معلومة

إحصائيات حول توزيع استهلاك الطاقة حسب الوظائف البيولوجية عبر الكائنات الحية؟

إحصائيات حول توزيع استهلاك الطاقة حسب الوظائف البيولوجية عبر الكائنات الحية؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

هل توجد أي إحصاءات متاحة حول مقدار الطاقة التي تستخدمها الكائنات الحية لكل وظيفة بيولوجية (أي شيء مشابه لخط "تنفق البكتيريا X٪ من الطاقة على معالجة المعلومات ، و Y٪ للحفاظ على الأنسجة و Z٪ للتنقل. تنفق الثدييات ...") . أنا مهتم بشكل خاص بكمية الطاقة التي يتم إنفاقها على معالجة المعلومات.

أتذكر بشكل غامض رؤية مثل هذه الإحصائيات في مكان ما ، لكن بالنسبة لمحبة الله ، لا أستطيع أن أتذكر أين ...


هذه ليست إجابة صحيحة. تحمل معي. انا مستعجل؛ سيعدل الإجابة إلى شكل لائق عندما أجد الوقت.

من ملخص هذه الورقة:

من 80٪ من استهلاك الأكسجين مقترنًا بتخليق ATP ، يستخدم حوالي 25-30٪ من خلال تخليق البروتين ، و19-28٪ بواسطة Na++-ATPase ، 4-8٪ بواسطة Ca2+-ATPase ، 2-8٪ من الأكتينوميوسين ATPase ، 7-10٪ عن طريق استحداث السكر ، و 3٪ عن طريق تكوين البولي ، مع تخليق mRNA ودورة الركيزة تقدم أيضًا مساهمات كبيرة.

تحقق أيضًا من ذلك.


الوصف بالطبع

BIOL 11000/11100 هو عبارة عن مبادئ فصلين دراسيين لتسلسل علم الأحياء الذي يقدم للطلاب المفاهيم الرئيسية للانضباط ، مع التركيز على الأساس التجريبي والمنطقي للمعلومات المقدمة. يتضمن BIOL 11000/11100 محاضرات ومختبرات تبدأ بالذرات وتبني لتنوع الحياة. تشمل الموضوعات الكيمياء ، والكيمياء الحيوية للجزيئات الكبيرة ، وبنية الخلية ووظيفتها ، والتمثيل الضوئي ، والتنفس ، والتطور ، وتنوع الحياة وهيكل الحمض النووي وتكرارها. يقصد بهذه الدورة أن تكون الفصل الدراسي الأول من فصلين دراسيين. هذه الدورات ليست مستقلة ويجب أن تؤخذ بالتسلسل.

يركز BIOL 11100 على علم الوراثة والبيولوجيا الجزيئية وعلم وظائف الأعضاء والتنمية.

BIOL 11200/11300 عبارة عن مبادئ من فصلين دراسيين لتسلسل علم الأحياء الذي يقدم للطلاب المفاهيم الرئيسية للانضباط ، مع التركيز على الأساس التجريبي والمنطقي للمعلومات المقدمة. يتضمن BIOL 11200/11300 محاضرات تبدأ بالذرات وتبني لتنوع الحياة. تشمل الموضوعات الكيمياء ، والكيمياء الحيوية للجزيئات الكبيرة ، وبنية الخلية ووظيفتها ، والتمثيل الضوئي ، والتنفس ، والتطور ، وتنوع الحياة وهيكل الحمض النووي وتكرارها. يقصد بهذه الدورة أن تكون الفصل الدراسي الأول من فصلين دراسيين. هذه الدورات ليست مستقلة ويجب أن تؤخذ بالتسلسل.

يركز BIOL 11300 على علم الوراثة والبيولوجيا الجزيئية وعلم وظائف الأعضاء والتنمية.

ندوة موارد الأحياء عبارة عن دورة دراسية ذات رصيد واحد لتخصصات علم الأحياء للطلاب الجدد. تم تصميم الدورة للمساعدة في دمج طلاب الأحياء الجدد في قسم العلوم البيولوجية ، لمساعدتهم على التكيف مع الحياة الجامعية ، ومساعدتهم في تطوير مهارات البقاء الأكاديمية والفكرية باستخدام وسيلة دورات تمهيدية في علم الأحياء. يرأس كل قسم من أقسام هذه الدورة مرشد أكاديمي ومتدرب جامعي. تجتمع الدورة مرتين في الأسبوع في مجموعات من حوالي 20 طالبًا.

نظرة عامة على وحدة وتنوع الحياة. نحاول بناء إطار عمل لترتيب علم الأحياء من خلال دراسة التعديلات المشتركة والمتخصصة للكائنات التي تسمح لها بالتكيف مع بيئتها. نحن نطبق أيضًا المبادئ البيولوجية على القضايا الاجتماعية والطبية والبيئية. تشمل الموضوعات: تنوع الحياة ، التنفس ، التمثيل الضوئي ، الانقسام / الانقسام الاختزالي ، الوراثة والمضاعفات المندلية ، الانتقاء الطبيعي ، توازن هاردي واينبرغ ، النمو السكاني (بما في ذلك البشر) ، التفاعلات بين السكان (المنافسة ، الافتراس ، التطفل) ، السلوك ، والحفظ. مادة الاحياء.

يقدم التطور الجنيني ويفحص عمل النظم الفسيولوجية لكل من النباتات والحيوانات. سيتم التأكيد على الأساس الخلوي والجزيئي الأساسي لهذه العمليات. على وجه الخصوص ، سيتم دراسة نقل الجزيئات والأيونات الصغيرة عبر الأغشية البيولوجية. سيتطلب ذلك فهم بنية الغشاء وانتشاره والإمكانات الكهربائية والمبادئ الفيزيائية والكيميائية الأخرى. بالإضافة إلى الموضوعات المحددة التي يتم تناولها ، سيكون أحد الأهداف المهمة لهذه الدورة هو ربط ما يتم تغطيته بكل من المساعي البحثية الحالية والتاريخية ، لإعداد تخصصات علم الأحياء لمزيد من الدراسة في مناهج قسم العلوم البيولوجية. بينما نرحب بالطلاب بخلاف تخصصات علم الأحياء ، يجب أن يدركوا أن النهج الصارم المتبع في هذه الدورة سيتطلب وقتًا وجهدًا كبيرين. سيتم طرح عدد من مجموعات المشكلات وسيقوم الطلاب بكتابة العديد من المقالات ومراجعة الأقران لشرح كيف تغيرت الجوانب التجريبية والكمية لعلم الأحياء على طول التسلسل التاريخي. سيتم ترتيب جلسات المساعدة الأسبوعية المنتظمة (التي يديرها كل من الأستاذ ومساعدي الطلاب) لتوفير فرصة لطرح الأسئلة ومناقشة نقاط معينة بعمق أكبر مما يسمح به تنسيق المحاضرة الكبيرة.

تؤكد التدريبات المعملية على إتقان الطالب للمهارات المختبرية الأساسية اللازمة للنجاح في العلوم البيولوجية المعدة لتخصصات البيولوجيا (السنة الأولى).

ستزود الدورة الطلاب بمقدمة إلى عالم الأبحاث العلمية ضمن بيئة معملية حقيقية والعمل على مشاريع بحثية نشطة. سيكتسب الطلاب المهارات والمفاهيم الأساسية اللازمة للنجاح في تخصص علم الأحياء وكعالم أبحاث.

سيكون هذا القسم امتدادًا لبرنامج SEA-PHAGES الناجح الممول من HHMI والذي يركز على اكتشاف العاثيات الجديدة وتوصيف الجينوم الخاص بها. الغالبية العظمى من جينات bateriophage التي تم اكتشافها ليس لها وظيفة أو بنية معروفة ، لذلك ، في هذا القسم ، سيتعلم الطلاب كيفية استخدام المعلوماتية الحيوية لدراسة تسلسل جيني من اختيارهم من برنامج SEA-PHAGES المحلي.

سيقوم الطلاب بعد ذلك باستنساخ جيناتهم باستخدام أحدث تقنيات الاستنساخ ، والتعبير عنها باستخدام طرق التعبير المؤتلف ، وتنقيته باستخدام كروماتوجرافيا تقارب المعادن ، ثم إجراء التوصيف الهيكلي لمنتجهم الجيني باستخدام التقنيات الفيزيائية الحيوية.

سيكون الهدف من كل مشروع هو الحصول على نظرة ثاقبة في الطية ثلاثية الأبعاد لكل من جينات العاثيات الجديدة الغامضة هذه.

يتضمن هذا الفصل مناقشة الموضوعات المتعلقة بالمستقبل والوظائف في علم الأحياء ، وفرص البحث الحالية في علم الأحياء. يقدم أعضاء هيئة التدريس المتنوعون مشاريع بحثية جارية يتم إجراؤها في مجالات مختلفة من علم الأحياء في العلوم البيولوجية ، وستتاح للطلاب فرصة زيارة مختبر أبحاث. سيتم أيضًا إجراء بعض المشاريع داخل الفصل المصممة لتعريف الطلاب بكيفية التفكير كباحث ، وتكون مفتوحة فقط للطلاب في برنامج الشرف في العلوم البيولوجية ، ويمكن استخدام الرصيد فقط في المواد الاختيارية المجانية.

BIOL 20300/20400 عبارة عن دورة مكونة من 8 ساعات معتمدة من فصلين دراسيين مصممة لمنح الطالب فهمًا أساسيًا لتشريح الجسم البشري وتنظيمه ووظيفته. ستكون هناك محاضرات تمهيدية حول المفاهيم الأساسية للكيمياء الحيوية وبيولوجيا الخلية قبل تناول الموضوعات الرئيسية للدورة. بالنسبة للفصلين الدراسيين ، تشمل هذه الموضوعات تنظيم عضلات جسم الإنسان وعظام الجهاز العصبي (بما في ذلك الحواس الخاصة) ، واستقلاب الجهاز القلبي الوعائي ، وهضم التنفس ، والإفراز ، وإلكتروليت السوائل ، والتوازن الحمضي القاعدي ، وتكاثر نظام الغدد الصماء والجينات. سيكون الموضوع مرتبطًا بالقضايا السريرية والمتعلقة بالصحة ، والمختبر عبارة عن تجربة عملية مصممة لاستكمال المحاضرات. ستستخدم العديد من المعامل معدات الحصول على البيانات بمساعدة الكمبيوتر لإجراء تجارب على العضلات والقلب والدماغ. هذا هو الفصل الأول من تسلسل فصلين دراسيين. يعتبر BIOL 20300 متطلبًا أساسيًا لـ BIOL 20400. هذا القسم من الدورة مخصص لطلاب مجتمع تعلم التمريض فقط.

BIOL 20300/20400 عبارة عن دورة مكونة من 8 ساعات معتمدة من فصلين دراسيين مصممة لإعطاء الطالب فهمًا أساسيًا لتشريح الجسم البشري وتنظيمه ووظيفته. ستكون هناك محاضرات تمهيدية حول المفاهيم الأساسية للكيمياء الحيوية وبيولوجيا الخلية قبل تناول الموضوعات الرئيسية للدورة. بالنسبة للفصلين الدراسيين ، تشمل هذه الموضوعات تنظيم عضلات جسم الإنسان وعظام الجهاز العصبي (بما في ذلك الحواس الخاصة) ، واستقلاب الجهاز القلبي الوعائي ، وهضم التنفس ، والإفراز ، وإلكتروليت السوائل ، والتوازن الحمضي القاعدي ، وتكاثر نظام الغدد الصماء والجينات. سيكون الموضوع مرتبطًا بالقضايا السريرية والمتعلقة بالصحة ، والمختبر عبارة عن تجربة عملية مصممة لاستكمال المحاضرات. ستستخدم العديد من المعامل معدات الحصول على البيانات بمساعدة الكمبيوتر لإجراء تجارب على العضلات والقلب والدماغ. هذا هو الفصل الأول من تسلسل فصلين دراسيين. يعتبر BIOL 20300 متطلبًا أساسيًا لـ BIOL 20400. ملاحظة: غير متاح للحصول على ائتمان للتخرج للتخصصات في قسم العلوم البيولوجية.

BIOL 20400 هو الفصل الدراسي الثاني من فصل دراسي يتضمن محاضرتين مدة كل منهما 50 دقيقة ، وتلاوة واحدة استعدادًا للمختبر ، ومختبرًا مدته ساعتان. تم تصميم هذه الدورة لتزويد الطالب بفهم أساسي لتشريح وتنظيم ووظيفة جسم الإنسان. لمساعدة الطالب في إتقان الموضوع ، تغطي المحاضرات التمهيدية في BIO 20300 المفاهيم الأساسية للكيمياء الحيوية وبيولوجيا الخلية. تشمل الموضوعات التي يتم تناولها في BIO 20400 التنفس ، والهضم ، والتمثيل الغذائي ، وإفراز السوائل ، والكهارل ، والتوازن الحمضي القاعدي ، وتكاثر نظام الغدد الصماء وعلم الوراثة. سيكون الموضوع مرتبطًا بالأسئلة ذات الصلة ذات الأهمية السريرية أو المتعلقة بالصحة. هذا هو الفصل الثاني من تسلسل فصلين دراسيين. يجب أن يكون BIOL 20200/20400 ليس يتم إخراجها من التسلسل. يجب على أي طالب يرغب في القيام بذلك الحصول على إذن المعلمين. ملاحظة: غير متوفر للحصول على ائتمان للتخرج للتخصصات في قسم العلوم البيولوجية.

BIOL 20400 (مجتمع تعلم التمريض) هو الفصل الثاني من دورة مدتها فصلين دراسيين تتضمن محاضرتين مدتهما 50 دقيقة ، وتلاوة واحدة للتحضير للمختبر ، ومختبر لمدة ساعتين. تم تصميم هذه الدورة لتزويد الطالب بفهم أساسي لتشريح وتنظيم ووظيفة جسم الإنسان. لمساعدة الطالب في إتقان الموضوع ، ستكون هناك محاضرات تمهيدية حول المفاهيم الأساسية للكيمياء الحيوية وبيولوجيا الخلية قبل تناول الموضوعات الرئيسية للدورة. تشمل هذه الموضوعات تنظيم عضلات جسم الإنسان وعظام الجهاز العصبي (بما في ذلك الحواس الخاصة) ، وجهاز القلب والأوعية الدموية ، والتنفس ، والهضم ، واستقلاب السوائل ، والكهارل ، والتوازن الحمضي القاعدي ، وتكاثر نظام الغدد الصماء والجينات. سيكون الموضوع مرتبطًا بالأسئلة ذات الصلة ذات الأهمية السريرية أو المتعلقة بالصحة. هذا هو الفصل الثاني من تسلسل فصلين دراسيين. يجب أن يكون BIOL 20200/20400 ليس يتم إخراجها من التسلسل. يجب على أي طالب يرغب في القيام بذلك الحصول على إذن المعلمين. هذا القسم من الدورة مخصص لطلاب مجتمع تعلم التمريض فقط.

توحيد مفاهيم علم الأحياء التي تدرس بالمواد المناسبة لمعلمي المدارس الابتدائية في المستقبل. لا يستوفي متطلبات تخصصات كلية العلوم. الهدف الرئيسي من هذه الدورة هو مساعدة الطلاب على تطوير القدرة على تحديد ومتابعة وحل مشكلة علمية. وهذا يشمل إجراء ملاحظات دقيقة ، وتسجيل وتنظيم وتحليل البيانات بدقة وصياغة استنتاجات قائمة على قاعدة بيانات معقولة. ستركز الأنشطة في الدورة على موضوعات النظم البيئية ، والطاقة البيولوجية (أي التمثيل الضوئي والتنفس الخلوي) ، وهيكل الخلية ووظيفتها. ملاحظة: غير متاح للحصول على ائتمان للتخرج للتخصصات في قسم العلوم البيولوجية.

استمرار BIOL 20500. (ومع ذلك ، فإن BIOL 20500 ليس شرطًا مسبقًا لـ BIOL 20600). توحيد مفاهيم علم الأحياء التي تدرس بالمواد المناسبة لمعلمي المدارس الابتدائية في المستقبل. تشمل مجالات المحتوى التي سيتم تغطيتها هذا الفصل الدراسي الانقسام الاختزالي وعلم الوراثة والتنوع والتطور وأنظمة جسم الإنسان. يتم التركيز على تعلم علم الأحياء من خلال التعاون في حل المشكلات والاستفسار. ستكون كتابة المعمل الرسمية مطلوبة لإحدى التجارب المعملية التي أجريت. ملاحظة: لا يستوفي متطلبات تخصصات كلية العلوم - يجب على الطلاب الذين ليسوا من تخصصات التعليم الابتدائي الاتصال بالمدرس قبل التسجيل في هذه الدورة. ملاحظة: غير متاح للحصول على ائتمان للتخرج للتخصصات في قسم العلوم البيولوجية.

علم الأحياء الدقيقة هو مجال دراسي يتوسع بسرعة ، ويستمد حاليًا المعلومات من جميع العلوم ويساهم بها تقريبًا من الكيمياء الخلوية إلى تغير المناخ العالمي. علماء الأحياء الدقيقة مدعوون لمعالجة القضايا في الطب وعلوم الأغذية والزراعة والتكنولوجيا الحيوية. مقدمة شاملة للموضوع مهم للطلاب في العديد من التخصصات. على الرغم من أن Bio 22100 عبارة عن مقدمة ، إلا أن معظم الطلاب سيجدونها دورة صعبة بسبب اتساع نطاق العلم الذي يشمله حتى علم الأحياء الدقيقة الأساسي. سوف نغطي الموضوعات التالية: علم وظائف الأعضاء الجرثومي الميكروبيولوجي ونمو الأيض وعلم الوراثة والتحكم في نمو الأيض وتطبيقاتها الحديثة أمراض المناعة ، بما في ذلك الكائنات الدقيقة المحددة ذات الأهمية الطبية علم الأحياء الدقيقة الزراعية والبيئية وعلم الأحياء الدقيقة الغذائي. بعد إكمال Bio 22100 بنجاح ، سيكون لدى الطالب الخلفية في علم الأحياء الدقيقة اللازمة لمزيد من الدراسة في الطب أو العلوم الصحية المساعدة ، والإيكولوجيا الميكروبية ، وعلم الأدوية المضادة للميكروبات والتخصصات ذات الصلة. سيكون لديه أو هي أيضًا فهم للتنوع الميكروبيولوجي في المحيط الحيوي ، ويكون مستعدًا بشكل أفضل لتقدير مدى تأثير علم الأحياء الدقيقة في حياتنا اليومية. ملاحظة: غير متاح للحصول على ائتمان للتخرج للتخصصات في قسم العلوم البيولوجية.

الخلايا عبارة عن آلات مدهشة ومتعددة الوظائف تخضع لنفس القيود المادية مثل الآلات التي يصنعها البشر. هذا وقت مثير لتعلم علم الأحياء لأن القدرة على فهم ومعالجة الآلات الخلوية يمكن أن تؤدي إلى تحسينات كبيرة في جودة الحياة العالمية ، بما في ذلك الصحة وإنتاج الغذاء واستخدام الطاقة! تعتمد مقدمة في بيولوجيا الخلية على أساس العلوم الفيزيائية وتستكشف مدى تعقيد الحياة. تنقسم الدورة إلى خمسة مجالات رئيسية:

1. المبادئ الأولى. سنراجع المبادئ الفيزيائية ذات الصلة للديناميكا الحرارية والكيمياء البيولوجية. سيتم مناقشة الجزيئات الكبيرة التي تشكل الخلية - البروتينات والدهون الغشائية والأحماض النووية والكربوهيدرات.

