Mitf مي- vga9 / + MCSCs (Irf4 أسفل و ايرف 7 اعلى بيانات S2) ، سألنا عما إذا كان Irf4 قد تكون مسؤولة بشكل غير مباشر عن تنظيم مجموعات ISG في Mitf مي- vga9 / + الخلايا الصباغية. ومع ذلك ، في غضون 48 ساعة من الإطار الزمني هذا يكفي Mitf ضربة قاضية تؤدي إلى زيادة التنظيم في ISG ، لم نلاحظ تنظيمًا تنازليًا ثابتًا لـ Irf4 بين الاثنين Mitf siRNAs (الشكل 4 أ). كعنصر تحكم ، أكدنا أيضًا أن الخلايا يتم علاجها بأي منهما سيميتف أو سيميتف- OM ينتج عنه التنظيم النازل المتوقع للجين الميلانوسومي بميل 17، والتي يُعرف MITF بتنشيطها نسبيًا (الشكل 4 أ [46]). بناءً على هذه الملاحظات ، توقعنا أن التنظيم الأعلى لـ ISGs لوحظ مع Mitf ضربة قاضية لا يمكن أن تعتمد على IRF4. في الواقع ، باستخدام اثنين فريد من نوعه Irf4 siRNAs (siIrf4_a و siIrf4_b), Irf4 يمكن تقليل التعبير الجيني بشكل كبير مقارنةً بالتحكم السلبي siRNA (siNC1). ومع ذلك ، عند النظر في نتائج كليهما Irf4 siRNAs ، Irf4 ضربة قاضية لا تؤدي إلى التنظيم المتسق أو ايرف 7 أو أي من ISGs الأخرى التي تم تحليلها (الشكل 4 ب). إجمالاً ، تدعم هذه النتائج دورًا جديدًا لـ MITF في قمع توقيع IFN الأساسي في الخلايا الصباغية في المختبر وتشير إلى أن MITF لا يتوسط هذه الاستجابة من خلال Irf4.

    تتمثل إحدى الآليات البديلة التي قد يشارك بها MITF في تنظيم جينات المناعة الفطرية من خلال التفاعل المباشر مع جيناتها رابطة الدول المستقلة-المناطق التنظيمية كما هو الحال مع العديد من جينات التصبغ [46-49]. للتحقيق في ذلك ، قمنا بفحص مجموعة بيانات تسلسل الترسيب المناعي بالكروم MITF المنشورة سابقًا (ChIP-seq) لربط MITF بالمناطق التنظيمية للجينات المناعية الفطرية [41]. الإحداثيات الجينية لقمم MITF ChIP-seq الموجودة في الخلايا الصباغية الأولية البشرية وخلايا سرطان الجلد COLO829 ، تم الإبلاغ عنها في Webster et al. 2014 [41] ، تم تحويلها من بناء الجينوم GRCh37 / hg19 إلى NCBI37 / mm9 (Galaxy Liftover) ، وتم تحديد الجينات المستهدفة المفترضة باستخدام GREAT ، الإصدار 3.0.0 [50]. بالنسبة لمجموعة الجينات التي تظهر قمم MITF ChIP-seq في حدود 5 كيلو بايت من موقع بدء النسخ في أي اتجاه (6771) ، وجدنا 108 جينًا يتم التعبير عنها أيضًا بشكل تفاضلي بأكثر من 1.5 ضعفًا في Mitf مي- vga9 / + MCSCs (الشكل 4 ج, بيانات S4). تم إثراء هذا التداخل بمقدار 1.22 ضعفًا مقارنة بالتوقعات (اختبار الهندسة الفائقة ص-القيمة = 0.0065) ، مما يشير إلى أن غالبية التعبير الجيني يتغير في Mitf مي- vga9 / + McSCs غير مباشرة. وهكذا ، تقاطعنا أيضًا مع 108 DEGs مع قائمتين جينيتين إضافيتين - إحداهما تشتمل على جينات تم الإبلاغ عن مشاركتها في التصبغ (برعاية الوراثة المندلية عبر الإنترنت في الإنسان ، ومعلومات جينوم الفأر ، وتحليل إثراء مجموعة الجينات) والثانية تضم 55 مجموعة ISGs المحددة أعلاه في الشكل 3 أ. تؤكد هذه المقارنة ، كما هو متوقع ، أن بعض DEGs في Mitf مي- vga9 / + تمثل McSCs أهداف MITF المعروفة المتورطة في التصبغ ولكنها تكشف أيضًا عن عدد من الجينات المناعية الفطرية التي قد تكون أيضًا تحت سيطرة MITF النسخية (الشكل 4 ج). من بين تسعة DEGs مناعية فطرية ، تعرض سبعة منها ذروة MITF ChIP-seq التي تمتد على موقع بدء النسخ وتتطابق مع دور MITF في التنظيم المباشر لهذه الجينات في المروج (المروج).الجدول 1).من أجل تأكيد أن MITF يرتبط بهذه المواقع في الخلايا الصباغية للفأر ، قمنا بتقييم إشغال MITF باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل الكمي للكروماتين (ChIP-qPCR) لثلاثة من مجموعات ISG السبعة في خلايا الميلان أ. لوحظ إثراء كبير للكروماتين المناعي (ChIP) لـ MITF في مناطق المروج لجميع مجموعات ISG الثلاثة التي يُتوقع أن تكون أهدافًا لـ MITF (Ifih1, Ifit3، و الإحصاء 1) وكذلك في منطقة المروج لجين مستهدف معروف لـ MITF ، DCT (الشكل 4 د). لم يلاحظ أي تخصيب لـ MITF لمنطقة التحكم السلبية ، وهو تسلسل داخل السنترومير. تدعم هذه الملاحظات دورًا تنظيميًا مباشرًا لـ MITF في قمع على الأقل بعض ISGs داخل الخلايا الصباغية.

    Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + تظهر الفئران تعبير ISG منظمًا ولكن لا يوجد تغيير في كثافة الخلايا المناعية داخل الجلد

    في حين أنه من المثير للاهتمام أن Mitf مي- vga9 / + تُظهر الفئران توقيع IFN وأن MITF يثبط بعضًا من هذه الجينات بشكل نسخي ، وقد نشأ الدافع الحقيقي لهذه الدراسة من الملاحظات السابقة التي Mitf مي- vga9 / + يسبب زيادة تمايز McSC وشيب الشعر بالاشتراك مع Tg التحوير (Dct-Sox10) [17]. من أجل التحقيق فيما إذا كانت الإشارات المناعية الفطرية الشاذة قد تفسر شيب الشعر في Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + الحيوانات ، قمنا أولاً بتقييم التعبير عن Mitf و ISGs في جلد الزملاء البالغين الناتجة عن التزاوج Mitf مي- vga9 / + و Tg (Dct-Sox10) / 0 حيوانات. ومن المثير للاهتمام أن تحليل qRT-PCR يكشف أن جلود الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مستويات مماثلة لتلك الخاصة بالنوع البري ، والجلود من Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + تظهر الفئران مستويات منخفضة من Mitf التي لا يمكن تمييزها عن Mitf مي- vga9 / + الفئران (الشكل 5 أ). هذا على النقيض من توقع زيادة الجين المحور Tg (Dct-Sox10) Mitf التعبير بسبب قدرة SOX10 على التنظيم Mitf نسخيا [51]. ومع ذلك ، في ارتباط مع هذه منخفضة Mitf مستويات التعبير والجلود من كليهما Mitf مي- vga9 / + و Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + تظهر الفئران تنظيمًا كبيرًا لمجموعات ISG Ifih1, ايرف 7, Isg15، و الإحصاء 1، مع Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + تُظهر الجلود التنظيم الإضافي الإضافي لـ Ifit3 (الشكل 5 أ ′). لأن Mitf مي- vga9 / + لا تظهر الفئران شيبًا في الشعر نفسها [17] ، وتشير هذه الملاحظات إلى أنه قد يكون مزيجًا فريدًا من خلل تنظيم الخلايا الصباغية عبر Tg (Dct-Sox10) / 0 وخلل التنظيم المناعي الفطري عبر Mitf مي- vga9 / + يؤدي إلى تفاقم شيب الشعر الذي لوحظ في Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + و Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf مي- vga9 / + الفئران.