2. الطاقة الحيوية. سنناقش كيف تحول الخلية الحية الطاقة إلى عملة مفيدة. تشمل الموضوعات الأكسدة والاختزال وتحلل السكر وتخليق ATP وتسخير الطاقة الكامنة عبر الأغشية البيولوجية للقيام بعمل مفيد.

3. تدفق المعلومات في الخلايا (العقيدة المركزية). يتم نسخ الحمض النووي إلى الحمض النووي الريبي. يتم ترجمة Messenger RNA إلى بروتين. غالبًا ما يتم تعديل البروتينات بعد الترجمة وتستهدف مواقع محددة في الخلية.

4. الاستجابة للبيئة. كيف تستجيب الخلايا لبيئتها؟ سنناقش الاستراتيجيات المختلفة التي تطورت في بدائيات النوى وحقيقيات النوى. تشمل الموضوعات تنظيم الجينات والإشارات الخلوية.

5. الأنظمة الخلوية. سنناقش بعض الأمثلة التي توضح التعقيد البيولوجي. قد تشمل الموضوعات انقسام الخلايا ، وحركة الخلية ، والتواصل بين الخلايا.

يعرّف BIOL 23100 الطلاب على بيولوجيا الخلية من خلال 3 موضوعات شاملة: أولاً ، شكل وتنظيم الجزيئات والعضيات والخلايا يكمن وراء وظيفتها. ثانيًا ، يتطلب التنظيم والوظيفة الخلوية طاقة ، والخلايا جزئيًا آلات لتحويل الطاقة. ثالثًا ، الخلية تتغير باستمرار - شكلها ونشاطها وتركيبها الجزيئي ديناميكي وعابر. يعتمد علم الأحياء الخلوي على أساس من الرياضيات والكيمياء والفيزياء ، لذلك نبدأ بمناقشة بنية ووظيفة الجزيئات الكبيرة والمبادئ الأكثر صلة بالكيمياء والحركية والديناميكا الحرارية.

نواصل علاجات الطاقة الحيوية والتخليق الحيوي ، ثم نقضي النصف الثاني من الدورة في نقل الإشارة ، والتواصل بين الخلايا ، وانقسام الخلايا ودورة الخلية ، والهيكل الخلوي ، وحركة الخلية. سنستند إلى أمثلة من العديد من أنواع الخلايا ، بما في ذلك الخلايا العصبية ، والبويضات المخصبة ، والعضلات ، والظهارة ، وقضايا صحة الإنسان والمرض ، بما في ذلك السرطان ، واضطرابات الغدد الصماء ، والأمراض المعدية ، وغاز الأعصاب.

يتم تعريف الطلاب على البيولوجيا الجزيئية للخلية حقيقية النواة. يدرس الطلاب في القسم الأول موضوعات في بيولوجيا البروتين والكيمياء الحيوية مثل بنية البروتين ووظيفته وعزله وتطوره الجزيئي والكشف عن الأمراض التي تصيب الإنسان والأساس الجزيئي لها. التقنيات المستخدمة في هذه التجارب تشمل الرحلان الكهربائي ، واللوني ، وإجراء لطخة ويسترن. في القسم الثاني ، يقوم الطلاب بتوطين الإنزيمات في الخلايا النباتية والحيوانية ، وإجراء إجراءات تجزئة الخلايا ، ودراسة خصائص مستقبلات معينة على سطح الخلية. يتم تقديم تجارب على خصائص وهيكل الحمض النووي في القسم الأخير من الدورة. تؤكد هذه التمارين على تنظيم وتعقيد الجينوم ، ووظيفة الجين وتنظيمه ، وهيكل كروموسوم حقيقيات النواة. تشمل التقنيات رسم خرائط نوكلياز التقييد وتقنيات استنساخ الحمض النووي الأساسية. يقوم الطلاب أيضًا بتنفيذ مشروع بحث مستقل من تصميمهم الخاص.

يغطي هذا المقرر الدراسي المبادئ الأساسية لعلم الوراثة الكلاسيكي ، والبيولوجيا الجزيئية ، و علم الوراثة السكانية. يتضمن قسم علم الوراثة الكلاسيكي مناقشات حول علم الوراثة المندلية ، ورسم خرائط الارتباط والانتصافي ، وتحديد الجنس ، والوراثة السيتوبلازمية ، والانحرافات الصبغية. يواصل قسم البيولوجيا الجزيئية مناقشاته حول بنية الحمض النووي وتكراره ، وتنظيم الكروموسومات ، والنسخ ، والترجمة ، والشفرة الجينية ، والطفرات ، وإصلاح الحمض النووي ، والعناصر القابلة للنقل. يتم أيضًا تقديم الآليات التنظيمية الأساسية في التعبير الجيني بدائية النواة وحقيقية النواة ، وكذلك التطورات الحالية (تكنولوجيا الحمض النووي المؤتلف ، والجينات المسببة للسرطان ، والطبع ، وعلم الوراثة التطورية).

تتراوح التجارب التي يتم إجراؤها من التمارين في علم وراثة النقل الكلاسيكي إلى علم الوراثة الجزيئي وتقنيات الحمض النووي المؤتلف.

العمليات التطورية والمبادئ البيئية المرتبطة بالأفراد والسكان والمجتمعات والنظم البيئية. تشمل الموضوعات الانجراف الجيني ، والانتقاء الطبيعي ، والتكيف ، وجداول الحياة ، وديناميات السكان ، والمنافسة ، والافتراس ، والتنوع البيولوجي ، والاستقرار البيئي ، مع التركيز على النظم الطبيعية.

العمليات التطورية والمبادئ البيئية المرتبطة بالأفراد والسكان والمجتمعات والنظم البيئية. تشمل الموضوعات الانجراف الجيني ، والانتقاء الطبيعي ، والتكيف ، وجداول الحياة ، وديناميات السكان ، والمنافسة ، والافتراس ، والتنوع البيولوجي ، والاستقرار البيئي ، مع التركيز على النظم الطبيعية.

علم الأحياء 29300 هو عبارة عن مقرر دراسي واحد مصمم لطلاب السنة الثانية في قسم العلوم البيولوجية. ستساعد هذه الدورة الطلاب على زيادة ما تبقى من حياتهم المهنية الجامعية. ستغطي الدورة معلومات واقتراحات في مجال علم الأحياء للتطوير المهني. سيتعرف الطلاب على التخصصات المختلفة التي تشكل العلوم البيولوجية الحديثة. سيتعرف الطلاب على الفرص المتاحة في البحث الجامعي ويقومون بجولة في معملين بحثيين. يتم تقديم عروض متعمقة من خريجي علم الأحياء من مجموعة متنوعة من المجالات. تتضمن المهام خطة دراسة وسيرة ذاتية وورقة واحدة مكتوبة لتقييم المسار الوظيفي لأحد المتحدثين من الخريجين ووصف استجابة الطلاب للعرض التقديمي.

BIOL 29400- للطالب الأول والثاني. البحث الفردي الخاضع للإشراف. يجب أن تتم الموافقة على المشروع من قبل لجنة الشرف بقسم العلوم البيولوجية. يجب على طلاب برنامج أبحاث الشرف التسجيل في BIOL 49900.

يرجى الملاحظة: يمكن أن يكسب تخصص علم الأحياء اعتمادًا بحثيًا بموجب BIOL 29400 للعمل مع أعضاء هيئة التدريس في العلوم البيولوجية أو أي قسم آخر في الحرم الجامعي. يجب الموافقة على هذا البحث في استمارة طلب ائتمان في نموذج بحث جامعي ، متاح في مكتب استشارات علم الأحياء.

يمكن لأي تخصص آخر الحصول على ائتمان بموجب BIOL 29400 للعمل مع أعضاء هيئة التدريس في العلوم البيولوجية فقط. يجب الموافقة على هذا البحث في استمارة طلب ائتمان في نموذج بحث جامعي ، متاح في مكتب استشارات علم الأحياء. إذا كان الطالب يرغب في الحصول على ائتمان بحثي مع هيئة تدريس أخرى ، فيجب على الطالب أن يسعى للحصول على ائتمان ضمن المقرر / رقم القسم الرئيسي لأعضاء هيئة التدريس.

بيول 29500 (اللواط) القراءة والمناقشات والتقارير المكتوبة وعروض الندوة والعمل الميداني أو المخبري المقدم للإثراء في مجالات خاصة من العلوم البيولوجية.

يركز هذا المساق على استراتيجيات التدريس والتعلم ويجمع بين الأساليب النظرية للتعليم الجامعي والتعلم مع الخبرة العملية في التدريس. تشمل أنشطة الفصل مناقشات حول القضايا الحالية في الفصل ، وممارسة العرض التقديمي ، بالإضافة إلى التقييم الذاتي لمعلمي الطلاب. هذه الدورة مطلوبة لأول مرة لتدريس المتدربين في العلوم البيولوجية ، والإكمال الناجح للدورة ضروري لمهام تدريس إضافية في القسم.

ستدور الدورة حول علم الجينوم والعلوم والتكنولوجيا المشاركة في تحديد تسلسل مكمل الحمض النووي بالكامل في الكائن الحي. لقد سمع الجميع تقريبًا عن مشروع الجينوم البشري ، لكن القليل منهم على دراية بالتقدم التقني المذهل في هذا المجال وحقيقة أن أكثر من 1000 كائن مختلف قد تم تسلسل الجينوم الخاص بهم. حتى وقت قريب ، كانت معظم هذه الكائنات كائنات دقيقة ، لكن التقدم التكنولوجي والحاسبي جعل الأمر أسهل وأرخص بشكل تدريجي لتسلسل جينومات الكائنات الحية الأعلى. قد يكون لهذا المجال تأثير على حياتك المستقبلية أكثر من أي مجال آخر من مجالات علوم الحياة تقريبًا - لأنه يمس جميع مجالات الدراسة.

ستركز الدورة على التأثير الذي سيكون لعلم الجينوم في مناطق مختارة. سيبدأ بالفهم الأساسي للعلم والتكنولوجيا الذي أدى إلى ظهور قدراتنا الحالية في التسلسل وحقيقة أن التكنولوجيا تستمر في توفير سعة أكبر وأسعار أرخص. سترى قريبًا أن كل مجال في كلية العلوم يتم تمثيله جيدًا في العلوم والتكنولوجيا. سننتقل بعد ذلك لنرى كيف تؤثر الجينوميات على العديد من الموضوعات التي تؤثر على حياتنا اليومية ويمكن أن تقدم إجابات لبعض الأسئلة المهمة (أو على الأقل تطرح أسئلة أفضل):

  • ما هو أساس الطب الشخصي؟
  • ماذا يخبرنا علم الجينوم عن علم الأنساب البشرية؟
  • ما هو تأثير علم الجينوم على إمداداتنا الغذائية المستقبلية وقدرتنا على إطعام 9 مليارات شخص؟
  • ما هو الميكروبيوم البشري وماذا يعني ذلك بالنسبة لي؟ وبالمثل ، ما هو ميكروبيوم الأمعاء ، وميكروبيوم الفم ، وما إلى ذلك؟
  • ما هو تأثير علم الجينوم على تطوير مصادر الطاقة البديلة ، وخاصة الوقود الحيوي؟

في كل مجال ، سنناقش التحديات العلمية ، ولكن أيضًا الآثار الأخلاقية والمجتمعية. في معظم الحالات ، لا توجد إجابة واحدة صحيحة ، ولكن هناك سلسلة من الاختيارات التي يمكن أن توجهها الاعتبارات الأخلاقية.

تم تصميم هذه الدورة لتزويد الطلاب بمقدمة في علم وظائف الأعضاء مع التركيز على الآليات الخلوية التي تكمن وراء التكيفات التشريحية والفسيولوجية التي تستخدمها الحيوانات للبقاء على قيد الحياة في بيئتها. ستتنوع الموضوعات التي يتم تناولها من التنفس الخلوي إلى الحدود المادية لأداء الحيوان حيث نقوم بتفكيك الجسم ثم إعادة بنائه لفحص كيف يمكن للحيوانات العيش في البيئات القاسية. أهداف هذه الدورة هي أن يكتسب الطلاب أساسًا في المبادئ الفسيولوجية الأساسية ، للتعرف على الطبيعة التكاملية لأنظمة الحيوانات ، ولتقدير كيف ولماذا طورت الحيوانات الاستراتيجيات لمساعدتهم على البقاء في بيئاتهم الفريدة!

يتناول هذا المقرر العملية التي تتحكم بها الجينات في البويضة الملقحة في سلوك الخلية في الجنين وبالتالي تحديد طبيعة الحيوان أو النبات. ينصب التركيز على التطور المبكر ووضع خطة الجسم وأنظمة الأعضاء في أنظمة نموذجية مختلفة (ذبابة الفاكهة ، الديدان الخيطية ، أرابيدوبسيس ، أسماك الحمار الوحشي ، الفأر ، الفرخ ، والضفدع).

سيوفر هذا المختبر للطلاب تجربة العمل مع أنظمة النماذج المختلفة لمراقبة العمليات التنموية ، وفحص التعبير الجيني التنظيمي الرئيسي ، والتلاعب بوظائف الجينات المستخدمة في مختلف الأساليب الكيميائية الحيوية والجزيئية والجينية.

الهدف من BIOL 393 هو مساعدة الطلاب في البدء في الاستعداد للحياة بعد بيرديو. سيتعرف الطلاب على المقابلات ، والتواصل ، وآداب السلوك المهنية ، والبحث عن وظيفة ، والبحث عن الخريجين والمدارس المهنية ، والسير الذاتية ، والبيانات الشخصية ، والممارسات الصناعية ، وكيفية صياغة خطة التطوير الوظيفي. ستتاح لك الفرصة للتفاعل مع الخريجين المذهلين من جميع أنحاء البلاد الذين استخدموا درجات بكالوريوس العلوم بطرق غير عادية. هدفنا هو أن تكون قادرًا على إنشاء صورة مصقولة فوق خلفية علم الأحياء الصلبة لديك بالفعل!

يركز المساق على الفهم الشامل للجزيئات الكبيرة من خلال تقديم مقدمة عن: أنواع الجزيئات الكبيرة ، الخصائص الفيزيائية الحيوية والكيميائية الحيوية للجزيئات الكبيرة ، كيف يتم تحديد الخصائص الفيزيائية الحيوية والكيميائية الحيوية كيف يتم استغلال هذه الخصائص الفيزيائية والكيميائية في التقنيات الحيوية المختلفة. بالإضافة إلى ذلك ، سيتم تقديم مقدمة موجزة عن الطرق المستخدمة لتحديد هياكل الجزيئات الكبيرة والتجمعات فوق الجزيئية. بعد ذلك ، سيتم استغلال المعرفة المكتسبة لفهم الأساس الفيزيائي الكيميائي لعلاقات الهيكل والوظيفة في الجزيئات الكبيرة. من خلال توفير المعرفة الأساسية حول الجزيئات الكبيرة ، ستعمل الدورة على إعداد الطلاب لدورات أكثر تقدمًا وتخصصًا.

سيتم اعتماد مخطط تعليمي يحركه المشكلة لمعالجة خصائص الجزيئات الكبيرة مثل التركيب الكيميائي ، والتركيز ، والذوبان ، والكتلة ، والحجم ، والكثافة ، والشحنة ، واللون ، والامتصاص ، والفلورة ، والطاقة ، والاستقرار ، والطي ، والتشكيل ، والقوة ، والتسلسل الأولي ، الهيكل الثانوي ، الهيكل الثالث ، التفاعل الجزيئي وتشكيل المجمعات. سيكون التركيز على كيفية تأثير الخصائص الجزيئية على علاقات وظيفة الهيكل ، بالإضافة إلى الطرق الفيزيائية الحيوية لتحديد هذه الخصائص. سيتم استخدام دراسات الحالة والمعالم التاريخية لتوضيح هذه النقاط.

39500 (جونيورز). القراءة والمناقشات والتقارير المكتوبة وعروض الندوة والعمل الميداني أو المخبري المقدم للإثراء في مجالات خاصة من العلوم البيولوجية.

هذه دورة سنة بديلة. عرض Next ربيع 2020 ، ربيع 2022.

في أواخر القرن العشرين ، تم تحويل علم الأحياء إلى علم بيانات ضخم من خلال تطوير طرق عالية الإنتاجية لتسلسل الحمض النووي وتحليل بنية البروتين. أصبحت تسلسلات الحمض النووي ، وتسلسل البروتين ، والجينومات ، والنصوص ، والبروتينات موجودة في كل مكان في علم الأحياء ، وتغلغلت في كل مجال من مجالات المعرفة البيولوجية. ستوفر هذه الدورة مقدمة لاستخدام موارد البيانات البيولوجية وأدوات المعلوماتية الحيوية خاصة تلك المتعلقة بالتسلسل والبنية والمفاهيم والأساليب اللازمة لاستخدام وفهم البيانات البيولوجية الضخمة.

تعد الفيزياء الحيوية مجالًا مثيرًا متعدد التخصصات حيث يتم دراسة العمليات والتراكيب البيولوجية الأساسية أو وصفها أو التنبؤ بها باستخدام التقنيات والمبادئ القائمة على الفيزياء. يمكن استخدام المعلومات الناتجة لوصف كيفية تفاعل الأدوية مع البروتينات ، وكيف تعمل الأجسام المضادة على تحييد الفيروسات ، وكيف نرى الضوء ، وكيف تغير الأمراض البنية التشريحية للإنسان. ستزود هذه الدورة التمهيدية طلاب علم الأحياء بالخلفية الفيزيائية الضرورية التي ستسمح لهم بفهم التقنيات الفيزيائية الحيوية الرئيسية المستخدمة حاليًا لفهم الحياة ومعالجة الأمراض ، بما في ذلك علم البلورات بالأشعة السينية (مثل تصميم الأدوية) ، والفحص المجهري الإلكتروني (مثل تشريح الفيروس) والرنين المغناطيسي النووي (مثل التصوير بالرنين المغناطيسي) والتحليل الطيفي الفلوري (أجهزة الاستشعار الحيوية وتصوير الجزيء المفرد). سنقدم أيضًا أوصافًا فيزيائية لمختلف الظواهر البيولوجية ، من الجزيئي إلى الخلوي إلى مستوى الأعضاء.

هذه الدورة مصممة للصغار وكبار السن وهي قائمة بذاتها (لا يلزم دورات فيزياء متقدمة). الهدف هو زيادة مستوى الراحة لعلماء الأحياء والكيمياء الحيوية والمهنيين الصحيين في المستقبل باستخدام أساليب فيزيائية قوية لدراسة الحياة. نرحب بالطلاب المهتمين من التخصصات غير البيولوجية.

يركز المقرر الدراسي على الأساس الهيكلي لوظيفة الجزيئات الكبيرة في الخلية من خلال تقديم مقدمة عن: الخصائص الفيزيائية الحيوية والكيميائية الحيوية للجزيئات الكبيرة ، والأساس الفيزيائي والكيميائي لعلاقات التركيب والوظيفة وكيفية تحديد هياكل الجزيئات الكبيرة والتجمعات الجزيئية. سيتم التأكيد على تأثير البيولوجيا الهيكلية في تعزيز معرفتنا الآلية لمجموعة واسعة من العمليات الخلوية من خلال دراسات الحالة باستخدام مثال من البروتينات الفردية لمجمعات الجزيئات الكبيرة مثل الفيروسات. ستوفر جلسات المختبر العملية التدريب في التعامل مع المعلوماتية الحيوية والبيانات الهيكلية.

يوصى بهذه الدورة في السنة الثانية أو المتوسطة ، وتقدم هذه الدورة معلومات ونصائح حول عمليات التقديم ، واختبارات الكفاءة ، وكتابة البيانات الشخصية ، والمقابلات المدرسية المهنية ، وخطابات التوصية. سيقوم الطلاب في الدورة أيضًا بصياغة خطة وظيفية بديلة. الفصل مفتوح لجميع طلاب ما قبل الصحة.

للحصول على ممارسة مهنية مع أصحاب العمل المؤهلين في الصناعة أو الحكومة أو الأعمال التجارية الصغيرة. مطلوب إذن من الدائرة. تقدم عادةً الخريف والربيع والصيف.

مقدمة لتقنيات البيولوجيا الجزيئية الحديثة وكيفية استخدامها لمعالجة الموضوعات الحالية في التعبير الجيني حقيقي النواة. سيتم التركيز على الإجراءات التجريبية وأنظمة النماذج ، مثل الطفرات الموجهة للموقع للجينات المعزولة وإدخالها لاحقًا في خلايا الثدييات. ستشمل الموضوعات آليات التحكم الجزيئي المرتبطة بنسخ ومعالجة الحمض النووي الريبي ، وتفاعلات البروتين والحمض النووي ، وتنظيم الجينات في التنمية والتحكم في النمو.

الهدف من هذه الدورة هو تزويد الطلاب بفهم تمهيدي للفيروسات وتأثيرها على صحة الإنسان. سيتم تقسيم الدورة إلى قسمين. خلال القسم الأول ، سنناقش الأحداث الخلوية والعضوية التي تحدث بعد الإصابة بالفيروس ، بما في ذلك دخول الفيروس ، والتكاثر ، وتعديل بيولوجيا الخلية بواسطة البروتينات الفيروسية ، والاستجابة المناعية للمضيف للعدوى ، وتجنب الاستجابة المناعية للفيروسات ، وما ينتج عنها. مرض يسببه الفيروس. سيكون التركيز في هذا القسم الأول على الاستراتيجيات العامة التي تستخدمها الفيروسات لتأسيس العدوى والحفاظ عليها بين السكان. في القسم الثاني ، سنناقش بالتفصيل نسبيًا فهمنا الحالي لفيروسات بشرية مهمة منتقاة بما في ذلك فيروس شلل الأطفال وفيروس حمى الضنك والإنفلونزا و SV40 وفيروس نقص المناعة البشرية. سيكون الهدف من هذا القسم هو فهم كيفية تأثير الجوانب الفريدة لكل بيولوجيا فيروسية على نتيجة الإصابة بهذه العوامل الممرضة. بالإضافة إلى الأمراض المرتبطة بالفيروسات ، سنناقش الطرق المحتملة التي قد توفر بها الفيروسات فوائد تكافلية لمضيفيها وبالتالي تشكيل مسار التطور البشري. خلال الدورة ، سنركز على الجوانب المجتمعية والسياسية لعلم الفيروسات والتقنيات المشتقة من الفيروسات ، بما في ذلك تطوير اللقاح ، واستخدام الفيروسات كنواقل للعلاج الجيني ، وخطر الإرهاب البيولوجي الفيروسي أو الخطأ البيولوجي.

تغطي الدورة موضوعات محددة حول بنية ووظيفة الخلايا حقيقية النواة. يتضمن النصف الأول من الدورة تحليلاً لوظيفة العضيات المرتبطة بالغشاء (خاصة الشبكة الإندوبلازمية ، وجهاز جولجي ، والجسيمات الحالة). يتم فحص البروتين الذي يستهدف هذه العضيات بالتفصيل. يغطي النصف الثاني الحركات غير العضلية القائمة على الأكتين والعضلات والأهداب والحركات الأخرى القائمة على الأنابيب الدقيقة ، وينتهي بتنظيم دورة الخلية والتحكم في النمو. تؤكد الدورة على الأساس التجريبي لفهمنا لوظيفة العضية والأحداث التنظيمية.

هذه دورة سنة متناوبة ، تُعرض بعد ذلك في خريف 2021 ، خريف 2023 ، خريف 2025.

يقدم هذا المقرر الدراسي نهجا متكاملا لفحص كيفية تفاعل الأنسجة لتنظيم عمليات التكاثر. يبدأ كل قسم بوصف القواسم المشتركة الأساسية لحدث تناسلي في مجموعة متنوعة من الأنواع. ويتبع ذلك تأكيد على الاختلاف في تفاصيل هذا الحدث بين الأنواع. بعض الموضوعات التي سيتم تناولها تشمل وظيفة المبيض والخصية ، والبلوغ ومحور الغدة النخامية - الغدة النخامية ، والتخصيب ، وإنشاء المشيمة ، ودعم الأمهات للحمل ، والولادة ، والرضاعة.

يغطي هذا المقرر الدراسي الجوانب الرئيسية في البيولوجيا العصبية الجزيئية والخلوية والنمائية. تشمل الموضوعات: بيولوجيا الخلايا للخلايا العصبية والخلايا الدبقية ، والخصائص الكهربية للخلايا العصبية ، والإشارات الكهربائية والكيميائية بين الخلايا العصبية ، والتكامل والليونة المشبكية ، وتطوير وتجديد الجهاز العصبي ، وأمراض الجهاز العصبي. سيتم تضمين نتائج وتقنيات البحث الحديثة. يوصى بشدة بالمعرفة الأساسية ببيولوجيا الخلية وبنية البروتين ووظيفته.

تشكل المفاهيم الأساسية الخاصة بالهيكل / الوظيفة الميكروبية والتغذية والتنظيم والنمو القسم الأول من الدورة. يتضمن القسم التالي مناقشات حول التنوع الميكروبي الذي يركز على آليات توليد الطاقة وتوليف مكونات الخلية الأساسية. تم تضمين أهمية هذه الآليات للدورة البيئية للعناصر الرئيسية. يتناول القسم الأخير تفاعل البكتيريا مع بيئاتها ويتضمن دور البلازميدات والفيروسات والتفاعلات مع النباتات والإمراضية.

سيتعلم الطلاب كيفية التعامل مع الكائنات الحية الدقيقة بأمان دون تلوث ، وكيفية زراعة البكتيريا من العينات المختبرية أو البيئية وقياس نموها ، وكيفية التمييز بين الأنواع بناءً على الخصائص الفسيولوجية لخلاياها. سيتعلمون أيضًا كيفية تصميم التجارب وتفسير النتائج التجريبية. تبحث التجارب في موضوعات تشمل الوسائط وتقنيات الطلاء ، وقياسات النمو البكتيري ، والتشخيص الميكروبي ، وحركية الإنزيم وعلم وظائف الأعضاء الخلوي. تنتهي الدورة بمشروع تصميم مستقل قصير (5 فترات معملية) ، يقوم الطلاب بالتخطيط له وتنفيذه بناءً على البحوث الأدبية.

يُطلب من الطلاب إلقاء محادثة مدتها نصف ساعة بناءً على مقالات المجلات المختارة من قائمة التطورات الحالية في علم الوراثة الميكروبية وحقيقية النواة أو موضوع ذي صلة من اختيار الطلاب.

هذه دورة موجهة نحو المشروع مصممة لإعطاء الطالب فرصة التعرف على الأبحاث المختبرية من خلال سلسلة من الوحدات النمطية مدتها خمسة أسابيع. خلال هذه الوحدة التمهيدية التي تبلغ مدتها خمسة أسابيع ، سيتعلم الطلاب أساسيات التعبير والعزل وتوصيف البروتينات المؤتلفة في الإشريكية القولونية باستخدام SDS-PAGE والنشاف الغربي. في النصف الأول من الدورة ، يعمل الطلاب مبدئيًا باستخدام بنية DNA مؤتلفة واحدة ثم يتم إعطاؤهم بنية ثانية لاستخدامها في تحديد البروتين المعبر عنه. * ملاحظة: ساعات إضافية حسب الحاجة لتجارب معينة.

هذه دورة موجهة نحو المشروع تم تصميمها لتزويد الطلاب بالتعرض لأبحاث المختبر من خلال سلسلة من الوحدات النمطية مدتها خمسة أسابيع. تتضمن هذه الوحدة قياسات وظائف الجهاز التنفسي والقلب والأوعية الدموية والعصبية والكلى. عندما يتم إجراء القياسات المناسبة في كل من الجرذان والبشر.

طلاب العلوم البيولوجية فقط إلا بإذن من المعلم. محتوى الدورة: مقدمة في البرمجة في LabVIEW. استخدام LabVIEW في الحصول على البيانات والمحاكاة والتحكم.

هذه دورة تمهيدية لبرمجة LabVIEW. خلال هذه الوحدة التي تبلغ مدتها خمسة أسابيع ، سيتعلم الطلاب التقنيات المناسبة للحصول على البيانات وسيتم تعريفهم بأساسيات بيئة البرمجة الرسومية LabVIEW. من خلال LabVIEW ، سيتعلم الطلاب الأدوات اللازمة لتطوير البرامج القادرة على الحصول على البيانات ومعالجتها وتحليلها وحفظها وعرضها للتطبيقات الهندسية والعلمية.

هذه الوحدة عبارة عن استكشاف عملي لمبادئ بنية الإنزيم. سيستخدم الطلاب أجهزة الكمبيوتر لاسترداد وفحص هياكل البروتين من قواعد البيانات المتاحة للجمهور. من خلال أداء وتحليل التسلسل والمحاذاة الهيكلية ، سيستكشف الطلاب العلاقة بين الهياكل الأولية والثانوية والثالثة والشكل النشط النهائي للبروتين.

ستدرس هذه الوحدة الأعضاء المختلفة ، وتناقش أيضًا الأمراض المرتبطة بها. ستتم دراسة القلب والدماغ والكلى والمعدة والكبد وما إلى ذلك بالتفصيل باستخدام الأنسجة والتشريح والأجهزة. سيتم التركيز على حل المشكلات باستخدام دراسات الحالة المختلفة. سيُطلب من الطلاب تقديم عرض تقديمي.

في هذه الوحدة المكونة من خمسة أسابيع ، سيتعلم الطلاب كيفية تحضير العينات للعرض بواسطة الفحص المجهري الفلوري. تشمل العينات خلايا زراعة أنسجة الثدييات وأجنة الزرد. سيكون التركيز على تلطيخ الهيكل الخلوي في هذه المستحضرات ، باستخدام الأجسام المضادة والتحقيقات الفلورية. سيتم عرض العينات عن طريق الفحص المجهري المسح الضوئي بالليزر ذو المجال الواسع والمتحد البؤر. سيتم الحصول على الصور ومعالجتها وتحليلها بالطرق الحسابية الحديثة. سيتعلم الطلاب أساسيات زراعة الخلايا والكيمياء المناعية والفحص المجهري الفلوري ومعالجة الصور الرقمية وتحليل البيانات.في نهاية الدورة ، يقوم الطلاب بإعداد عرض تقديمي باستخدام PowerPoint لصورهم وبياناتهم.

دورة مسح المستوى المتوسط ​​لعلم الوراثة البشرية مع التركيز على تأثير المعلومات الجزيئية. نحن لا نركز فقط على أساسيات تنظيم الجينوم ووظيفته وتنوعه من الناحية الجزيئية ، بل نوسع فهمنا للتفسيرات الجزيئية لأنماط الوراثة والأمراض الوراثية والتشخيص والعلاج.

هذه دورة سنة بديلة. عرض Next ربيع 2021 ، ربيع 2023.

سيركز هذا المقرر الدراسي على واجهة بيولوجيا الخلية الكلاسيكية وعلم الأحياء الدقيقة ، مع التركيز على استغلال الخلية المضيفة للثدييات بواسطة مسببات الأمراض ذات الصلة طبياً ، مثل يرسينيا ، السالمونيلا ، والليستيريا. سيغطي هذا المساق الآليات الجزيئية للأمراض المعدية. سيقدم استراتيجيات الميكروبات الخلوية الحديثة لدراسة التفاعل المعقد بين مسببات الأمراض والخلايا المضيفة. سيتم إعداد الموضوعات والقراءات من أحدث الأدبيات.

يشير الكشف عن خريطة الجينوم البشري إلى بزوغ فجر عصر ما بعد الجينوميات. تتقارب التقنيات والمعلومات الجديدة بسرعة لتغيير طريقة قيامنا بالعلوم والطريقة التي سيؤثر بها العلم على ثقافتنا. تتضمن بعض هذه التطورات تسلسل محتوى الكروموسومات في كائن حي بأكمله ، واستراتيجيات عالية الدقة لتحديد الجينات التي تتغير أنماط التعبير عنها استجابة لاحتياجات الكائن الحي ، والتقدم في تصور هياكل البروتينات التي يتم ترميزها بواسطة الجينات ، وستركز الدورة على تحليل الجينوم واستراتيجيات المصفوفة الدقيقة ، وستتضمن عرضًا لسياق المعلوماتية الحيوية ، وطرق الحصول على البيانات ، والاستراتيجيات التي يتم من خلالها تحليل البيانات بما في ذلك استخدام برامج التحليل المناسبة ، وطرق تفسير البيانات.

دراسة عمليات الاستمرارية الجينية في حقيقيات النوى ودور الجينات في التنمية. ستتم مناقشة مبادئ انتقال الجينات والطفرة والتنظيم والتنظيم باستخدام أمثلة من الحيوانات والنباتات والفطريات. سيتم التركيز على قوة النهج الجيني الجزيئي والكلاسيكي لإلقاء الضوء على الظواهر البيولوجية المعقدة.

هذه الدورة مخصصة لتخصصات علم الأحياء من المستوى المتوسط ​​للطلاب الجامعيين ، وستوفر هذه الدورة مقدمة لتطبيق المبادئ البيئية على القضايا البيئية. سيقدم النظرية البيئية الأساسية والتجريبية ، ويوضح تطبيقهما على القضايا العملية المتعلقة بآثار التغيير البيئي ، في كل مستوى من مستويات التنظيم من الفرد إلى النظام البيئي. ستشكل قضايا المحيط الحيوي بالكامل ، مثل الاحتباس الحراري وأنماط الإنتاجية العالمية ، القضايا الشاملة لتكامل أكثر تركيزًا للمعرفة البيئية التي تتمحور حول مستوى السكان لفهم قابلية السكان الصغيرة والمهددة للحياة. سيتم تغطية أزمة الانقراض العالمية وجغرافيا التنوع البيولوجي ، وسيركز المساق على دراسات حالة معينة للنظم الإيكولوجية المهددة وتحليلات الاستقرار الجيني والديموغرافي للسكان. يشكل التاريخ والتشخيص لتعايش الحضارات البشرية مع بقية النظم البيئية الطبيعية الخلفية لتطبيق علم البيئة على السياسة.

بيول 49400- للصغار وكبار السن. البحث الفردي الخاضع للإشراف. يجب أن تتم الموافقة على المشروع من قبل لجنة الشرف بقسم العلوم البيولوجية. يجب على طلاب برنامج أبحاث الشرف التسجيل في BIOL 49900.

يرجى الملاحظة: يمكن أن يكسب تخصص علم الأحياء اعتمادًا بحثيًا بموجب BIOL 49400 للعمل مع أعضاء هيئة التدريس في العلوم البيولوجية أو أي قسم آخر في الحرم الجامعي. يجب الموافقة على هذا البحث في استمارة طلب ائتمان في نموذج بحث جامعي ، متاح في مكتب استشارات علم الأحياء.

يمكن لأي تخصص آخر الحصول على ائتمان بموجب BIOL 49400 للعمل مع أعضاء هيئة التدريس في العلوم البيولوجية فقط. يجب الموافقة على هذا البحث في استمارة طلب ائتمان في نموذج بحث جامعي ، متاح في مكتب استشارات علم الأحياء. إذا كان الطالب يرغب في الحصول على ائتمان بحثي مع هيئة تدريس أخرى ، فيجب على الطالب أن يسعى للحصول على ائتمان ضمن المقرر / رقم القسم الرئيسي لأعضاء هيئة التدريس.

49500 (كبار السن). القراءة والمناقشات والتقارير المكتوبة وعروض الندوة والعمل الميداني أو المخبري المقدم للإثراء في مجالات خاصة من العلوم البيولوجية.

مطلوب من جميع الصغار والكبار في برنامج البحث مع مرتبة الشرف. اختياري لطلاب الأبحاث المتفوقين الآخرين. الندوات والمناقشات البحثية ذات الصلة. عرض ومناقشة غير رسمية لبحثك الجاري. المشاركة في يوم البحث الجامعي.

الخبرة التدريسية تحت الإشراف لـ الصغار والكبار. يجب أن تحصل على موافقة مدرس الدورة مقدمًا.

البحث تحت إشراف عالم. مطلوب موافقة الدائرة.

تبدأ الدورة بمراجعة تقنيات البحث الحالية المستخدمة لفحص بيولوجيا الخلايا حقيقية النواة ثم تغطي الاكتشافات المنوية في مجالات تنظيم دورة الخلية والحمض النووي وفيروسات أورام الحمض النووي الريبي وعوامل النمو ومستقبلاتها ونقل الإشارات والجينات المسرطنة. بالنسبة لجميع الموضوعات ، يتم التركيز على الآليات الجزيئية التي تحكم تنظيم النمو وكيف يمكن للتغييرات في هذه الآليات أن تؤدي إلى حالات مرضية مثل السرطان. قراءة كل من الأدب الأساسي التاريخي والحالي مطلوب كمكمل لكتاب المقرر الدراسي.

تم تصميم هذه الدورة في المقام الأول للطلاب المهتمين بالمهن المهنية التي تكون معرفة البيولوجيا الجزيئية ، من حيث صلتها بالتحكم في النمو والسرطان البشري ، مفيدة. هناك ثلاثة محاضرين ضيوف مجدولين ، يقدم كل منهم ندوة حول موضوع أبحاث السرطان الحالي في مختبرهم.

يتم فحص مبادئ بنية البروتين ثلاثي الأبعاد. تنقسم الدورة إلى قسم "نظري" و "تطبيقي". في القسم النظري ، تمت مناقشة المبادئ العامة لبنية البروتين بالتفصيل. في قسم التطبيق ، يتم تطبيق المبادئ الهيكلية التي تم تعلمها في الجزء الأول من الدورة على أنظمة بروتينية معينة. تشمل الموضوعات التي تم تناولها في القسم النظري من الدورة: التركيب التساهمي للبروتينات البروتينات الثانوية والثالثية والرباعية ، القوى الفيزيائية التي تؤثر على مساحة سطح بروتين بنية البروتين والتعبئة الداخلية للحركة الداخلية في جزيئات البروتين مقارنة طي البروتين الأولية والبروتينات التنبؤية للهياكل الثالثة و السمات الهيكلية لبروتينات الغشاء المتكاملة.