    (أ ، أ ′) تحليل qRT-PCR لـ Mitf وتعبير ISG في الجلد المعزول من النوع البري البالغ ، Tg (Dct-Sox10) / 0 ، Mitf مي- vga9 / + ، و Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + رفقاء القمامة. تمثل كل نقطة على الرسم البياني قيمة التعبير من جلد حيوان فردي. تمثل الأشرطة الأفقية المتوسط ​​، وتشير العلامات النجمية إلى تغيرات التعبير الجيني بـ a ف- قيمة & lt0.05 باستخدام إجراء تصعيد خطي من مرحلتين لكل من Benjamini و Krieger و Yekutieli ، مع س = 5%. (ب) عدد الخلايا المرتبطة بالمناعة لكل منطقة 15 مم 2 من الجلد من نفس الحيوانات كما هو موصوف في (أ) يتم حصادها في منتصف طور النمو. تم الكشف عن الخلايا البدينة باستخدام تلطيخ التولويدين الأزرق ، وتم الكشف عن الخلايا المناعية الأخرى عن طريق التألق المناعي للعلامات المشار إليها. يتم توفير صور تمثيلية للمقاطع النسيجية المستخدمة في عدد الخلايا في S2 التين. تمثل كل نقطة على الرسم البياني عدد الخلايا من حيوان فردي ، ويمثل الشريط الأفقي المتوسط. ر أكدت الاختبارات عدم وجود فروق ذات دلالة إحصائية في كثافة الخلايا المناعية عند مقارنة الحيوانات البرية Mitf مي- vga9 / + أو Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + الحيوانات. البيانات الأولية المستخدمة لإنشاء الرسوم البيانية في (أ) و (أ ′) و (ب) متوفرة في بيانات S1. فعل، قرص أكتين بيتا CD ، مجموعة التمايز ISG ، الجين المحفز IFN Mitf، تكوين الميلانين المرتبط بعامل النسخ qRT-PCR ، تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي الكمي.

    يتم اكتشاف توقيع IFN بشكل شائع في الأنسجة المصابة للمرضى المصابين بأمراض المناعة الذاتية. باستخدام نفس الفئران كما في الشكل 5 أ ، قمنا بتقييم ما إذا كانت التغييرات في مجموعات الخلايا المناعية المقيمة والمتسللة يمكن أن توفر مسببات لشيب الشعر داخل Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + الفئران. في عمليات التجميد للجلد ، قمنا بتحديد كمية الخلايا البدينة (الصبغة النسيجية الزرقاء التولويدين) ، والخلايا التائية (CD4 + ، CD8 + ، CD3ɛ +) ، الضامة ، والخلايا المتغصنة (CD11b). تشير الدراسات السابقة إلى استنفاد جزئي لخلايا الجلد البدينة في Mitf مي- vga9 متجانسة الزيجوت [52] ومع ذلك ، لم يلاحظ انخفاض مماثل في Mitf مي- vga9 / + أو Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + الحيوانات. علاوة على ذلك ، فإن الوسم المناعي لـ CD3ɛ و CD4 و CD8 و CD11b يشير إلى عدم وجود تغيير صريح في كثافة مجموعات الخلايا المناعية هذه (الشكل 5 ب ، S2 التين). وبالتالي ، فإن زيادة شيب الشعر المصاحب لها Mitf مي- vga9 / + من المحتمل ألا يكون نتيجة تدمير الخلايا الصباغية المناعي بوساطة الخلايا المناعية.

    انقاص من Ifih1 لا يكفي للإنقاذ Mitf مي- vga9 بوساطة شيب الشعر

    أدت دراسات الارتباط الحديثة على مستوى الجينوم إلى تحديد الطفرات التي تقلل الوظيفة في الإنترفيرون المستحثة بمجال هيليكاز C 1 (Ifih1) كمادة وقائية ضد البهاق عند الإنسان [53]. Ifih1 هو أحد أهداف النسخ المباشر لـ MITF المحددة أعلاه (الشكل 4) ويرمز للبروتين MDA5. يقع MDA5 في الجزء العلوي من سلسلة الإشارات المناعية الفطرية من النوع الأول ويعمل بمثابة PRR السيتوبلازمي الذي يستجيب للأنماط الجزيئية المرتبطة بمسببات الأمراض (PAMPs) مثل الحمض النووي الريبي الفيروسي [54]. طفرات اكتساب الوظيفة Ifih1 في البشر أو الإفراط في التعبير Ifih1 في الفئران يرتبط بتوقيع جيني IFN مستدام ويجعله مرشحًا معقولًا للتوسط في تأثير مماثل في اتجاه مجرى النهر Mitf مي- vga9 / + [55،56]. وبالتالي ، كنا مهتمين بتقييم ما إذا كان Ifih1 سيكون قصور الفرد كافيًا لتقليل الشيب الناتج عن ذلك Mitf مي- vga9 في سياق Tg (Dct-Sox10).