يستخدم الطلاب رسومات الكمبيوتر لتصور مبادئ بنية البروتين الموضحة في الفصل ، ولإجراء الاختبارات ، والواجبات المنزلية.

دراسة تفصيلية للعديد من الموضوعات التالية من الأدبيات الأولية: وظيفة وتنظيم آليات الطرق الأيضية المركزية التي تتحكم في الإشارات بين الخلايا ونقل التمايز والإفراز الأيض المتخصص ، بما في ذلك التمثيل الضوئي وتكوين الميثان وتطور إنتاج الطاقة الميكروبية البديلة وتفاعل الأنظمة التنظيمية.

تركز الدورة على السمات الأيضية الشائعة لجميع البكتيريا أو لمجموعات كبيرة من الكائنات الحية وهي مخصصة للطلاب في العديد من الأقسام المختلفة الذين يحتاجون إلى فهم فسيولوجيا البكتيريا. يدور قسم رئيسي من الدورة حول علم الجينوم وتقنيات الإنتاجية العالية مثل علم النسخ والبروتيوميات وتسلسل الجيل التالي. كجزء من هذا القسم ، يتم تعليم الطلاب كيفية استخدام برامج الكمبيوتر المجانية القائمة على الويب والمتاحة للعثور على مثل هذه المعلومات وتحليلها.

هذه دورة جامعية متقدمة في التسبب في البكتيريا. ستشمل الموضوعات المبادئ الأساسية للعملية المعدية ، والعوامل المعدية ، وآليات التسبب في المرض ، وتقنيات دراسة مسببات الأمراض البكتيرية ، وعلم جينوم مسببات الأمراض البكتيرية البشرية. ستكون مهام القراءة من الكتب المدرسية والأدب العلمي.

ستوفر هذه الدورة لمحة عامة عن عملية خط أنابيب اكتشاف الأدوية الحديثة وإلقاء نظرة متعمقة على البيولوجيا الأساسية والهيكل وآليات الإجراءات وراء العلاجات المسوقة حاليًا. ستبدأ الدورة بحساب تاريخي لاكتشاف عقاقير المنتجات الطبيعية مثل الأسبرين والبنسلين ، ثم ستدخل في العصر الحديث لخط أنابيب اكتشاف الأدوية مع التركيز على مبادئ اختيار الهدف ، وتطوير المقايسة ، والإنتاجية العالية الفحص وتصميم الأدوية القائم على الهيكل. سنستكشف فئات مختلفة من المضادات الحيوية والأدوية المضادة للفيروسات والأدوية المضادة للسرطان وأهدافها بما في ذلك الأدوية الجزيئية الصغيرة والأدوية الحديثة القائمة على البيولوجيا.

BIOL 53700 هي دورة تمهيدية مخصصة للخريجين وكبار الطلاب الجامعيين المهتمين بمعرفة سبب عدم موتنا من نزلات البرد ولماذا لا يمكنك دائمًا إعطاء كلية لصديقك المفضل. سيحدد هذا المقرر دور الجهاز المناعي في مكافحة العدوى ، وقدرته على الوقاية من السرطان ، ويصف كيف يمكن للناس من خلال استخدام اللقاحات تجنب هذه الأمراض. سنناقش أيضًا الجانب الآخر من الجهاز المناعي ، وهو الجانب المسبب للمشكلات ، مثل المناعة الذاتية والحساسية ورفض الزرع.

من مرض الزهايمر ومرض باركنسون إلى السكتة الدماغية والصدمات العصبية ، تمثل الأمراض والإصابات العصبية بعضًا من أكثر المشكلات الطبية الموهنة والمستعصية. بدأ التقدم الحديث في علم الأعصاب الجزيئي في الكشف عن آليات العديد من الأمراض العصبية البشرية واقتراح علاجات محتملة. يستكشف علم الأحياء 538 موضوعات في علم الأعصاب الخلوي والجزيئي والتنموي الأساسي وعلاقاتها بالأمراض والإصابات العصبية. قراءات مستمدة من الأدبيات الحالية.

علم الوراثة البكتيرية المتقدمة ، مع التركيز على استخدام علم الوراثة كنشاط فكري قوي وخلاق يمكننا من اكتشاف الوظائف البيولوجية وبناء كائنات حية جديدة عن طريق التلاعب في الحمض النووي. تشمل الموضوعات الرئيسية الطفرات والاختيارات الجينية وإعادة التركيب والآليات التنظيمية والتطور الجيني.

في هذه الوحدة المكونة من خمسة أسابيع ، سيدرس الطلاب الأساليب المختبرية في الفيزيولوجيا الكهربية من خلال التركيز على إمكانات الغشاء وإمكانات الفعل وانتشارها وانتقالها العصبي العضلي. سيتم تعريف الطلاب على نظرية واستخدام المضخمات والأقطاب الكهربائية وجمع البيانات وتحليلها.

ستغطي الدورة عددًا صغيرًا من الموضوعات التي أجريت فيها أبحاث مكثفة مؤخرًا وتؤكد على الاستجابات الفسيولوجية للكائنات الحية الدقيقة لبيئتها. تشمل الموضوعات التعديلات التي تم إجراؤها على الحد من المغذيات والمجاعة ، والاستخدام الميكروبي للمركبات الغريبة الحيوية ، وتقنيات قياس الأنشطة الميكروبية في البيئات الطبيعية ، والتفاعلات الأيضية بين الميكروبات والكائنات الأخرى ، والترابط بين العوامل الميكروبية والفيزيائية والكيميائية في النظم الإيكولوجية المائية. كما سيتم تناول الجراثيم ودورها في البيئة. سيتم إجراء مهام القراءة من مقالات المراجعة ومقالات البحث الأولية ذات الصلة بالموضوعات. سيكون هناك العديد من المشاريع الصفية التي ستستخدم الأساليب الجزيئية لتقييم بنية المجتمع البكتيري واستخدام الكائنات الحية ذات الإضاءة الحيوية للرصد في الموقع لعلم وظائف الأعضاء الميكروبي والتوافر البيولوجي للمغذيات.

ستكون البيولوجيا الجزيئية حقيقية النواة عبارة عن دورة مسح عامة مخصصة للطلاب الجامعيين المتقدمين وطلاب الخريجين المبتدئين. ستعتمد الدورة على أمثلة من الممالك النباتية والحيوانية والفطرية ، وستعرف الطلاب بالمبادئ الأساسية لتحليلات البيولوجيا الجزيئية أثناء تطبيقها على الكائنات حقيقية النواة. في نهاية الدورة ، يجب أن يكون لدى الطلاب معرفة بهذه العمليات الجزيئية ويجب أن يكونوا قادرين على تصميم وتحليل التجارب التي تتناول هذه الموضوعات. هذه ليست الدورة الأولى في علم الأحياء الجزيئي. موصى به BIOL 41500

يعتبر هذا المقرر الدراسي بمثابة استقصاء في دور الهرمونات في تنظيم العمليات الفسيولوجية والكيميائية الحيوية. يتم التأكيد على نهج تجريبي لمجموعة متنوعة من الموضوعات. تشمل الموضوعات: هيكل الهرمون وآلية عمله ودور الهرمونات في تنظيم التوازن والنمو والتطور والتكاثر.

نظرة عامة على بنية ووظيفة الأنظمة العصبية بما في ذلك تلك المرتبطة بالعمليات الحركية والحسية الجسدية والبصرية والسمعية والتعلم والذاكرة والعمليات القشرية العليا. يتم دمج الجوانب الجزيئية والخلوية للوظيفة العصبية مع مناقشة التشريح العصبي ذي الصلة. يوصى بالخلفية في بيولوجيا الخلية أو علم النفس أو علم وظائف الأعضاء أو علم التشريح. عرضت عادة الربيع.
3.000 ساعة معتمدة

أدى تراكم البيانات البيولوجية ، مثل تسلسل الجينوم ، وهياكل وتسلسلات البروتين ، والمسارات الأيضية ، إلى فتح طريقة جديدة للبحث في علم الأحياء - المعلوماتية الحيوية. من خلال مسح مختلف موضوعات البحث النشطة في المعلوماتية الحيوية ، سنتعلم في هذه الدورة قواعد بيانات المعلوماتية الحيوية والأدوات والخوارزميات وراء هذه الأدوات. يتم التركيز بشكل خاص على تسلسل البروتين وتحليلات الهيكل. ستشمل الموضوعات المغطاة طرق مقارنة تسلسل البروتين ، ومقارنة بنية البروتين ، والتنبؤ / نمذجة بنية البروتين ، والتنبؤ بربط البروتين ، والتنبؤ بوظيفة البروتين ، وتحليل شبكة البروتين.

ستساعد هذه الدورة التدريبية عبر الإنترنت الطلاب على تعميق فهمهم للمفاهيم التطورية وتطوير استراتيجيات تعليمية ومعالجة العقبات في تدريس التطور. سيعرف الطلاب الذين أكملوا هذه الدورة بنجاح ما يلي: (1) طبيعة العمليات العلمية ، (2) قيمة العملية العلمية وحدودها ، (3) الاستخدام العلمي لمصطلحات مثل الحقيقة والقانون والنظرية والفرضية ، (4) ) كيف تُستخدم أشكال متعددة من الأدلة لاختبار النظريات ، (5) تطبيقات العمليات العلمية في مواقف مختلفة ، و (6) فهم كيف ولماذا التطور هو حجر الزاوية في علم الأحياء. سيقوم الطلاب (أ) باستكشاف منهجيات التدريس ، ومعالجة العقبات التي تحول دون تطور التدريس (ب) فحص كيفية إثارة المفاهيم الخاطئة لدى الطلاب حول التطور ومعالجتها ، (ج) فهم كيفية دمج استراتيجيات التقييم في دروس العلوم القائمة على الاستقصاء ، (د) افحص كيف تسهل الأسئلة تفكير الطلاب المتنوع حول العلوم ومناقشتها ، (هـ) حدد ما يلزم لتطوير بيئة تعلم علمية محترمة ومنتجة ، و (و) فهم الدعم القانوني والمهني لتطور التدريس. مطلوب أربع مهام كتابية ، ومناقشات أسبوعية عبر الإنترنت ، ومسابقات أسبوعية ، ومراجعات متكررة عبر الإنترنت ، وتصميم تعاوني لوحدة تعليمية ، وامتحان نهائي.

يغطي هذا المساق موضوعات مفيدة لتصميم وتحليل الدراسات الإحصائية والتجريبية بنجاح في علم البيئة ، وسلوك الحيوان ، وعلم الأحياء التطوري ، والغابات ، وعلوم الحياة البرية ، ومصايد الأسماك ، وما إلى ذلك. بعض الموضوعات هي: الاختلافات بين الفرضيات والتنبؤات ، وتصميم دراسة بيئية ، نماذج خطية عامة ، افتراضات ، أنواع مختلفة من التصاميم (عاملي ، متداخلة ، مقاييس متكررة ، كتل ، مخططات مقسمة ، إلخ) ، نماذج ملائمة للبيانات ، إلخ. ستركز الدورة على الفهم المفاهيمي لهذه الموضوعات (على سبيل المثال ، تفسير نتائج الاختبارات الإحصائية) والممارسة مع البرامج الإحصائية ومجموعات البيانات الحقيقية.

هذه دورة سنة متناوبة ، تُعرض بعد ذلك في خريف 2020 ، خريف 2022 ، خريف 2024.

سيكون BIOL 58705 تحليلًا واسع النطاق للتواصل مع الحيوانات. ستشمل الموضوعات فيزياء إنتاج الإشارات الصوتية والضوئية ، وانتشار الإشارات واستقبالها ، واستخدام الاتصالات كوسيلة لنقل المعلومات ، وتطور أنظمة الإشارات. التعليقات: ستتم تغطية بعض المبادئ الرياضية (على سبيل المثال في تطور الإشارات) ، لذا قد تكون بعض المعلومات الأساسية في الرياضيات (مثل حساب التفاضل والتكامل أو الجبر والفيزياء التمهيدية) مفيدة.

هذه دورة سنة فردية بديلة. العرض القادم خريف 2019 ، خريف 2021.

دورة ميدانية في علم البيئة تركز على التاريخ الطبيعي واختبار النظرية البيئية في ظل الظروف الطبيعية. تشمل المشاريع الجماعية والفردية مناهج الملاحظة والتجريبية. يتم التركيز على دراسة تفاعلات الأنواع النباتية والحيوانية في الموائل الأرضية (بما في ذلك الجبال والساحلية) والموائل المائية. يتم تناول القضايا في المجتمع ، والسكان ، والسلوك ، وبيولوجيا الحفظ. عدة رحلات ميدانية طوال يوم السبت ورحلتين ميدانيتين في عطلة نهاية الأسبوع.

هذه دورة سنة بالتناوب. عرض Next ربيع 2021 ، ربيع 2023.

تحقيق في السلوكيات كتكيفات: تخصصات الآليات الحسية والحركية المشاركة في أنظمة الاتصال الحيواني السلوكية وأنماط البيئة السلوكية للسلوك الاجتماعي كحلول للمشاكل البيئية ، مثل تجنب المفترس واستغلال الموارد. سيتم التركيز على المبادئ النظرية ، وستكون الأمثلة مقارنة على نطاق واسع ، بدءًا من الكائنات الحية الدقيقة إلى الثدييات.

يهدف هذا المساق إلى أن يكون مقدمة للطرق الفيزيائية في الكيمياء الحيوية ويهدف إلى توفير فهم لتقنيات التحليل الطيفي والحيود والرنين المغناطيسي والطرق الفيزيائية الأخرى. الغرض من الدورة هو تعريض الطلاب لتطبيق هذه التقنيات لمشاكل محددة في النظم البيولوجية ، وتفسير البيانات الناتجة ، وتحليل نقاط القوة والقيود الخاصة بكل تقنية. ستتم مناقشة أمثلة من المقالات البحثية التي توضح كيفية استخدام هذه الأساليب في الكيمياء الحيوية الحديثة. بالنظر إلى نطاق الدورة ، سيتم التعامل مع كل موضوع فقط على مستوى مقدمة للطريقة. يمكن للطلاب المهتمين بدراسة هذه التقنيات بعمق أن يأخذوا دورات أكثر تخصصًا أو تقدمًا مثل BIOL 51100/51400/61100 (علم البلورات بالأشعة السينية) ، CHEM 61500/61600 (التحليل الطيفي بالرنين المغناطيسي النووي) ، BIOL 59500 (المجهر الإلكتروني و 3D إعادة الإعمار) ، أو غيرها من الدورات ذات الموضوعات الخاصة التي ستقدمها الكلية. تحليل التقنيات المستخدمة في القياسات الفيزيائية للأنظمة البيولوجية. تطبيق هذه التقنيات على دراسات الهيكل والسلوك الديناميكي للجزيئات البيولوجية الكبيرة ، وتكوين وتوجيه العناصر الهيكلية والعوامل المساعدة ، وربط الترابط والتغيير التوافقي في التفاعلات البيولوجية والتحقيقات التفصيلية للتغيرات المحلية في الهيكل ، وإمكانية الوصول إلى المذيبات والروابط المحددة التي تشكلت في التفاعلات البيولوجية . التقنيات المحددة التي يجب تغطيتها هي: التحليل الطيفي للأشعة المرئية / فوق البنفسجية ، وازدواج اللون الدائري ، ومطياف الأشعة تحت الحمراء ورامان ، وطرق التألق والجسيم الفردي ، والطرد التحليلي الفائق ، والرنين السطحي ، والتشتت ، وعلم البلورات بالأشعة السينية ، والتحليل الطيفي للرنين المغناطيسي النووي و ESR ، والفحص المجهري الإلكتروني ، والتحليل الطيفي الشامل . تعليقات: على الرغم من أن هذه الدورة مصممة للطلاب في الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية ، إلا أنها مناسبة أيضًا للطلاب الجامعيين وطلاب الدراسات العليا في مجالات الكيمياء والفيزياء المهتمين بتطبيقات الأساليب الفيزيائية في المشكلات البيولوجية.

ستغطي دورة المحاضرة هذه ، التي تستهدف الطلاب الجامعيين وطلاب الدراسات العليا في القسم العلوي ، جوانب البيولوجيا الخلوية التي تعتبر أساسية لفهمنا لنمو النبات وتمايزه وتطوره. يفترض محتوى الدورة التدريبية أن الطالب سيكون لديه خلفية قوية في بيولوجيا خلية حقيقيات النوى ، وبعض التعرض للمشاكل الأساسية في بيولوجيا النبات. تشمل الموضوعات: تقنيات الانقسام الخلوي لبيولوجيا الخلية الحديثة وتنظيم دورة الخلية التدفق السيتوبلازمي وهيكل الحركة داخل الخلايا ووظيفة البيروكسيسومات والفجوات وجدران الخلايا واستيراد بروتين البلاستيدات والتواصل الخلوي الخلوي و plasmodesmata.

عرضت الدورة كل ربيع آخر. العرض القادم سيكون ربيع 2020 ، ربيع 2022 ، ربيع 2024.

يغطي المساق الأهمية التكيفية للمعلومات الحسية من حيث صلتها بالتفاعلات البيئية في الحيوانات. ستتضمن الموضوعات نظرة عامة على الأنظمة الحسية ، وجوانب العلاقات بين المفترس والفريسة ، والاختيار الجنسي ، والتواصل ، وإدراك الإشارات البيئية ، وأنماط حركة الحيوانات.

تم تصميم هذه الدورة لطلاب الدراسات العليا ليتم أخذها جنبًا إلى جنب مع دورة محاضرة BIOL 47800 (مقدمة في المعلوماتية الحيوية). يوفر خلفية إضافية في المعلوماتية الحيوية من خلال التركيز على القراءة والتحليل النقدي للأوراق الكلاسيكية والحالية من أدبيات المعلوماتية الحيوية. في حين أن هذه الدورة مخصصة في المقام الأول لطلاب الدراسات العليا ، إلا أنها ستكون مناسبة للطلاب الجامعيين الذين تم إعدادهم جيدًا ، وخاصة أولئك الذين يفكرون في الدراسات العليا في علم الأحياء الحسابي أو المعلوماتية الحيوية. هذه الدورة ليست دورة برمجة وستكون مفيدة لطلاب الدراسات العليا في أي مجال من مجالات البيولوجيا الجزيئية أو الخلوية التي يكون فيها التحليل الحسابي مهمًا. تغطي هذه الدورة نفس موضوعات BIOL 47800 ، بما في ذلك مقارنات التسلسل ، والبحث في قاعدة البيانات ، وعلم الجينوم ، والمصفوفات الدقيقة ، وبنية البروتين ، إلخ.

القراءة والمناقشات والتقارير المكتوبة وعروض الندوة والعمل الميداني أو المخبري المقدم للإثراء في مجالات خاصة من العلوم البيولوجية.