    يكون شيب الشعر المرتبط بـ Tg (Dct-Sox10) أكثر وضوحًا في الفئران المتماثلة اللواقح بالنسبة للجينات المحورة ، مع Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf مي- vga9 / + الحيوانات التي تظهر شيبًا قويًا في 110 يومًا (رسم بياني 1). مقارنة Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf مي- vga9 / + الفئران إلى زملائهم في القمامة ، نجد أن تغاير الزيجوت الإضافي لـ Ifih1 (Ifih tm1.1 كلن / + ) لا يعكس شيب الشعر إلى المستويات التي لوحظت في Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) الفئران (الشكل 6 ، S3 التين). على الأكثر وبمعنى نوعي ، Ifih tm1.1 كلن / + يبدو أنه ينتج انخفاضًا طفيفًا في بقعة البطن البيضاء الخلقية الموجودة. تشير هذه الملاحظات إلى أنه في حين أن MITF قد تقمع Ifih1 في الخلايا الصباغية في المختبر ، والحد من Ifih1 في الجسم الحي غير كافٍ لعكس شيب الشعر المرتبط Mitf مي- vga9 / + . قد يشير هذا إلى أن تأثير MITF في التنظيم المناعي الفطري يمتد إلى ما وراء تنظيم الجين الفردي ، وهو ما يتوافق مع حقيقة أن Ifih1 ليس الجين المستهدف المناعي الفطري الوحيد الموجود مباشرة في اتجاه MITF (كما هو موضح في الشكل 4).

    (أ ، ب) صور Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf مي- vga9 / + و Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf مي- vga9 / + Ifih tm1.1 كلن / + تم تصوير الزملاء في اليوم التالي للولادة 95. (أ) Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf مي- vga9 / + تظهر على الحيوانات بقعة بيضاء في البطن عند الولادة وشيب الشعر المبكر مع تقدم العمر. (ب) Tg (Dct-Sox10) / Tg (Dct-Sox10) Mitf مي- vga9 / + Ifih tm1.1 كلن / + تظهر الحيوانات أيضًا شيبًا في الشعر ويقل حجمًا في البطن قليلاً. الصور المعروضة هنا تمثل خمس مكررات بيولوجية لكل نمط وراثي ، مع صور إضافية مقدمة في S3 التين. Ifih1 الإنترفيرون المستحث بمجال C هيليكس 1 Mitf، عامل النسخ المرتبط بتكوين الميلانين.

    يؤدي تناول البولي الجهازي (I: C) إلى تفاقم شيب الشعر في الفئران المعرضة للإصابة وراثيًا

    حتى هذه النقطة ، لا يزال من غير الواضح ما إذا كان اضطراب الجهاز المناعي الفطري مرتبطًا أم لا Mitf مي- vga9 يساهم في ارتفاع شيب الشعر في الفئران Tg (Dct-Sox10) أو ما إذا كانت هاتان الظاهرتان مترابطتان فقط. للتحقق مما إذا كان تنشيط الإشارات المناعية الفطرية كافياً للتوسط في التغييرات في صيانة McSC وشيب الشعر بشكل مستقل عن Mitf، سألنا عما إذا كان يمكن إحداث شيب الشعر في الفئران المعرضة بشكل منهجي لمحاكاة الفيروس بولي (I: C). بولي (I: C) المدار في الجسم الحي عن طريق الحقن داخل الصفاق يحفز إنتاج IFN من النوع الأول ، والذي يمكن اكتشافه في مصل الدم والجهاز اللمفاوي [37،57]. وهذا بدوره يبدأ الاستجابة المضادة للفيروسات عن طريق التنظيم الأعلى لـ ISG للحد من تكاثر الفيروس [58]. لتقليد الجمع بين Mitf مي- vga9 و Tg (DctSox10) الذي يؤدي إلى تفاقم شيب الشعر ، قمنا بفحص التنشيط المناعي الفطري بوساطة Poly (I: C) على خلفية Tg (Dct-Sox10) وقارناه بالنوع البري.

    لتقييم آثار بولي (I: C) على تصبغ الشعر ، تم نتف الشعر على طول الجزء السفلي من كل فأر لمزامنة وتفعيل دورة الشعر ، وحُقنت الفئران بـ poly (I: C) لمدة 3 أيام متتالية ، تبدأ في 4 أيام بعد نتف. يتم الكشف عن وجود الشعر الرمادي غير المصطبغ عن طريق الفحص البصري بمجرد خروج الشعر من الجلد. والجدير بالذكر أن العلاج باستخدام هذا المحاكاة الفيروسية كافٍ لزيادة كمية الشعر الرمادي الموجود في المنطقة المقطوعة في الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 ولكنه غير كافٍ للحث على شيب الشعر على خلفية من النوع البري (الشكل 7 أ). من خلال الوسم المناعي لعلامة الخلايا الصباغية DCT على أقسام الجلد من هذه الفئران ، نوضح أن هذا النمط الظاهري لشيب الشعر هو نتيجة للتخفيض الكمي لـ McSCs (خلايا DCT + في انتفاخ الشعر) والخلايا الصباغية (خلايا Dct + في بصلة الشعر. الشكل 7 ب و 7 ج). لا يتم ملاحظة فقدان الخلايا نفسه في الحيوانات البرية التي يتم علاجها بالبولي (I: C). مجتمعة ، تشير هذه النتائج إلى أن التنظيم السليم للإشارات المناعية الفطرية أثناء نمو الشعر النشط ضروري لكل من الخلايا الصباغية الخبيثة والتمييز بين الخلايا الصباغية وأن هذا التأثير غير مقنع بواسطة الخلفية الجينية Tg (Dct-Sox10). أقرب إلى Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + الحيوانات ، علاج الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 مع بولي (I: C) يؤدي إلى زيادة شيب الشعر.