59500 (كبار / خريج). القراءة والمناقشات والتقارير المكتوبة وعروض الندوة والعمل الميداني أو المخبري المقدم للإثراء في مجالات خاصة من العلوم البيولوجية.

تدريب على قيادة الأقران لطلاب الأحياء الذين سيكونون بمثابة TAS لقسم Tu / Th من BIOL 13100. خصص نائب رئيس الجامعة ميزانية لمساحة تعليمية جديدة في Hicks B848 وخدمات الدعم لهذه الدورة التدريبية BIOL 13100 التجريبية. يتيح التمويل من مؤسسة Gates Foundation إمكانية إقراض الطلاب سماعة رأس بها ميكروفون وكاميرا ويب وكاميرا مستندات USB تسمى IPEVO للمجموعات للعمل عبر الإنترنت لحل المشكلات. سيوجه قادة الأقران فريقًا من طلاب BIOL13100 أثناء تعاونهم في مجموعات المشكلات ، وفي بعض الأحيان يحددون سؤالًا بحثيًا متعلقًا بمشكلة بيولوجية ، ويحددون ، ويحددون ، ويسترجعون موارد المعلومات المتعلقة بالمشكلة ، باستخدام المجلات وموارد الويب ، وتقييم ومعالجة بشكل حاسم المعلومات الواردة ، والاستشهاد بالمصادر ، واستخدام المعلومات بشكل أخلاقي وقانوني في الكتابة حول تطور وهيكل ووظيفة الكائنات الحية. بالإضافة إلى ذلك ، سيقوم الزعيم النظير بجدولة وعقد اجتماعات أسبوعية في بيئة التعلم Adobe Connect عبر الإنترنت حيث ستعقد ورش العمل مع فريق من طلاب BIOL13100. لهذا السبب ، سيحتاج الطلاب الذين يلتحقون بهذا الفصل ليصبحوا قادة أقرانهم إلى جهاز كمبيوتر لاستخدامه مع المعدات.

تتطلب الحلول المستدامة لمشاكل إمدادات المياه والصرف الصحي في البلدان النامية اتباع نهج شامل متعدد التخصصات. لمعالجة هذه المشكلة ، سيتم بدء فصل تعلم الخدمة متعدد التخصصات بدءًا من الفصل الدراسي خريف 2012. سيقتصر التسجيل في الفصل على 12-15 طالبًا ويقتصر على طلاب البكالوريوس والدراسات العليا في الوحدات الأكاديمية المذكورة أدناه. سيتم تحديد الطلاب الذين تم اختيارهم للتسجيل في الفصل من خلال التطبيق ، والذي سيتضمن نسخة من النصوص الأكاديمية للطالب و rsquos وثيقة (بيان الغرض) لا يزيد طولها عن صفحتين تصف اهتمامك بهذا الفصل ودوافعك للمشاركة فيه هو - هي. يجب على الطلاب المهتمين تقديم طلب عبر البريد الإلكتروني إلى الأستاذ بلاتشلي ([email protected])

سيكون الهدف من فصل تعلم الخدمة هذا هو تحديد جدوى أنظمة معالجة المياه على مستوى المجتمع المحلي للاستخدام في جمهورية الدومينيكان. سيتم تحديد الجدوى بناءً على القضايا المتعلقة بالمبادئ العلمية والهندسية للأنظمة المقترحة ، بالإضافة إلى تأثيرات هذه الأنظمة على الصحة العامة والقضايا الاقتصادية / تنظيم المشاريع. سيشمل العمل في هذا المشروع التنسيق مع منظمة أكوا كلارا الدولية (هولندا ، ميتشيغن) ، وهي منظمة غير ربحية تعمل على توفير حلول مياه آمنة ميسورة التكلفة للمجتمعات في البلدان النامية.

فحص الآليات التي تعالج بها الأجهزة العصبية المعلومات في الحالات الطبيعية والمرضية. ستتم دراسة معالجة المعلومات على مستوى الخلايا والأنظمة مع التركيز على الأنظمة الحسية والحركية. سيكتسب الطلاب بعض الخبرة العملية في تحليل البيانات العصبية. سيتم تضمين بعض التشريح العصبي لفهم كيفية تنظيم الجهاز العصبي. ستتم دراسة الحالات المرضية مثل مرض الزهايمر والتوحد والشيخوخة ، سواء من حيث فهم الأنظمة والعجز الخلوي وكذلك دراسة الحلول المحتملة لتحسين نتائج هذه الاضطرابات العصبية.

المجهر الإلكتروني المبرد (Cryo-EM) هو طريقة بيولوجية هيكلية ثورية تسمح بتحديد الهياكل الذرية للفيروسات ومجمعات البروتين لتوضيح الأساس الهيكلي لوظائفها. ستعمل الهياكل الذرية على تعميق فهم العمليات البيولوجية مثل التمثيل الغذائي ، والإشارات ، ودورات الخلايا ، وما إلى ذلك ، وتساعد في تطوير اللقاحات والأدوية لمكافحة الالتهابات الفيروسية ، والسرطانات ، والأمراض التنكسية العصبية ، وما إلى ذلك. دورة إعادة بناء Bio595 Cryo-EM 3D Reconstruction ستقدم مبادئ cryo-EM ، بما في ذلك الأدوات ، وإعداد العينات ، وجمع البيانات ، وتحليل البيانات. سيتعلم الطلاب أيضًا كيفية تحديد مركب البروتين أو بنية الفيروس إلى 2-3 دقة Angstrom باستخدام محطة عمل Linux أو الكتلة المسرَّعة بواسطة GPU.

ستعمل نظرية الأساليب الجزيئية على تعريف طلاب المرحلة الجامعية العليا وطلاب الدراسات العليا بنظرية وممارسة العديد من طرق البيولوجيا الجزيئية الشائعة الاستخدام. سيتم التركيز على فهم الأساس النظري لهذه التقنيات ، وفائدتها في مختلف الظروف ، وقيودها. على الرغم من تدريسها كمحاضرة ، يجب أن يكون الطلاب قادرين على إعادة هذه المعرفة إلى المختبر لمساعدتهم في جهودهم البحثية. ستكون الدورة أقرب ما يمكن إلى تجربة معملية دون أن تكون في بيئة معملية فعلية. تم تصميم هذه الدورة لإعداد الطلاب لدورات علمية أخرى متعمقة ، ولتناوب الخريجين ، ولعمل المختبر في المستقبل. ستكون الاختبارات تجريبية بطبيعتها (على سبيل المثال ، تصميم تجربة للقيام بشيء ما أو في هذا النوع من المواقف ، ما هي التقنية / المتجه / إلخ. الأفضل استخدامها ، ولماذا).

تعمل الموارد الإلكترونية والتقنيات عالية الإنتاجية على تحويل علم الأحياء ليصبح "استخدامًا للطاقة" لهذه الموارد أمرًا ضروريًا لجميع طلاب الدراسات العليا في علم الأحياء اليوم. لسوء الحظ ، غالبًا ما تكون هذه الموارد غير مكتملة (تتطلب دمج مصادر مختلفة) ، أو ضخمة (تجعل من الصعب العثور على المعلومات المحددة التي يبحث عنها المرء) أو بتنسيق خاطئ (مما يجعل استخدامها صعبًا). ستدرس هذه الدورة كيفية استخدام لغة برمجة Perl للعثور على المعلومات واستردادها ، وتطوير وكلاء المستخدم لمعالجة المعلومات باستخدام برامج جديدة وحالية ، وكيفية إنشاء قواعد بيانات علائقية لتخزين المعلومات ، وكيفية إتاحة المعلومات عبر مواقع الويب الديناميكية.
تم تصميم هذه الدورة لطلاب الدراسات العليا المبتدئين في علوم الحياة ، ولكنها ستكون إضافة مفيدة لمعظم التخصصات الجامعية في علم الأحياء. خبرة سابقة في برمجة الكمبيوتر ليست مطلوبة.

هذه دورة بمستوى 500 لطلاب الدراسات العليا وكبار الطلاب الجامعيين (المبتدئين المتميزين
يمكن للطلاب الجامعيين الحصول عليها بناءً على موافقة المعلم). ستغطي الدورة الجينية
أساس عوامل الضراوة من مسببات الأمراض مثل البكتيريا والفيروسات والفطريات والطفيليات ، مع وجود
التركيز على مسببات الأمراض البكتيرية. سيتم مناقشة الطرق الجينية و ndashomics بما في ذلك الجينوميات والبروتيوميات في تحليل تفاعلات المضيف و shymicrobe. سنقوم أيضًا بتغطية
دور الجراثيم في تطور العدوى و / أو أمراض المناعة. على الجانب المضيف ، فإن
سيتم تغطية الأساس الجيني للدفاع المضيف ضد العدوى. عدة مضيف نموذج شائع الاستخدام
سيتم تقديم ومناقشة الأنظمة ، بما في ذلك الفئران ، Caenorhabditis elegans ، و Drosophila ، وأسماك الحمار الوحشي ، وبعض مضيفات الكائنات الأولية.

سيسمح هذا المساق للطلاب بفهم الأساس الجيني للعدوى والأمراض المعدية. سوف يتعلمون أيضًا الطرق الجينية لدراسة التفاعلات الميكروبية للمضيف من
المرتقب لكل من الممرض والمضيف.

أساسيات تنظيم الوراثة اللاجينية في أنظمة الثدييات مع التركيز القوي على كيفية لعب علم التخلق دورًا في المرض الذي يصيب الإنسان. إيلاء اهتمام خاص لفهم عملية مثيلة الحمض النووي ، وتعديلات هيستون ، و microRNAs وغيرها من الحمض النووي الريبي غير المشفر ودورها في السرطان والشيخوخة والأمراض العصبية.

كيف يتعلم دماغنا؟ كيف تصنع ذكرياتنا؟ سنناقش مجموعة من عمليات التعلم من الآليات الخلوية والجزيئية إلى الإدراك والسلوك. سنلقي نظرة على تاريخ المفاهيم والاكتشافات الرئيسية ، بما في ذلك التطورات التكنولوجية التي جعلت هذه الاكتشافات ممكنة. ستكون معظم الأبحاث التي تمت مناقشتها من التجارب على الحيوانات مع بعض الدراسات البشرية.

على مدى السنوات العشر الماضية ، أدت التطورات التكنولوجية إلى زيادة هائلة في بيانات التسلسل المتاحة. يتم إنشاء هذه البيانات من خلال مجموعة متنوعة من الأساليب - تسلسل الجينوم الكامل ، وإعادة تسلسل الجينوم ، وتسلسل التمثيل المنخفض - ويتم تطبيقها بشكل متزايد على البحوث البيئية والتطورية التي تشمل الكائنات غير النموذجية. ستسلط هذه الدورة الدراسية للائتمان الضوء على كيفية قيام التحليلات التي تستخدم هذه البيانات الجينومية بتعزيز قدرتنا على فهم العلاقات بين البيئة والأنماط الظاهرية والأنماط الجينية من خلال مسح الأدبيات الحالية. تشمل الموضوعات المحتملة الجينوميات السكانية ، والحفظ ، والانتواع ، وتكييف الجينوم مع التغير البيئي. سيتم التركيز بشكل خاص على استخدام البيانات الجينومية كأداة لفهم العلاقات البيولوجية المعقدة لإبلاغ الإدارة طويلة الأجل للمجموعات البرية

تم تصميم هذه الدورة لتزويد طلاب المرحلة الجامعية وطلاب الدراسات العليا بفهم للتعقيد البيئي والتطوري المتأصل في تفاعلات المضيف الممرض.

نقل الطاقة في الأغشية البيولوجية: أسس كيميائية فيزيائية نقل الإلكترون-بروتون النقل النشط. الهياكل الذرية لمجمعات البروتين الغشائية المتكاملة المسؤولة عن التوليد التنفسي والبناء الضوئي للآليات الكهروكيميائية المحتملة القائمة على الهيكل الحركي لـ ATPase. الأمراض المرتبطة بالميتوكوندريا. الأساليب التجريبية ، وخاصة الطيفية.

تهدف هذه الدورة إلى أن تكون أول دورة في علم الأعصاب الخلوي والجزيئي لطلاب الدراسات العليا من مجموعة واسعة من التخصصات. ستشمل الموضوعات البنية العصبية والدبقية ، والنقل المحوري ، والخصائص الكهربائية للخلايا العصبية ، والأساس الأيوني لإمكانية الفعل ، وبنية القناة الأيونية ووظيفتها ، والإفراج المشبكي ، والناقلات العصبية والهرمونات العصبية ، ومستقبلات الناقلات العصبية وآليات التوصيل ، والمستقبلات الحسية ، والحث العصبي ، والنمذجة للجهاز العصبي الجنيني ، والنمو العصبي والعوامل الغذائية ، والخلايا الجذعية العصبية ، وتوجيه المحور العصبي ، واللدونة التشابكية أثناء التطور. تتكون اجتماعات الفصل من 75٪ محاضرات و 25٪ مناقشات مجموعات صغيرة حول الأدب الأساسي أو الدروس المستندة إلى الكمبيوتر. يعتمد التقدير على اختبارات مادة المحاضرة وقراءات الكتاب المدرسي المعينة (40٪) ومشكلات الواجبات المنزلية بناءً على القراءات الورقية والدروس التعليمية (35٪) والمشاركة في المناقشات (25٪). المتطلبات المسبقة هي تخصص جامعي في العلوم أو الهندسة تضمنت دورة على مستوى الكلية في الفيزياء بالإضافة إلى دورة في بيولوجيا الخلية أو الكيمياء الحيوية. يمكن قبول الطلاب الذين يفتقرون إلى هذه الخلفية الأساسية بإذن من المعلم ، إذا كانوا على استعداد لملء بعض المواد الأساسية بقراءات إضافية.

التقنيات الخاصة المطلوبة في تحديد هيكل الجزيئات البيولوجية. تناظر الجزيئات. جمع البيانات ومعالجتها. تقنية الاستبدال المتماثل. تقنية الاستبدال الجزيئي. استخدام التشتت الشاذ. ضبط النفس والقيود صقل. التقنيات الحسابية. مطلوب موافقة المعلم

دراسة المجالات الحالية للبحوث البيولوجية للخلية ، بما في ذلك الهيكل الخلوي ، وتنظيم دورة الخلية ، ووظائف وديناميكيات العضيات المرتبطة بالغشاء.

يركز هذا المقرر الدراسي على الأساس البنيوي لوظائف ووظائف خلل وظائف البروتينات الغشائية المتنوعة ، وتحليلها بالأشعة السينية ، والفحص المجهري الإلكتروني ، والتحليل الطيفي. وستشمل الوظائف التولد الحيوي ، والقنوات الأيونية ، والنقل ، ونقل الطاقة ، والإشارات عبر الغشاء. سيتم مناقشة المشاكل الفريدة المرتبطة بتحليل بنية البروتينات الغشائية المتكاملة.

اجتماعات أسبوعية لمناقشة وتقييم الأوراق الأساسية في مجالات التطور والسكان وبيئة المجتمع. خلال الأسبوع الماضي ، سيقوم الطلاب بتقييم نقدي لورقة معاصرة حول موضوع يتعلق بالأوراق "الكلاسيكية" التي تمت مناقشتها خلال الفصل الدراسي. سيتمكن الطلاب من الاختيار من بين الأوراق المقدمة من أعضاء هيئة التدريس المشاركين وسيتم تقييم نقدهم بناءً على المحتوى والأصالة والصرامة والوضوح.

اجتماعات أسبوعية لمناقشة وتقييم الأوراق البحثية الأساسية في مجالات التطور وبيولوجيا السكان. كل عضو مشارك مسؤول عن اجتماعين ، ويختار الأوراق ويوجه المناقشة. كما هو الحال في أي فصل مناقشة للخريجين ، يجب على الطلاب المشاركة بدلاً من مجرد الحضور للتجربة. خلال الأسبوع الماضي ، سيقوم الطلاب بتقييم نقدي لورقة معاصرة حول موضوع يتعلق بالأوراق "الكلاسيكية" التي تمت مناقشتها خلال الفصل الدراسي. سيتمكن الطلاب من الاختيار من بين الأوراق المقدمة من أعضاء هيئة التدريس المشاركين وسيتم تقييم نقدهم بناءً على المحتوى والأصالة والصرامة والوضوح.

مقدمة لطلاب الدراسات العليا الوافدين لأساليب تقديم الندوة والنقد والمبادئ التوجيهية المختلفة للتطوير المهني أثناء تجربة التخرج في المدرسة العليا. تشمل الموضوعات سلامة المختبرات البحثية (REM) ، وكيفية إلقاء محاضرة ، والتأقلم مع الدراسات العليا (خاصة إدارة الوقت) ، وكيفية اختيار أستاذ رئيسي ولجنة استشارية ، وكيفية التحضير للامتحانات المؤهلة ، وإرشادات جامعة بوردو للسلوك المسؤول عن البحث ، وكيفية تنظيم عرض الملصق ، وكيفية التفاوض مع الموجهين ، وتوقعات النجاح. تعمل الدورة أيضًا على إضفاء الطابع الاجتماعي على الفوج الوافد من الطلاب فيما بينهم ومع المزيد من الطلاب الكبار في مجموعة واسعة من التخصصات البحثية المتاحة.

هذه الدورة هي استمرار لـ BIOL 66200 وتوسع مقدمة لطلاب الدراسات العليا الوافدين إلى أساليب تقديم الندوة والنقد والمبادئ التوجيهية المختلفة للتطوير المهني أثناء تجربة التخرج في المدرسة العليا. تشمل الموضوعات اختيار موضوع الندوة وتصميم ندوة مدتها 20 دقيقة. دروس حول الخدمات الإلكترونية في P.U. ، برامج إدارة المكتبات والاستشهاد ، وتقييم العروض التقديمية لزملاء الدراسة. باستخدام المهارات المكتسبة في الفصل الدراسي السابق ، يُطلب من كل طالب تقديم عرض تقديمي لـ PowerPoint مدته 20 دقيقة للفصل بناءً على موضوع معتمد مسبقًا من اختياره. يتم طرح أسئلة على المتحدث ويتلقى العرض التقديمي تقييمات مكتوبة من قبل جميع أعضاء الفصل. يتدرب كل طالب مع البروفيسور ليفي قبل العرض العام. تستمر الدورة أيضًا في التنشئة الاجتماعية للفوج الوافد من الطلاب فيما بينهم ومع المزيد من الطلاب الكبار في مجموعة التخصصات البحثية المتاحة.

مفتوح لطلاب الدراسات العليا في قسم العلوم البيولوجية ومصمم في المقام الأول للطلاب في السنة الأولى من الدراسات العليا. تتكون الدورة من تكليفين مخبريين ، تستمر كل منهما حوالي شهرين. يمكن للطلاب أخذ واحد أو اثنين من هذه في الفصل الدراسي. خلال كل مهمة معملية ، سيتعرض الطالب للطرق والمعدات والإجراءات التجريبية المستخدمة حاليًا في مختبر أبحاث قسم معين يختاره الطالب ومن خلال الترتيب مع الأستاذ المسؤول عن ذلك المختبر. ويمكن تكرار هذه الدورة للحصول على الائتمان.

69500 ​​(خريج). القراءة والمناقشات والتقارير المكتوبة وعروض الندوة والعمل الميداني أو المخبري المقدم للإثراء في مجالات خاصة من العلوم البيولوجية.

يستخدم العديد من علماء الحياة تقنيات التصوير المتقدمة دون فهم كامل للمبادئ الأساسية لتحضير العينة وتكوين التصوير وتحليل البيانات. الهدف من هذه الدورة هو تزويد طلاب الدراسات العليا بالمعرفة الأساسية في مختلف جوانب الفحص المجهري للضوء ، بما في ذلك تقنيات التصوير الحديثة الفلورية ، ومعالجة الصور الرقمية وتحليلها مع التركيز على كيفية تصوير وتحليل العينات البيولوجية على النحو الأمثل. سيساعد إكمال هذه الدورة الطلاب على الاستفادة بشكل أفضل من التقنيات المتاحة وتصميم تجارب جديدة.

1. كيف ينتقل الضوء عبر مجهر ضوئي لتشكيل صورة

2. تكوين الصورة في المجال الساطع ، تباين الطور ، مدينة دبي للإنترنت ، التألق اللاصق ، والفحص المجهري متحد البؤر

3. كيفية استخدام Image J (http://rsbweb.nih.gov/ij/) للمعالجة الآلية للصور وتحليلها

تشمل الموضوعات الإضافية كيفية التعامل مع مكونات الأجهزة الشائعة وضبطها ، وكيفية التعرف على القطع الأثرية الشائعة في الصورة وتصحيحها ، وكيفية تحضير عينات بيولوجية لأفضل تصوير. المحاضرات القائمة على المفاهيم تكملها المعامل العملية. التغطية من منظور غير رياضي ، وليس من المتوقع معرفة رياضيات الفيزياء.

دورة اختبار تأهيل الكتلة التنموية والأمراض. اجتماعات أسبوعية لمناقشة مجموعة من موضوعات البحث المعينة والقراءات المطلوبة في المجالات التي تهم أعضاء هيئة التدريس في العلوم البيولوجية في مجموعة التنمية والأمراض. سيقدم كل طالب محاضرة واحدة على الأقل بناءً على الموضوعات المخصصة أو الأساليب ذات الصلة. ستعتمد الدرجة النهائية (مرضية أو غير مرضية) على تقييمات الزملاء للعرض التقديمي للطلاب وتقييم أعضاء هيئة التدريس لمادة المحاضرة المقدمة.لا يتم تضمين اختبار التأهيل الذي يتم إجراؤه بعد انتهاء الفصل الدراسي في الدرجة.

سيتم تعريف الطلاب بالاتصالات العلمية الشائعة في سياق واسع ، وستركز هذه الدورة على التواصل في المعرفة العلمية الخاصة في علم البيئة والتطور. سينغمس الطلاب في المناقشات حول دور الاتصال في العلوم والدور الثقافي والعملي والمتعلق بالسياسة لتواصل العلوم في المجتمع. ستكون هذه ندوة يقودها الطلاب حيث سيتم إعطاؤهم المواد التكميلية ذات الصلة ، ومن المتوقع أن يشاركوا بنشاط في المناقشات الصفية الرائدة حول تلك الموضوعات. ومع ذلك ، خلال الفصل الدراسي ، سيتم دعوة الخبراء في جوانب مختلفة من التواصل العلمي كمتحدثين لمشاركة خبراتهم في نشر المعرفة العلمية لغير العلماء ، وعلى مدار الفصل الدراسي ، سيقوم الطلاب بتطوير مشروع الاتصال العلمي الخاص بهم الناشئ عن البحث العلمي موضوع من اختيارهم. يمكن أن تتضمن المشاريع مقالات للمجلات المخصصة لعامة الناس أو المدونات أو البودكاست أو مقاطع الفيديو أو المحادثات في مجتمعنا ، من بين أماكن أخرى. ستركز الدورة على توصيل العلوم وخاصة علم البيئة والتطور.

هذا المقرر الدراسي عبارة عن دراسة متعمقة لاستراتيجيات التكاثر الفيروسي والتطور الفيروسي والتفاعلات بين المضيف والحيوان. ستغطي المحاضرات بنية الجينوم الفيروسي والجينوم الفيروسي ، وتكرار الجينوم والنسخ ، ومعالجة الحمض النووي الريبي الفيروسي وترجمته ، وتجميع الفيروسات. سيتم استكشاف دورة الحياة الفيروسية ، وأصول الأمراض المرتبطة بالفيروس ، بما في ذلك التحول ، واستجابة المضيف للعدوى الفيروسية. سيتم التحقيق في طرق الوقاية والعلاج من الأمراض الفيروسية ، بما في ذلك الإيدز. ستعمل مناقشة المقالات الحديثة من المؤلفات الأولية على تعزيز فهم أحدث الأبحاث في علم الفيروسات.

لقد ثبت جيدًا أن الاتجار بالحويصلات والإشارات مرتبطان وظيفيًا. على سبيل المثال ، يمكن أن يساهم الالتقام الخلوي في تنظيم توافر الترابط ومستويات المستقبلات على سطح الخلية. من خلال هذه الآلية ، يؤدي الالتقام الخلوي إلى تقليل تنظيم المستقبلات وتشكيل تدرجات مورفوجين خارج الخلية. ومع ذلك ، فإن الالتقام الخلوي مطلوب أيضًا لتنشيط الإشارات ، فمن المعترف به الآن أن توطين مجمعات مستقبلات ligand في المقصورات الداخلية (& lsquosignaling endosomes & rsquo) مطلوب لبدء أحداث إشارات محددة. على الرغم من أن الآلية الدقيقة غير معروفة ، إلا أن الالتقام الخلوي يلعب أيضًا دورًا مهمًا في تنشيط المسار التنموي Notch-DSL.

في هذا الفصل ، سنغطي سلسلة من الموضوعات التي توضح الرابط بين تهريب الحويصلات وإشارات الأمبير وتطبيقاتها المحتملة.

سيتم تشغيل الندوة كنادي مجلة ، حيث يستغرق الطلاب 45 دقيقة. عرض ورقة حديثة من الأدب. سيتم اختيار الورقة من قبل المدرب وتقديمها للطالب قبل أسبوعين على الأقل من الندوة.

وصف الدورة التدريبية - لسنوات عديدة ، درس علماء الأحياء الخلوية والجزيئية والتطورية كيف تلتزم الخلايا الجنينية بنسب خلية معينة وتتمايز نهائيًا إلى نوع خلية متخصص. تم الحصول على ثروة من المعلومات من خلال تحديد الجينات التي تحدد الخلية المتمايزة وكيف يتم تنظيم هذه الجينات نسبيًا. بعد "التغلب" على هذه المشكلة البيولوجية المهمة ، بدأ الباحثون الآن في التركيز على معالجة الخلايا المتمايزة لعكس تاريخ تطورها واستعادة حالتها الأصلية المتعددة القدرات أو للتحول المباشر إلى نوع خلية مختلف. على سبيل المثال ، من الممكن الآن إعادة برمجة الخلايا المتمايزة نهائياً مباشرة إلى حالة متمايزة بديلة أو إلى حالة خلية جذعية حيث يمكن تحفيز الخلايا على تكوين أنواع خلايا أخرى. في كلتا الحالتين ، تحدث تعديلات بالجملة في أنماط التعبير الجيني ، مما يكشف عن مدى تعقيد هذه التغييرات الجزيئية.

خلال الفصل الدراسي ، سيُطلب من الطلاب البحث عن موضوع معين في بيولوجيا الخلايا الجذعية ، وبيولوجيا الخلايا الجذعية السرطانية ، ونماذج أمراض الحيوان ، واستراتيجيات الفئران المعدلة وراثيًا لمعالجة القضايا الرئيسية حول كيفية استخدام تغيير النمط الظاهري للخلايا البالغة لعلاج الأمراض البشرية. سيتم تخصيص موضوع واحد لكل طالب للبحث وتقديمه إلى الفصل. لكل موضوع ، يجب على الطالب الرئيسي تزويد الفصل بالعديد من المقالات لقراءتها مسبقًا وأيضًا قيادة مناقشة حول موضوعهم المحدد. تعد المشاركة في المناقشات عنصرًا أساسيًا في هذا الفصل والحضور إلزامي. سيتم تحديد الدرجة النهائية للدورة التدريبية من خلال الحضور والمشاركة النشطة وعرض موضوعات محددة.

في الولايات المتحدة ، يعاني أكثر من 5.5 مليون شخص من أشكال مختلفة من إصابات الدماغ (TBI) أو إصابات الحبل الشوكي (SCI). تبلغ تكاليف الرعاية الصحية المجمعة لـ TBI و SCI في الولايات المتحدة وحدها أكثر من 70 مليار دولار سنويًا. إصابات الدماغ الرضية هي السبب الرئيسي للوفاة والعجز لدى الأطفال والشباب في الولايات المتحدة. وبالتالي ، فإن هذه الإصابات الميكانيكية توفر رعاية صحية واقتصادية وتحديًا شخصيًا كبيرًا للأشخاص المتضررين منها. على الرغم من إحراز تقدم كبير في العقود الأخيرة في فهم الآليات الأساسية وتطوير علاجات جديدة ، إلا أننا ما زلنا بعيدين عن الأساليب الموثوقة التي تسمح بالإصلاح الكامل للأعصاب المصابة. هذا يرجع إلى حد كبير إلى حقيقة أن الجهاز العصبي المركزي للثدييات البالغة لديه قدرة تجديد محدودة للغاية. تستهدف هذه الندوة طلاب الدراسات العليا في علوم الحياة والهندسة الطبية الحيوية والعلوم الصحية المهتمين بعلم الأعصاب الأساسي والترجمة. سنناقش الأوراق الرئيسية حول الآليات الأساسية والعلاجات وتشخيص اصابات النخاع الشوكي وإصابات الدماغ الرضحية. إلى جانب الأوراق الكلاسيكية ، سنركز أيضًا على أحدث التطورات في هذا المجال.


الدراسة الجامعية

بكالوريوس العلوم في الهندسة البيولوجية (المقرر 20)

يقدم قسم الهندسة البيولوجية (BE) منهجًا جامعيًا يركز على التحليل الكمي والقائم على الهندسة والتصميم والتوليف في دراسة علم الأحياء الحديث من المستوى الجزيئي إلى مستوى الأنظمة. يؤدي الانتهاء من المنهج الدراسي إلى الحصول على بكالوريوس العلوم في الهندسة البيولوجية وإعداد الطلاب لشغل وظائف في مجالات متنوعة تتراوح من الصناعات الدوائية والتكنولوجيا الحيوية إلى المواد والأجهزة والبيئة والصحة العامة. سيتم إعداد خريجي البرنامج لدخول مناصب في البحث الأساسي أو تطوير المنتجات الموجهة نحو المشروع ، وكذلك الدراسات العليا أو المزيد من الدراسة المهنية.

يتضمن المنهج الأساسي المطلوب أساسًا قويًا في العلوم البيولوجية والكيميائية الحيوية ، والتي تتكامل مع التحليل الكمي والمبادئ الهندسية في جميع أنحاء النواة بأكملها. يتم تشجيع الطلاب الذين يرغبون في متابعة بكالوريوس العلوم في الهندسة البيولوجية على إكمال متطلبات المعهد العام للأحياء خلال عامهم الأول وقد يؤخرون إكمال الفيزياء الثانية حتى فصل الخريف من السنة الثانية إذا لزم الأمر. توفر مقدمة الموضوع الاختيارية لتصميم الهندسة البيولوجية ، والتي يتم تقديمها خلال فصل الربيع من السنة الأولى ، إطارًا لفهم برنامج SB الهندسة البيولوجية.

يتم تشجيع الطلاب على دراسة موضوع الفصل الدراسي الثاني في الخريف 20.110 [J] الديناميكا الحرارية للأنظمة الجزيئية الحيوية. يستوفي هذا الموضوع أيضًا متطلبات درجة SB في علم الأحياء. يتم تشجيع الطلاب أيضًا على أخذ الكيمياء العضوية 1 والمعادلات التفاضلية خلال السنة الثانية من أجل التحضير لموضوع مختبر الهندسة البيولوجية التمهيدي الذي يوفر سياقًا لموضوعات المحاضرة وأساسًا قويًا للبحث الجامعي اللاحق في الهندسة البيولوجية من خلال برنامج فرص البحث الجامعية. المشاريع أو التدريب الصيفي.

تقدم المواد المتقدمة المطلوبة في السنوات الأولى والعليا مهارات هندسية إضافية من خلال المحاضرات والموضوعات المعملية وتتوج بمشروع تصميم كبير. تحافظ هذه الموضوعات المتقدمة على موضوع التحليل والتصميم والتركيب الجزيئي على مستوى الأنظمة بناءً على تكامل قوي مع أساسيات علم الأحياء. وهي تشمل أيضًا مجموعة متنوعة من المواد الاختيارية المقيدة التي تسمح للطلاب بتطوير الخبرة في أحد المجالات المواضيعية الستة: بيولوجيا الأنظمة ، والبيولوجيا التركيبية ، والفيزياء الحيوية ، وعلم العقاقير / علم السموم ، وهندسة الخلايا والأنسجة ، والأنظمة الميكروبية. يتم تدريس العديد من هذه المواد المتقدمة بالاشتراك مع الأقسام الأخرى في كلية الهندسة أو كلية العلوم وقد تفي بمتطلبات الحصول على درجة في برامج أخرى.

ثانوي في الهندسة الطبية الحيوية

يتوفر تخصص فرعي بين الأقسام في الهندسة الطبية الحيوية لجميع الطلاب الجامعيين خارج تخصص BE (الدورة 20). انظر البرامج متعددة التخصصات للحصول على معلومات مفصلة.

ثانوي في علم السموم وصحة البيئة

يقدم قسم الهندسة البيولوجية تخصصًا جامعيًا في علم السموم وصحة البيئة. الهدف من هذا البرنامج هو تلبية الطلب المتزايد على الطلاب الجامعيين لاكتساب الأدوات الفكرية اللازمة لفهم وتقييم تأثير المنتجات والعمليات الجديدة على صحة الإنسان ، وتقديم منظور حول مخاطر تعرض الإنسان للمواد الكيميائية الاصطناعية والطبيعية والعوامل الفيزيائية والكائنات الحية الدقيقة.

نظرًا لأهمية التعليم البيئي في معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا ، فقد تم تصميم البرنامج ليكون متاحًا لأي طالب جامعي في معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا. يتكون البرنامج من ثلاثة مواد أساسية تعليمية مطلوبة وموضوع معمل واحد ، بالإضافة إلى مادة اختيارية واحدة. المتطلبات الأساسية للمواد الأساسية هي 5.111 / 5.112 مبادئ العلوم الكيميائية أو 3.091 مقدمة في كيمياء الحالة الصلبة زائد علم الأحياء التمهيدي (7.012 / 7.013 / 7.014 / 7.015 / 7.016).

استفسارات

لمزيد من المعلومات حول برامج البكالوريوس ، راجع موقع الهندسة البيولوجية أو اتصل بالمكتب الأكاديمي BE ، الغرفة 16-267 ، 617-452-2465.


علم الأحياء يعطي مسودة أولية لنموذج تخزين الطاقة المتجددة

يقدم علم الأحياء ، من خلال عملية التمثيل الضوئي ، المسودة الأولى للقالب لتخزين الطاقة الشمسية على نطاق هائل. في جميع أنحاء العالم ، تشير التقديرات إلى أن الكائنات التي تقوم بالتمثيل الضوئي تلتقط الطاقة الشمسية بمتوسط ​​4،000 EJ yr -1 (بما يتوافق مع معدل متوسط ​​سنوي يبلغ 130 تيراواط (TW)) [27]. معدل التقاط الطاقة هذا أكبر بحوالي 6.5 مرة من الاستهلاك العالمي الحالي للطاقة الأولية البالغ 20 تيراواط [28]. تخزن كائنات التمثيل الضوئي الأرضية هذه الطاقة ، بعد فقدان الكربون بسبب التنفس ، بمعدل صافٍ 1200 EJ yr -1 (أو ≈ 38 TW) إلى حد كبير مثل الكتلة الحيوية lignocellulosic [29]. يتطلب التقاط هذه الطاقة ≈ 120 جيجا طن من الكربون سنويًا (GtC yr -1) (حساب ذرات الكربون فقط في ثاني أكسيد الكربون الثابت2) [30] ، بينما يتطلب التخزين ≈ 60 جيجا طن من الكربون في العام -1 [31] ، وهو ما يمثل ما بين 7 و 14 ٪ فقط من تجمع الكربون في الغلاف الجوي العالمي [32 ، 33].

ومع ذلك ، فإن التمثيل الضوئي بعيد كل البعد عن الكمال. يسحب التمثيل الضوئي الكربون من الغلاف الجوي بمعدل متوسط ​​سنويًا فقط من 1 إلى 2 × 10 18 جزيء من ثاني أكسيد الكربون2 م -2 ث -1 [34], بين 25 و 70 مرة أقل من الحد الأقصى لمعدل امتصاص الكربون من الغلاف الجوي من 5 إلى 7 × 10 19 جزيء من ثاني أكسيد الكربون2 م -2 ث -1 [34 ، 35]. نتيجة لذلك ، يتراوح متوسط ​​الكفاءة العالمية والسنوية لعملية التمثيل الضوئي بين 0.25٪ [35] إلى 1٪ [36] ، مع أفضل الكفاءات الإجمالية التي شوهدت في المجال بين 2.4٪ لـ C3 نباتات [37] ، 3.4٪ ل C4 نباتات [38] و 3٪ للطحالب التي تنمو في فقاعات مفاعلات حيوية ضوئية [39]. تقع هذه الكفاءات الملحوظة أقل بكثير من الكفاءات النظرية القصوى لـ C3، ج4والبناء الضوئي للطحالب بنسبة 4.6٪ و 6٪ [40] و 9٪ [39] على التوالي. بالإضافة إلى ذلك ، فإن عملية التمثيل الضوئي ليست قابلة للتوزيع على الفور: فهي تستغرق موسم نمو كامل لتخزين الطاقة الشمسية ككتلة حيوية للنبات ، يليها الحصاد وسلسلة طويلة من الخطوات الكيميائية الحرارية لاستخراج الطاقة منها.