    (أ) تم انتزاع الفئران البرية (يسار) و Tg (Dct-Sox10) / 0 (يمين) على طول أسفل ظهرها (يشار إلى المنطقة المقطوعة بواسطة المربعات المتقطعة) لمزامنة وبدء دورة الشعر في هذه المنطقة. ابتداءً من اليوم الرابع بعد النتف ، تلقت الفئران حقنة داخل الصفاق في ثلاثة أيام متتالية من 100 ميكرولتر من الماء الفسيولوجي وحده (السيارة) أو الماء الفسيولوجي الذي يحتوي على 100 ميكروغرام من بولي (I: C). تم السماح بإعادة نمو الشعر بشكل طبيعي وتم تصوير الفئران في نفس دورة الشعر ، بعد حوالي 21 يومًا من نتف النتف الأولي. الصور المعروضة هنا تمثل 3-5 حيوانات لكل تركيب وراثي وعلاج. (ب ، ج) رسم بياني للنسبة المئوية من الشعر الذي يظهر DCT + McSCs في انتفاخ الشعر (B) أو DCT + الخلايا الصباغية في بصلة الشعر (C) للفئران المعالجة بشكل مشابه لتلك الموصوفة في (A). في هذه التجربة ، تم حصاد الجلود في اليوم السابع بعد النتف والتقطيع والمناعة من أجل DCT. بالنسبة للفئران البرية ، يمثل كل مدرج تكراري 75 شعرة تم تقييمها عبر 3 حيوانات لكل موقع تشريحي. بالنسبة للفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 ، يمثل كل رسم بياني & GT190 شعرة تم تقييمها عبر 6 حيوانات لكل موقع تشريحي. تم تقييم توزيعات الرسم البياني للأهمية باستخدام اختبار Kolmogorov-Smirnov. (د) التحديد الكمي للـ DCT + McSCs المصطبغة وغير المصطبغة داخل انتفاخ شعر الفئران المعالجة والمحضرة بشكل مشابه لتلك الموصوفة في (ب). بالنسبة للفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 التي تم حقنها بالتحكم في السيارة ، تم تقييم 256 McSCs عبر 3 حيوانات. بالنسبة للفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 المحقونة ببولي (I: C) ، تم تقييم 260 McSCs عبر 5 حيوانات. تم اختبار الفرق في نسبة DCT + McSCs المصطبغة وغير المصطبغة بين العلاجات من أجل الأهمية باستخدام اختبار فيشر الدقيق (ص = 0.001). البيانات الأولية المستخدمة لإنشاء الرسوم البيانية في (ب) و (ج) و (د) متوفرة في بيانات S1. DCT ، dopachrome tautomerase McSC ، الخلايا الجذعية الصباغية بولي (I: C) polyinosinic: حمض polycytidylic.