تأثير تحمض المحيطات على تكلس الكائنات في النظم الإيكولوجية البحرية: منظور من كائن حي إلى نظام إيكولوجي

يشكل تحمض المحيطات (OA) ، نتيجة لانبعاثات ثاني أكسيد الكربون البشرية المنشأ ، تهديدًا خطيرًا للكائنات البحرية في النظم الإيكولوجية المدارية ، والمحيطات المفتوحة ، والساحلية ، وأعماق البحار ، والبحار على خطوط العرض العليا. إن تنوع المجموعات التصنيفية التي تترسب كربونات الكالسيوم من مياه البحر معرضة بشكل خاص لخطر كبير. نراجع هنا الأدبيات سريعة التوسع فيما يتعلق بالتأثيرات البيولوجية والبيئية للزراعة العضوية على التكلس ، باستخدام نهج شامل وموجه نحو العملية. بالمقارنة مع التكلس ، نجد أن مجالات مثل الإخصاب ، ومراحل تاريخ الحياة المبكرة ، والتفاعل مع الضغوطات التآزرية قد تم دراستها جيدًا. على الرغم من أن فهم العواقب طويلة المدى للزراعة العضوية أمر بالغ الأهمية ، إلا أن الدراسات المتاحة هي تجارب قصيرة المدى إلى حد كبير لا تسمح باختبارات التأقلم أو التكيف على المدى الطويل. البحث المستقبلي حول اللدونة المظهرية للكائنات الحية المعاصرة وتفسيرات الأداء في سياق عدم التجانس البيئي الحالي لـ pCO2 سيساعد بشكل كبير في فهمنا لكيفية استجابة الكائنات الحية للزراعة العضوية في المستقبل.


تميز الأقسام. يُمنح امتياز الأقسام للطلاب الحاصلين على معدل لا يقل عن 3.70 / 4.00 GPA في دورات العلوم البيولوجية وللطلاب الحاصلين على معدل لا يقل عن 3.30 / 4.00 GPA في دورات العلوم البيولوجية الذين أكملوا أيضًا BIOS 399 بنجاح.

أعلى درجات التميز في الأقسام. يُمنح أعلى تمييز إداري للطلاب الحاصلين على معدل تراكمي 3.70 / 4.00 كحد أدنى في دورات العلوم البيولوجية والذين أكملوا أيضًا BIOS 399 بنجاح.


مقدمة

لقد أعطى تفشي السمنة ومرض السكري أهمية كبيرة لفهم المزيد حول تنظيم توازن الطاقة وكيف يؤثر عدم التنظيم على ترسب الدهون وتوازن الجلوكوز. يتم إجراء البحث في هذا المجال باستخدام العديد من الكائنات الحية ، بما في ذلك اللافقاريات مثل ذبابة الفاكهة سوداء البطن و أنواع معينة انيقةوالثدييات الصغيرة مثل الفئران والجرذان والرئيسيات غير البشرية والبشر. على وجه الخصوص ، تم تسهيل التقدم إلى حد كبير من خلال توليد الحيوانات التي تم التلاعب بها وراثيًا (بما في ذلك الضربة القاضية أو الضربة القاضية المشروطة أو الضربة القاضية أو الإفراط في التعبير الجيني أو التلاعب البصري الوراثي للجينات المستهدفة) في العقد الماضي. علاوة على ذلك ، مع تحسن فهمنا للأنظمة التي تنظم توازن الطاقة ، يتم تطوير عدد متزايد من العوامل الصيدلانية والتغذية التي تهدف إلى تطبيع توازن الطاقة.

يتطلب تنوع الأساليب التجريبية والكائنات الحية المستخدمة للتحقيق في توازن الطاقة التنسيق في كيفية تحليل البيانات. وهذا يعني أن البيانات المستمدة من الأساليب والكائنات المختلفة يمكن تفسيرها ومقارنتها بقدر أكبر من الاتساق. كان مصدر قلق خاص في الدراسات الحديثة للثدييات الصغيرة كيفية تطبيع بيانات المدخول أو الإنفاق للاختلافات في كتلة الجسم أو تكوين جسم الحيوانات (Arch et al. ، 2006 Butler and Kozak ، 2010 Kaiyala and Schwartz ، 2011 Tschöp et al. ، 2012). هذه القضايا ليست جديدة - مناقشة الطرق المثلى التي يمكن من خلالها تطبيع تأثيرات كتلة الجسم بدأت منذ قرن على الأقل (Rubner، 1883 Kleiber، 1932 Kleiber، 1961). ومع ذلك ، ظهر إجماع حول هذه القضية في التسعينيات في الدراسات البشرية. تم الاتفاق على أن أفضل طريقة للمضي قدمًا هي عدم إجراء حسابات النسبة البسيطة (على سبيل المثال ، الإنفاق مقسومًا على كتلة الجسم ، أو كتلة الجسم النحيل) لأن هذه الأساليب لا تتطابق بشكل كافٍ مع تأثير الكتلة (أليسون وآخرون ، 1995 Poehlman and Toth ، 1995). بدلاً من ذلك ، فإن النهج الأمثل هو تصحيح التأثيرات الجماعية باستخدام نهج قائم على الانحدار يسمى تحليل التباين المشترك (ANCOVA) أو النمذجة الخطية العامة (GLM). في الآونة الأخيرة ، ظهر نفس الإجماع بين العديد من الباحثين الذين يدرسون توازن الطاقة في الثدييات الصغيرة (Kaiyala and Schwartz، 2011 Tschöp et al.، 2012). وبالتالي ، تم الاتفاق الآن على إطار عمل مشترك لهذا التحليل على نطاق واسع من قبل الباحثين من المجال بأكمله ، من أولئك الذين يعملون مع الكائنات الحية النموذجية مثل الفئران والذباب ، إلى أولئك الذين يدرسون البشر.

على الرغم من هذا الاتفاق على ما يجب القيام به لتحليل بيانات توازن الطاقة ، لا يعرف الباحثون بالضرورة كيفية القيام بذلك. لذلك ، فإن الهدف من هذه الورقة هو توفير خوارزمية كدليل خطوة بخطوة لإجراء هذا النوع من التحليل. في عالم مثالي ، سيتم تحليل البيانات الناتجة عن تجارب توازن الطاقة بمساعدة خبير إحصاء. لا يتمثل هدفنا في استبدال هذا المعيار الذهبي إذا كانت هناك مساعدة احترافية في متناول اليد ، فسيكون ذلك دائمًا أفضل طريق لتحليل البيانات. ومع ذلك ، فإن الوصول إلى الخبرة الإحصائية المهنية ليس متاحًا دائمًا. في الواقع ، تظهر ورقتان حديثتان (بتلر وكوزاك ، 2010 Tschöp وآخرون ، 2012) أنه في معظم الحالات ، تم إجراء تحليلات لبيانات توازن الطاقة بشكل متكرر باستخدام مناهج لا ينصح بها خبير إحصائي مدرب ، وذلك تتعارض مع الإجماع الذي تم التوصل إليه فيما يتعلق بأساليب التحليل. وبالتالي ، نعتقد أن الخوارزمية الموحدة التي يمكن للباحثين اتباعها في جميع أنحاء المجال لها أهمية كبيرة. حتى إذا كانت هناك مساعدة احترافية في متناول اليد ، فقد يجد الباحثون أنه من المفيد العمل من خلال عملية التحليل قبل التحقق من المخرجات مع خبير إحصائي مؤهل لفهم بياناتهم الخاصة بشكل أفضل.

يمكن استخدام الخوارزمية المقدمة في هذه الورقة مع أي حزمة إحصائية تجارية. للمساعدة في التحليل ، قدمنا ​​الأوامر التي يجب استخدامها لثلاث حزم إحصائية شائعة (SPSS و MINITAB و R) في المواد التكميلية (المواد التكميلية الملاحق الأول والثاني والثالث على التوالي). لاستخدام هذه الأوامر ، ما عليك سوى الانتقال إلى ملحق المواد التكميلية لبرنامجك المفضل ، والعثور على الخطوة في الخوارزمية التي تستخدمها ، وستجد تفاصيل الأوامر التي يجب استخدامها لتشغيل التحليل. نوفر أيضًا مع كل مادة تكميلية مخرجات مثال الملحق للتحليل ، باستخدام بيانات نموذجية نقدمها (انظر لاحقًا) ، بالإضافة إلى إرشادات حول كيفية تفسير المخرجات. لاحظ أنه من غير الممكن استخدام هذه الخوارزمية ، أو لتحليل هذا النوع من البيانات بشكل صحيح ، وذلك باستخدام الحزم المصممة بشكل أساسي لإنشاء الرسومات أو العمل كجداول بيانات (مثل PRISMGRAPH أو Microsoft Excel) ما لم تقم بإجراء برمجة معقدة لتنفيذ الاختبارات المناسبة.نظرًا لأن هذا يتطلب معرفة متخصصة بالحسابات المتضمنة في الاختبارات الإحصائية المستخدمة ، وكيفية برمجة الحزم ، فإننا نحث الباحثين بشدة على الاستثمار في البرامج الإحصائية التي تمكن من إجراء التحليلات الموصوفة. لاحظ أنه على الرغم من أننا نقوم بتضمين أسماء الاختبارات الإحصائية التي يتم تطبيقها على البيانات ، إلا أننا لا نفصل الصيغ التي تستند إليها الاختبارات (خارج نطاق هذه المخطوطة). يمكن العثور على الصيغ التي تقوم عليها الاختبارات الإحصائية المستخدمة في أي كتاب إحصائي حيوي متقدم (مثل Sokal and Rohlf، 2012 Zar، 2009). لا يمكننا التأكيد بما فيه الكفاية على أهمية فحص النواتج مع خبير إحصائي مؤهل قبل التقدم للنشر.

يجب أن تكون البيانات التي يتم تحليلها باستخدام هذه الخوارزمية ذات نوعية جيدة ، وأن تتضمن حجم عينة كبير بما فيه الكفاية. غالبًا ما يُفترض أن أحجام العينات من ستة إلى عشرة أفراد كافية لهذا النوع من التحليل ، ولكن غالبًا ما تكون الدراسات القائمة على أحجام العينات هذه ضعيفة (انظر على سبيل المثال ، Speakman ، 2010). لا يمكن لأي مستوى من التحليل الإحصائي إنقاذ البيانات التي تم جمعها بشكل سيئ أو مجموعة البيانات التي تحتوي على عدد قليل جدًا من الملاحظات. بشكل عام ، لا يتم حل مشكلة الحصول على حجم عينة صغير من خلال الجمع بين العينة الصغيرة وتحليل إحصائي غير مناسب! استشارة خبير إحصائي قبل بدء التجربة مفيدة للحصول على مشورة حول تحليل طاقة مسبق وأحجام عينات كافية. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن العثور على المشورة بشأن التقنيات والعثرات الشائعة في الطرق المتاحة لقياس مدخول الطعام وإنفاق الطاقة وتكوين الجسم في مكان آخر (Lighton، 2008 Tschöp et al.، 2012).


مراجع

لين إن العالم غير المرئي: تأملات في Leeuwenhoek (1677) "بخصوص الحيوانات الصغيرة". شركة Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci R Soc. 2015370: 20140344.

الألمانية RZ ، بالمر JB. تشريح وتطور تجويف الفم والبلعوم. GI Motility عبر الإنترنت [الإنترنت]: Nature Publishing Group 2006. [cited 2019 Nov 28]. متاح من: https://doi.org/10.1038/gimo5.

Moutsopoulos NM، Konkel JE. المناعة الخاصة بالأنسجة عند الحاجز المخاطي للفم. اتجاهات إمونول. 201839: 276–87.

Song SJ و Lauber C و Costello EK و Lozupone CA و Humphrey G و Berg-Lyons D et al. يتشارك أفراد الأسرة المتعايشون الكائنات الحية الدقيقة مع بعضهم البعض ومع كلابهم. إليفي. 20132: e00458.

Ferretti P و Pasolli E و Tett A و Asnicar F و Gorfer V و Fedi S وآخرون. يشكل انتقال الميكروبات من الأم إلى الرضيع من مواقع الجسم المختلفة الميكروبيوم النامي في أمعاء الرضع. ميكروب مضيف الخلية. 201824: 133-45 هـ.

Caporaso JG و Lauber CL و Costello EK و Berg-Lyons D و Gonzalez A و Stombaugh J et al. الصور المتحركة للميكروبيوم البشري. جينوم بيول. 201112: R50.

مارك ويلش جيه إل ، أوتر در ، روسيتي بج ، مارك ويلش دي بي ، إرين إيه إم ، بوريسي جي جي. ديناميات المجتمعات الميكروبية اللسان ذات دقة النوكليوتيدات المفردة باستخدام نمط القلة. ميكروبيول أمامي. 20145: 568.

Hall MW و Singh N و Ng KF و Lam DK و Goldberg MB و Tenenbaum HC وآخرون. التنوع بين الأفراد والديناميات الزمنية لميكروبات الأسنان واللسان واللعاب في تجويف الفم الصحي. NPJ Biofilms Microbiomes. 20173: 2.

مارك ويلش جيه إل ، روسيتي بج ، ريكن سي دبليو ، ديويرست إف ، بوريسي جي جي. الجغرافيا الحيوية لميكروبيوم فموي بشري بمقياس ميكرون. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016113: E791–800.

Dewhirst FE و Chen T و Izard J و Paster BJ و Tanner ACR و Yu W-H وآخرون. الميكروبيوم الفموي البشري. J باكتيريول. 2010192: 5002-17.

إرين آم ، بوريسي جي جي ، هوس إس إم ، مارك ويلش جي إل. تحليل نمذجة القلة للميكروبيوم الفموي البشري. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014111: E2875–84.

مارك ويلش جي إل ، ديويرست إف إي ، بوريسي جي جي. الجغرافيا الحيوية للميكروبيوم الفموي: فرضية أخصائي الموقع. Annu Rev Microbiol. 201973: 335-58.

Lamont RJ ، Koo H ، Hajishengallis G. الميكروبات الشفوية: المجتمعات الديناميكية والتفاعلات المضيفة. نات ريف ميكروبيول. 201816: 745-59.

شميدت TS ، هايوارد إم آر ، كويلهو إل بي ، لي إس إس ، كوستيا بي ، فويغت أيه ، وآخرون. انتقال واسع النطاق للميكروبات على طول القناة الهضمية. إليفي. 20198 متاح من: https://doi.org/10.7554/eLife.42693.

سوكرانسكي إس إس ، مانجانيلو إس دي. الجراثيم الفموية للإنسان منذ الولادة وحتى الشيخوخة. ياء اللثة. 197142: 485-96.

Mager DL، Ximenez-Fyvie LA، Haffajee AD، Socransky SS. توزيع الأنواع البكتيرية المختارة على الأسطح داخل الفم. J كلين اللثة. 200330: 644–54.

Aas JA ، Paster BJ ، Stokes LN ، Olsen I ، Dewhirst FE. تحديد النباتات البكتيرية الطبيعية للتجويف الفموي. ياء كلين ميكروبيول. 200543: 5721–32.

جيبونز آر جيه ، هوت جيه في. الالتزام الجرثومي في البيئة الميكروبية عن طريق الفم. Annu Rev Microbiol. 197529: 19-44.

Simón-Soro A، Tomás I، Cabrera-Rubio R، Catalan MD، Nyvad B، Mira A. الجغرافيا الميكروبية لتجويف الفم. J دنت ريس. 201392: 616–21.

اتحاد مشروع الميكروبيوم البشري. هيكل ووظيفة وتنوع الميكروبيوم البشري السليم. طبيعة سجية. 2012486: 207-14.

Segata N و Haake SK و Mannon P و Lemon KP و Waldron L و Gevers D et al. تكوين الميكروبيوم البكتيري في الجهاز الهضمي البالغ بناءً على سبعة أسطح للفم واللوزتين والحنجرة والبراز. جينوم بيول. 201213: R42.

Lloyd-Price J و Mahurkar A و Rahnavard G و Crabtree J و Orvis J و Hall AB وآخرون. سلالات ووظائف وديناميكيات في مشروع ميكروبيوم الإنسان الموسع. طبيعة سجية. 2017550: 61-6.

دوناتي سي ، زولفو إم ، ألبانيز دي ، تين ترونج دي ، أسنيكار إف ، إيبا الخامس ، وآخرون. الكشف عن استوائية النيسرية عن طريق الفم واستمرارها باستخدام التسلسل الميتاجينومي. نات ميكروبيول. 20161: 16070.

Chen T، Yu W-H، Izard J، Baranova OV، Lakshmanan A، Dewhirst FE. قاعدة بيانات ميكروبيوم الإنسان عن طريق الفم: مورد يمكن الوصول إليه عبر الويب للتحقيق في معلومات تصنيف الميكروبات والمعلومات الجينومية عن طريق الفم. قاعدة البيانات. 2010-2010: baq013.

Escapa IF ، Chen T ، Huang Y ، Gajare P ، Dewhirst FE ، Lemon KP. رؤى جديدة لميكروبيوم الأنف البشري من قاعدة البيانات الموسعة للميكروبيوم البشري الفموي (eHOMD): مورد للميكروبيوم في الجهاز الهضمي البشري. أنظمة mSystems. 20183 متاح من: https://doi.org/10.1128/mSystems.00187-18.

Nayfach S، Rodriguez-Mueller B، Garud N، Pollard KS. يكشف خط أنابيب ميتاجينوميات متكامل لتحديد ملامح السلالة عن أنماط جديدة لانتقال البكتيريا والجغرافيا الحيوية. الدقة الجينوم. 201626: 1612–25.

Vartoukian SR، Adamowska A، Lawlor M، Moazzez R، Dewhirst FE، Wade WG. الزراعة في المختبر للبكتيريا الفموية "غير القابلة للزراعة" ، التي تسهلها الثقافة المجتمعية والتكميل الإعلامي مع حامض الحديد. بلوس واحد. 201611: e0146926.

براون سي تي ، هوغ لوس أنجلوس ، توماس بي سي ، شارون الأول ، كاستيل سي جيه ، سينغ إيه ، وآخرون. بيولوجيا غير عادية عبر مجموعة تضم أكثر من 15٪ من بكتيريا المجال. طبيعة سجية. 2015523: 208-11.

Hug LA و Baker BJ و Anantharaman K و Brown CT و Probst AJ و Castelle CJ وآخرون. منظر جديد لشجرة الحياة. نات ميكروبيول. 20161: 16048. ماكميلان للنشر المحدودة.

ميهوست آر ، بورستين دي ، كاستيل سي جيه ، بانفيلد جي إف. تمييز بكتيريا الإنعاش القلبي الرئوي عن البكتيريا الأخرى بناءً على محتوى عائلة البروتين. نات كومون. 201910: 4173.

Bor B، Bedree JK، Shi W، McLean JS، He X. Saccharibacteria (TM7) في الميكروبيوم الفموي البشري. J دنت ريس. 201998: 500-9.

بور ب ، ماكلين جي إس ، فوستر كر ، سين إل ، إلى تي تي ، سيراتو-جيلين أ ، وآخرون. يؤدي التطور السريع لقابلية المضيف المنخفضة للإصابة بعلاقة مستقرة بين طفيلي فائق الصغر TM7x ومضيفه البكتيري. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018115: 12277–82.

هي إكس ، ماكلين جي إس ، إدلوند إيه ، يوسف إس ، هول إيه بي ، ليو إس واي ، وآخرون. يكشف استزراع النمط النسبي TM7 المرتبط بالإنسان عن انخفاض في الجينوم ونمط حياة طفيلي مضاد حيوي. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015112: 244-9.

Camanocha A، Dewhirst FE. الأصناف البكتيرية المرتبطة بالمضيف من أقسام Chlorobi و Chloroflexi و GN02 و Synergistetes و SR1 و TM7 و WPS-2 Phyla / مرشح. J عن طريق الفم ميكروبيول. 20146 متاح من: https://doi.org/10.3402/jom.v6.25468. Epub 2014/10/16. PMID: 25317252.