    من أجل التحقيق في الآلية الخلوية المسؤولة عن فقدان الخلايا الصباغية والخلايا الصباغية في الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 الفئران المعالجة بالبولي (I: C) ، أجرينا مزيدًا من التحليل النسيجي لتقييم تسلل الخلايا التائية وموت الخلايا المبرمج. باستخدام الوسم المناعي وعلامة الخلايا التائية الشاملة CD3ε ، لم نجد فرقًا نوعيًا في توطين الخلايا التائية أو كثافتها داخل جلود الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 المحقونة بـ poly (I: C) أو التحكم في السيارة (S4 التين). كشفت العلامات المزدوجة لـ DCT وعلامة موت الخلايا المبرمج ، كاسباس 3 المشقوق (CC3) ، عن عدم وجود خلايا CC3 + ظاهرة داخل بصيلات الشعر حيث توجد الخلايا الصباغية أو الخلايا الصباغية (S4 التين). من المثير للاهتمام ، مع ذلك ، أن الفحص الدقيق لحالة التمايز لـ McSCs في Tg (Dct-Sox10) / 0 الفئران المعالجة بالبولي (I: C) كشف عن انخفاض كبير في النسبة المئوية للـ MCSCs المصطبغة خارج الشعر داخل الشعر. في السابق ، أثبتنا أن حوالي نصف الفئران في Tg (Dct-Sox10) / 0 تُظهر نمطًا ظاهريًا متمايزًا مقارنةً بالنوع البري [17]. ومع ذلك ، فإن نسبة McSCs المصطبغة خارج الرحم في Tg (Dct-Sox10) / 0 الفئران المعالجة بالبولي (I: C) أقل بكثير من الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 بالنظر إلى التحكم في السيارة (الشكل 7 د). نعتقد أن الانخفاض في أرقام McSC الإجمالية التي لوحظت في الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 المعالجة بالبولي (I: C) (كما هو موضح في الشكل 7 ب) يرجع إلى الخسارة المحددة لـ McSCs التي تميزت بشكل غير مناسب ، وأن فقد حدث فقدان هذه الخلايا إما في نقطة زمنية سابقة أو عن طريق آلية لا تنطوي على تسلل الخلايا التائية أو موت الخلايا المبرمج المرتبط بـ CC3. ومن المثير للاهتمام أن شيب الشعر في Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + الفئران أكثر تقدمًا من الشيب الحاد الذي لوحظ في Tg (Dct-Sox10) / 0 الفئران المعالجة بالبولي (I: C) [17] ، وشيب الشعر في Tg (Dct-Sox10) / 0 Mitf مي- vga9 / + يسبق الفئران تمايز مفرط في McSC ، وهو نمط ظاهري لا نلاحظه في الفئران Tg (Dct-Sox10) / 0 التي عولجت بالبولي (I: C). في المستقبل ، سيكون من المهم تقييم ما إذا كانت الجرعات المنخفضة من بولي (I: C) يمكن أن تؤدي إلى تمايز McSC أو ما إذا كان هذان النموذجان الشيب يمثلان أمراضًا خلوية متميزة.


    علم الوراثة والشخصية

    علم الوراثة الشخصية هو أحد أكثر مجالات الدراسة الرائعة التي تنطوي على الشخصية. يتضمن هذا المجال العلمي التنميط الجيني للموضوعات وقياس شخصيتهم من خلال اختبار شخصية موحد. على مر السنين ، اكتشف الباحثون أنه يمكن ربط العديد من الجينات بظهور سمات الشخصية. على سبيل المثال ، هناك صلة محتملة بين جين ناقل السيروتونين والسمة المسماة العصابية ، أو الميل إلى تجربة حالات عاطفية سلبية مثل الغضب والقلق والشعور بالوحدة. يرتبط جين آخر يسمى AVPR1A بـ "سمة قسوة الشخص. قد يكون جين آخر مختصر MAOA مسؤولاً عن سمة الشخصية الجريئة التي تشبه المحارب.


    • استخدم علامات الاقتباس المفردة لعروض الأسعار وعلامات الاقتباس المزدوجة للاقتباسات داخل عروض الأسعار.
    • استخدم الأحرف الصغيرة & # 8216x & # 8217 في & # 8216x-ray & # 8217 ، باستثناء بداية الجملة.
    • استخدم مسافة واحدة بعد التوقف.
    • شرطات قصيرة () يمكن أن يشير إلى نطاق أو علاقة بين اسمين. يمكن استخدام شرطات طويلة (-) بدلاً من الفواصل أو الأقواس. لا تستخدم مسافات بين شرطات طويلة أو شرطات قصيرة.
    • نشجع المؤلفين على استخدام لغة شاملة (على سبيل المثال & # 8220they & # 8221 بدلاً من & # 8220he & # 8221 أو & # 8220she & # 8221) حيثما أمكن ذلك.

    ضع الأشكال والرسومات في أعلى الصفحة حيثما أمكن ولا تقم بتضمينها في النص. أرقام الحجم والموضع لتحقيق حجم خط متناسق وعرض المعلومات.

    سيتم وضع الأشكال والجداول في أقرب مكان ممكن من الاقتباس الأول لها داخل النص (من الناحية المثالية في نفس الصفحة) عندما يتم كتابة مقالتك ، ولكن في بعض الأحيان لا يسمح عدد أو حجم الأشكال بهذا.

    قم بترقيم جميع الأشكال والجداول بترتيب رقمي. إذا لم يكن الأمر كذلك ، فسيتم إعادة ترقيمها كجزء من عملية الإنتاج.

    استخدم الملصقات ، على سبيل المثال ، & # 8216 (a) & # 8217 ، & # 8216 (b) & # 8217 ، وما إلى ذلك حيث يتكون الشكل من عدة أجزاء. اشرح جميع الأجزاء في التسمية التوضيحية.

    إذا تم نشر الرقم مسبقًا في مكان آخر ، فاحصل على إذن من الناشر الأصلي وقم بتضمين صياغة الأذونات المناسبة في التعليق التوضيحي الخاص بك ، حتى لو كان عملك الخاص.

    النمط في النص للإشارة إلى الجداول والأشكال ، على سبيل المثال ، & # 8216table 1 & # 8217 و & # 8216 الشكل 1 & # 8217 (أو & # 8216 الجدول 1 & # 8217 و & # 8216 الشكل 1 & # 8217 إذا كان في بداية a الجملة) ، على التوالي. غير مسموح بالتقلصات (على سبيل المثال & # 8216tab. 2 & # 8217، & # 8216fig. 1 & # 8217).


    TGFbeta في السرطان

    يعد مسار إشارات عامل النمو المحول بيتا (TGFbeta) لاعبًا رئيسيًا في بيولوجيا الميتازوان ، ويمكن أن يؤدي سوء التنظيم إلى تطور الورم. يمارس السيتوكين التنظيمي TGFbeta تأثيرات قمع الورم التي يجب أن تراوغها الخلايا السرطانية للتطور الخبيث. ومع ذلك ، من المفارقات أن TGFbeta يعدل أيضًا عمليات مثل غزو الخلايا ، وتنظيم المناعة ، وتعديل البيئة المكروية التي قد تستغلها الخلايا السرطانية لصالحها. وبالتالي ، فإن ناتج استجابة TGFbeta يكون سياقيًا إلى حد كبير خلال التطور ، عبر الأنسجة المختلفة ، وكذلك في السرطان. أصبح الأساس الآلي والأهمية السريرية لدور TGFbeta في السرطان واضحًا بشكل متزايد ، مما يمهد الطريق لفهم أفضل للتعقيد والإمكانات العلاجية لهذا المسار.

    الأرقام

    الشكل 1. دور TGFβ في ...

    الشكل 1. دور TGFβ في السرطان

    في الخلايا الطبيعية وما قبل السرطانية ، يفرض TGFβ ...

    الشكل 2. TGFβ وتطور الورم

    الشكل 2. TGFβ وتطور الورم

    يسبب TGFβ تأثيرات قمع الورم التي يجب على الخلايا السرطانية التحايل عليها ...

    الشكل 3. تنظيم TGFβ التشوير و ...

    الشكل 3. تنظيم TGFβ التشوير والروابط الضعيفة في السرطان

    الشكل 4. منع تقدم ما قبل السرطانية عن طريق مثبط الورم ...

    الشكل 4. منع تقدم ما قبل السرطانية بواسطة البروتينات الكابتة للورم

    (أ) يقوم TGFβ و BMP بقمع التقدم ...

    الشكل 5. استجابات نسخية قمعية للورم TGFβ

    الشكل 5. استجابات نسخية قمعية للورم TGFβ

    (أ) مركب Smad المنشط بـ TGFβ في الخلايا الظهارية ...

    الشكل 6. التأثيرات المضادة والتكوينات الأولية لـ ...

    الشكل 6. التأثيرات المضادة للبروتوموريجينيك لـ TGFβ على تمايز الخلايا


    يود المؤلفون أن يشكروا التاليين على دعمهم المالي للبحوث: مجلس البحوث الأوروبي (ERC-CoG 682394 إلى M. Bonizzoni ERC-CoG 615680 to RP van Rij) وزارة التعليم والجامعة والبحوث الإيطالية (FARE-MIUR project R1623HZAH5 إلى برنامج M. Bonizzoni و Dipartimenti Eccellenza 2018-2022 إلى قسم البيولوجيا والتكنولوجيا الحيوية "L. Spallanzani ،" جامعة بافيا) مؤسسة علوم حدود الإنسان (رقم المنحة البحثية RGP0007 / 2017) إلى معاهد M. Bonizzoni و RP van Rij الوطنية التابعة الصحة (R21AI135258 إلى M. Sharakova 1R01AI151004-01 و 1DP2AI152071-01 إلى OS Akbari R01AI32409 إلى A. Caccone) وكالة مشروع الأبحاث المتقدمة الدفاعية (DARPA) منحة برنامج الجينات الآمنة (HR0011-17-2-0047) لنظام التشغيل Akbari Netherlands Organization for Scientific Research (VICI رقم منحة 016.VICI.170.090) إلى RP van Rij Israel Ministry of Science and Technology (3-16795 to PA Papathanos). J. Ghurye و A. Rhie و AM برنامج Phillippy Intramural Research التابع للمكتبة الوطنية للطب والمعاهد الوطنية للصحة لمختبر F. Thibaud-Niessen السخي في جامعة كاليفورنيا. بدء تشغيل الأموال إلى O.S. أكبري.

    أشرف جيفري باول وآدم إم فيليبي وماريانجيلا بونيزوني بشكل مشترك على هذا العمل.

    الانتماءات

    قسم البيولوجيا والتكنولوجيا الحيوية ، جامعة بافيا ، 27100 ، إيطاليا

    أومبرتو بالاتيني وإليسا بيتشيدا وميشيل ماركونسيني وأمبيرجيلا بونيزوني

    قسم علم الحشرات ومعهد Fralin Life Science ، Virginia Polytechnic and State University ، بلاكسبرج ، فيرجينيا ، 24061 ، الولايات المتحدة الأمريكية

    ريم المصري ، وجيمس ك. بيدلر ، وأتاشي شارما ، وجيريمي جينريت ، وماريا في.شاراخوفا ، وأمب زيجيان تو

    قسم البيئة وعلم الأحياء التطوري ، جامعة ييل ، نيو هافن ، كونيتيكت ، 06511-8934 ، الولايات المتحدة الأمريكية

    لوتشيانو في كوزمي ، أدالجيزا كاكون وجيفري باول

    قسم معلومات الجينوم ، فرع الجينوم الحسابي والإحصائي ، المعهد الوطني لبحوث الجينوم البشري ، المعاهد الوطنية للصحة ، بيثيسدا ، 20892-2152 ، دكتوراه في الطب ، الولايات المتحدة الأمريكية

    سيرجي كورين ، جاي غوري ، أرانج ري ، آدم إم.فيليبي

    المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية ، المكتبة الوطنية للطب ، المعاهد الوطنية للصحة ، بيثيسدا ، 20894 ، دكتوراه في الطب ، الولايات المتحدة الأمريكية

    فرانسواز تيبو نيسن وأمبير باتريك ماسترسون

    قسم علم الحشرات ، كلية روبرت إتش سميث للزراعة ، الغذاء والبيئة ، الجامعة العبرية في القدس ، 7610001 ، رحوفوت ، إسرائيل

    فلافيا كرستيسيفيتش & amp ؛ فيليبوس أ. باباثانوس

    قسم علم الحشرات ، جامعة تكساس إيه وأمبير ، كوليج ستيشن ، تكساس ، 77843 ، الولايات المتحدة الأمريكية

    قسم الأحياء الدقيقة الطبية ، المركز الطبي بجامعة رادبود ، معهد رادبود لعلوم الحياة الجزيئية ، ص. Box 9101، 6500 HB، Nijmegen، The Netherlands

    ريبيكا هالباخ ​​وباسكال ميسن ورونالد بي فان ريج

    Verily Life Sciences ، جنوب سان فرانسيسكو ، 94080 ، كاليفورنيا ، الولايات المتحدة الأمريكية

    قسم البيولوجيا والهندسة البيولوجية ، معهد كاليفورنيا للتكنولوجيا ، باسادينا ، كاليفورنيا ، 91125 ، الولايات المتحدة الأمريكية

    قسم علم الفيروسات ، وحدات آربوفيروس ونواقل الحشرات ، معهد باستور ، باريس ، 75015 ، فرنسا

    مختبر علم الجينوم التطوري للحشرات ، معهد مركز البحوث الفيدرالي لعلم الخلايا وعلم الوراثة ، فرع سيبيريا التابع لأكاديمية العلوم الروسية ، نوفوسيبيرسك ، 630090 ، روسيا

    ديمتري أ.كاراجودين وأمبير ماريا ف.شارخوفا

    مختبر البيئة وعلم الوراثة وحماية البيئة ، جامعة تومسك الحكومية ، تومسك ، 634041 ، روسيا

    قسم العلوم البيولوجية ، جامعة كاليفورنيا ، سان دييغو ، لا جولا ، كاليفورنيا ، 92093-0349 ، الولايات المتحدة الأمريكية


    شاهد الفيديو: Literatuurlijst (يوليو 2022).


تعليقات:

  1. Dewey

    شيء جيد أيضًا في هذا ، أنا أتفق معك.

  2. Faesida

    أحب فكرتك. أقترح طرحه للمناقشة العامة.

  3. Zolocage

    لا ، لماذا يمكنك أن تحلم بما هو غير واقعي في وقت فراغك!

  4. Lap

    برافو ، جاءت هذه العبارة في المكان المناسب فقط

  5. Tajo

    أقترح عليك الذهاب إلى الموقع ، حيث يوجد الكثير من المعلومات حول الموضوع الذي يثير اهتمامك.



اكتب رسالة