Brinig MM ، Lepp PW ، Ouverney CC ، Armitage GC ، Relman DA. انتشار بكتيريا انقسام TM7 في اللويحات تحت اللثة في الإنسان وارتباطها بالمرض. أبيل إنفيرون ميكروبيول. 200369: 1687-1694.

Abusleme L ، Dupuy AK ، Dutzan N ، Silva N ، Burleson JA ، Strausbaugh LD ، et al. الميكروبيوم تحت اللثة في الصحة والتهاب دواعم السن وعلاقته بالكتلة الحيوية والتهاب المجتمع. ISME J. 20137: 1016-25.

مارسي واي ، أوفيرني سي ، بيك إم ، لوسيكان تي ، إيفانوفا إن ، مارتن إتش جي ، وآخرون. تشريح "المادة المظلمة" البيولوجية بالتحليل الجيني وحيد الخلية لميكروبات TM7 النادرة وغير المزروعة من فم الإنسان. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007104: 11889–94.

Cross KL و Campbell JH و Balachandran M و Campbell AG و Cooper SJ و Griffen A et al. العزلة المستهدفة وزراعة البكتيريا غير المزروعة عن طريق علم الجينوم العكسي. Nat Biotechnol. 201937: 1314–21.

Murugkar PP ، كولينز AJ ، Dewhirst FE. تسلسل الجينوم الكامل لسلالة PM004 ، وهو عضو جديد مثقف من الميكروبيوم الفموي البشري من شعبة Saccharibacteria (TM7). إعلان موارد ميكروبيول. 20198 متاح من: https://doi.org/10.1128/MRA.01159-19.

كولينز إيه جيه ، موروجكار بي بي ، ديويرست في. تسلسل الجينوم الكامل للسلالة AC001 ، وهو عضو جديد مثقف من الميكروبيوم الفموي البشري من شعبة Saccharibacteria (TM7) [الإنترنت]. إعلانات الدقة Microbiol. 2019 متاح من: https://doi.org/10.1128/mra.01158-19.

إسبينوزا جي إل ، هاركينز دي إم ، تورالبا إم ، جوميز إيه ، هايلاندر إس كي ، جونز إم بي ، وآخرون. علم البيئة الميكروبيوم اللويحي فوق اللويحة والإمكانات الوظيفية في سياق الصحة والمرض. MBio. 20189 متاح من: https://doi.org/10.1128/mBio.01631-18.

كامبل جيه إتش ، أودونوجو بي ، كامبل إيه جي ، شوينتيك بي ، سكيربا إيه ، وويكي تي ، وآخرون. UGA هو كودون جليكاين إضافي في بكتيريا SR1 غير المستزرعة من الجراثيم البشرية. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013110: 5540-5.

Chen L-X، Anantharaman K، Shaiber A، Murat Eren A، Banfield JF. جينومات دقيقة وكاملة من metagenomes [الإنترنت]. bioRxiv. 2019: 808410. [تم الاستشهاد به في 8 ديسمبر 2019]. متاح من: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/808410v1.

Raveh-Sadka T ، Thomas BC ، Singh A ، Firek B ، Brooks B ، Castelle CJ ، et al. نادرًا ما يتم مشاركة بكتيريا الأمعاء من قبل الأطفال المبتسرين في المستشفى ، بغض النظر عن تطور التهاب الأمعاء والقولون الناخر. إليفي. 20154 متاح من: https://doi.org/10.7554/eLife.05477.

Delmont TO و Quince C و Shaiber A و Esen ÖC و Lee ST و Rappé MS وآخرون. تتوافر مجموعات مثبّتة للنيتروجين من الفطريات الحلقية والبروتيوبكتيريا بكثرة في الميتاجينومات السطحية للمحيطات. نات ميكروبيول. 20183: 804-13.

شيبر أ ، إرين آم. تقلل الجينومات المركبة المجمعة من الميتاجينوم من جودة مستودعات الجينوم العامة. MBio. 2019 متاح من: https://doi.org/10.1128/mBio.00725-19.

Quince C ، Walker AW ، Simpson JT ، Loman NJ ، Segata N. Shotgun metagenomics ، من أخذ العينات إلى التحليل. Nat Biotechnol. 201735: 833-44.

Chen I-MA و Chu K و Palaniappan K و Pillay M و Ratner A و Huang J وآخرون. IMG / M v.5.0: إدارة بيانات متكاملة ونظام تحليل مقارن للجينومات الميكروبية والميكروبيوم. الدقة الأحماض النووية. 201947: D666–77.

McLean JS ، و Bor B ، و TT ، و Liu Q ، و Kearns KA ، و Solden LM ، وآخرون. دليل على اكتساب وتكيف مستقل للبكتيريا بالغة الصغر مع مضيفين بشريين عبر جينومات شديدة التنوع لكنها مخفضة لفصيلة Saccharibacteria [الإنترنت]. 2018 متاح من: https://doi.org/10.1101/258137.

المتنزهات DH و Rinke C و Chuvochina M و Chaumeil P-A و Woodcroft BJ و Evans PN وآخرون. إن استعادة ما يقرب من 8000 جينوم تم تجميعه من الميتاجينوم يوسع بشكل كبير شجرة الحياة. نات ميكروبيول. 20172: 1533-1542.

شلوتر ي ، فوستر كر. تطور التبادلية في ميكروبيوتا الأمعاء عبر الانتقاء الظهاري للمضيف. بلوس بيول. 201210: e1001424.

Kantor RS ، Wrighton KC ، Handley KM ، Sharon I ، Hug LA ، Castelle CJ ، et al. الجينومات الصغيرة والأيض المتناثر للبكتيريا المرتبطة بالرواسب من أربع شعب مرشحة. MBio. 20134: e00708–13.

ويلبرت سا ، مارك ويلش جيه إل ، بوريسي جي جي. البيئة المكانية لميكروبيوم ظهر اللسان البشري. ممثل الخلية .202030: 4003-15.E3.

ألبيرتسن م ، ف هوجينهولتز ، سكارشوسكي أ ، نيلسن كوالا لمبور ، تايسون جي دبليو ، نيلسن بي إتش. تسلسل الجينوم للبكتيريا النادرة غير المستزرعة التي تم الحصول عليها عن طريق التغطية التفاضلية المتراكمة للعديد من metagenomes. Nat Biotechnol. 201331: 533-8.

Tatusov RL و Fedorova ND و Jackson JD و Jacobs AR و Kiryutin B و Koonin EV وآخرون. قاعدة بيانات COG: نسخة محدثة تتضمن حقيقيات النوى. المعلوماتية الحيوية BMC. 20034: 41.

Dutilh BE ، Huynen MA ، Bruno WJ ، Snel B. تم الكشف عن إشارة النشوء والتطور المتسقة في أشجار الجينوم من خلال تقليل تأثير الضوضاء. J مول إيفول. 200458: 527–39.

تو ديلمونت ، إرين آم. ربط pangenomes و metagenomes: Prochlorococcus metapangenome. بيرج. 20186: e4320.

Craig L، Forest KT، Maier B. النوع الرابع pili: الديناميات والفيزياء الحيوية والعواقب الوظيفية. نات ريف ميكروبيول. 201917: 429-40.

Ishiwa A، Komano T. تتعرف مواد الالتصاق الرقيقة PilV للبلازميد R64 على هياكل محددة لجزيئات عديد السكاريد الدهنية للخلايا المتلقية. J باكتيريول. 2003185: 5192-9.

بيلا J ، هيندل كوالالمبور ، ماك إيوان با ، لوفيل إس سي. هيكل التكرار الغني باللوسين. علوم الحياة مول الخلية. 200865: 2307 - 33.

Buist G ، Steen A ، Kok J ، Kuipers OP. LysM ، عزر بروتين موزع على نطاق واسع للارتباط بـ (الببتيدو) الجليكانات. مول ميكروبيول. 200868: 838-47.

Chen L-X، Al-Shayeb B، Méheust R، Li W-J، Doudna JA، Banfield JF. تحتوي بكتيريا روزمان من الينابيع الساخنة على أنظمة كريسبر-كاس جديدة ووفرة بشكل غير متوقع. ميكروبيول أمامي. 201910: 928.

Dudek NK و Sun CL و Burstein D و Kantor RS و Aliaga Goltsman DS و Bik EM وآخرون. تنوع ميكروبي جديد وإمكانيات وظيفية في الميكروبيوم الفموي للثدييات البحرية. كور بيول. 201727: 3752-62.e6.

Paez-Espino D ، Eloe-Fadrosh EA ، Pavlopoulos GA ، Thomas AD ، Huntemann M ، Mikhailova N ، وآخرون. الكشف عن فيروم الأرض. طبيعة سجية. 2016536: 425-30.

تاتشون م ، برنهايم أ ، روشا إب. الصفات الجينية وتاريخ الحياة المرتبطة بتوزيع العقاقير في البكتيريا. ISME J. 201610: 2744–54.

رو S ، Enault F ، Hurwitz BL ، Sullivan MB. VirSorter: استخراج الإشارات الفيروسية من البيانات الجينومية الميكروبية. بيرج. 20153: e985.

Roux S ، Krupovic M ، Daly RA ، Borges AL ، Nayfach S ، Schulz F ، et al. تم الكشف عن فيروسات inovirus الخفية على أنها منتشرة في البكتيريا والعتائق عبر المناطق الأحيائية للأرض. نات ميكروبيول. 2019 متاح من: https://doi.org/10.1038/s41564-019-0510-x.

كوفين د ، بيرنهايم أ ، توفانو نيوش سي ، تاتشون إم ، ميشاليك ج ، نيرون ب ، وآخرون. يتضمن CRISPRCasFinder ، وهو تحديث لـ CRISRFinder ، نسخة محمولة وأداء مُحسّن ويدمج البحث عن بروتينات Cas. الدقة الأحماض النووية. 201846: الأسبوع 246–51.

Franzosa EA و Morgan XC و Segata N و Waldron L و Reyes J و Earl AM وآخرون. ربط metatranscriptome والميتاجينوم من الأمعاء البشرية. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014111: E2329–38.

إرين آم ، فينيس جي إتش ، موريسون هج ، سوجين مل. طريقة تصفية لإنشاء قراءات قصيرة عالية الجودة باستخدام تقنية Illumina المقترنة بنهاية. بلوس واحد. 20138: e66643.

Minoche AE ، Dohm JC ، Himmelbauer H. تقييم بيانات التسلسل الجينومي عالي الإنتاجية التي تم إنشاؤها على أنظمة Illumina HiSeq ومحلل الجينوم. جينوم بيول. 201112: R112.

Li D، Liu C-M، Luo R، Sadakane K، Lam T-W. MEGAHIT: حل فائق السرعة أحادي العقدة لتجميع الميتاجينوميات الكبيرة والمعقدة عبر رسم بياني موجز لـ Bruijn. المعلوماتية الحيوية. 201531: 1674-6.

إرين آم ، إيسن أو سي ، كوينس سي ، فينيس جي إتش ، موريسون هج ، سوجين إم إل ، وآخرون. Anvi’o: منصة تحليل وتصور متقدمة لبيانات omics. بيرج. 20153: e1319.

حياة د ، تشين جي إل ، لوكاشيو بي إف ، لاند إم إل ، لاريمر أف دبليو ، هاوزر إل جي. الضال: التعرف على الجينات بدائية النواة وتحديد موقع بدء الترجمة. المعلوماتية الحيوية BMC. 201011: 119.

Kim D، Song L، Breitwieser FP، Salzberg SL. أجهزة الطرد المركزي: تصنيف سريع وحساس للتسلسلات الميتاجينومية. الدقة الجينوم. 201626: 1721-179.

إيدي SR. تسريع عمليات البحث عن ملف HMM. بلوس كومبوت بيول. 20117: e1002195.

لانجميد ب ، سالزبيرج سي. محاذاة سريعة للقراءة مع Bowtie 2. طرق Nat. 20129: 357-9.

Li H و Handsaker B و Wysoker A و Fennell T و Ruan J و Homer N وآخرون. تنسيق تسلسل محاذاة / خريطة و SAMtools. المعلوماتية الحيوية. 200925: 2078-9.

Alneberg J ، Bjarnason BS ، de Bruijn I ، Schirmer M ، Quick J ، Ijaz UZ ، et al. CONCOCT: تجميع المكونات حول COverage and ComposiTion [الإنترنت]. arXiv [q-bio.GN]. 2013 متاح من: http://arxiv.org/abs/1312.4038.

شبيبة ماكلين ، بور ب ، إلى تي تي ، ليو كيو ، كيرنز كا ، سولدين إل إم. دليل على اكتساب وتكيف مستقل للبكتيريا بالغة الصغر مع مضيفين بشريين عبر جينومات الشعبة شديدة التنوع وإن كانت منخفضة. bioRxiv [الإنترنت]. biorxiv.org. 2018 متاح من: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/02/02/258137.abstract.

Delcher AL، Phillippy A، Carlton J، Salzberg SL. خوارزميات سريعة لمحاذاة ومقارنة الجينوم على نطاق واسع. الدقة الأحماض النووية. 200230: 2478–83.

المتنزهات DH ، Imelfort M ، Skennerton CT ، Hugenholtz P ، Tyson GW. CheckM: تقييم جودة الجينوم الميكروبي المستعاد من العزلات والخلايا المفردة والميتاجينومات. الدقة الجينوم. 201525: 1043-1055.

Köster J ، Rahmann S. Snakemake - محرك سير عمل قابل للتطوير في مجال المعلوماتية الحيوية. المعلوماتية الحيوية. 201228: 2520-2.

كاليف كج ، شوارزبيرج-ليبسون ك ، جارج إن ، جيبونز إس إم ، جريجوري كابوراسو ج ، فتحات ي ، وآخرون. تحليل متعدد omics للمجتمعات الميكروبية للجيب اللثوي قبل المعالجة وبعدها [الإنترنت]. أنظمة mSystems. 2017 متاح من: https://doi.org/10.1128/msystems.00016-17.

Breitwieser FP، Salzberg SL، Kraken HLL. تصنيف ميتاجينوميات واثق وسريع باستخدام تعدادات k-mer الفريدة [الإنترنت]. bioRxiv. 2018: 262956. [تم الاستشهاد به في 9 أغسطس 2018]. متاح من: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/02/09/262956.

Rinke C و Schwientek P و Sczyrba A و Ivanova NN و Anderson IJ و Cheng JF et al. نظرة ثاقبة على التطور النسبي وإمكانات الترميز للمادة المظلمة الميكروبية. طبيعة سجية. 2013499: 431-7.

Deorowicz S ، Debudaj-Grabysz A ، Gudyś A. FAMSA: محاذاة تسلسلات متعددة سريعة ودقيقة لعائلات البروتين الضخمة. مندوب علوم .2016: 33964.

Capella-Gutiérrez S، Silla-Martínez JM، Gabaldón T، et al. المعلوماتية الحيوية. 200925: 1972–3.

نغوين إل تي ، شميدت ها ، فون هايسلر أ ، مينه بك. IQ-TREE: خوارزمية عشوائية سريعة وفعالة لتقدير سلالات الاحتمالية القصوى. مول بيول إيفول. 201532: 268–74.

Whelan S ، Goldman N. نموذج تجريبي عام لتطور البروتين مشتق من عائلات بروتين متعددة باستخدام نهج الاحتمالية القصوى. مول بيول إيفول. 200118: 691-9.

هويرتا سيباس J، سيرا F، بورك P.ETE 3: إعادة بناء وتحليل وتصور بيانات النشوء والتطور. مول بيول إيفول. 201633: 1635-168.

El-Gebali S و Mistry J و Bateman A و Eddy SR و Luciani A و Potter SC وآخرون. قاعدة بيانات عائلات البروتين Pfam في عام 2019. الأحماض النووية الدقة. 201947: D427–32.

Kanehisa M و Sato Y و Morishima K. BlastKOALA و GhostKOALA: أدوات KEGG للتوصيف الوظيفي لتسلسل الجينوم والميتاجينوم. J مول بيول. 2016428: 726–31.

ألتشول إس إف ، جيش دبليو ، ميلر دبليو ، مايرز إي دبليو ، ليبمان دي جي. بسيطة أداة بحث المواءمة المحلية. J مول بيول. 1990215: 403-10.

Enright AJ، Van Dongen S، Ouzounis CA. خوارزمية فعالة للكشف على نطاق واسع عن عائلات البروتين. الدقة الأحماض النووية. 200230: 1575-1584.

Marçais G، Delcher AL، Phillippy AM، Coston R، Salzberg SL، Zimin A. MUMmer4: نظام محاذاة جينوم سريع ومتعدد الاستخدامات. بلوس كومبوت بيول. 201814: e1005944.

Li H. Minimap2: محاذاة زوجية لتسلسل النيوكليوتيدات. المعلوماتية الحيوية. 201834: 3094-100.

R Development Core Team R. R: لغة وبيئة للحوسبة الإحصائية [الإنترنت]. 2011. متاح من: http://www.r-project.org.

Storey JD ، Tibshirani R. الأهمية الإحصائية للدراسات على مستوى الجينوم. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003100: 9440-5.

إرين آم ، موريسون هج ، ليسكولت بي جيه ، ريفيلاود جيه ، فينيس جيه إتش ، سوجين مل. الحد الأدنى من تحلل الانتروبيا: تنميط القلة غير الخاضع للإشراف للتقسيم الحساس لتسلسلات الجينات الواسمة عالية الإنتاجية. ISME J. 20149: 968–79.

Huse SM و Dethlefsen L و Huber JA و Mark Welch D و Welch DM و Relman DA وآخرون. استكشاف التنوع الميكروبي والتصنيف باستخدام تسلسل العلامات مفرط المتغير SSU rRNA. بلوس جينيت. 20084: e1000255. مركز جوزفين باي بول للبيولوجيا الجزيئية المقارنة والتطور ، مختبر الأحياء البحرية ، وودز هول ، ماساتشوستس ، الولايات المتحدة الأمريكية.

Ginestet C. ggplot2: رسومات أنيقة لتحليل البيانات. J R Stat Soc Ser A Stat Soc. 2011174: 245-6.

Seabold S ، Perktold J. Statsmodels: النمذجة الاقتصادية والإحصائية باستخدام Python. في وقائع مؤتمر بايثون التاسع في العلوم. 2010. ص. 57-61.

شيبر أ ، مارك ويلش جيه إل ، إرين آم. بيانات التسلسل لـ amplicons ، والقراءات الطويلة ، و metagenomes بندقية الصيد ، والجينومات المجمعة metagenome من عينات الفم البشرية. المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية. 2020. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/؟term=PRJNA625082.

شيبر أ ، إرين آم. عملات بيانات Anvi'o قابلة لإعادة الاستخدام من أجل الجينوميات الجينية التي تم حلها في تجويف الفم البشري. فيجشار. 2020. https://figshare.com/projects/Data_for_Oral_TM7s_by_Shaiber_et_al_2020_/74301.


المواد عبر الإنترنت

يتوفر مستودع كامل للمعلومات والبرامج التعليمية ووصف كامل للإجراءات على GitHub (https://github.com/rfitak/Circular_Biology). يتضمن ذلك أساس حساب المتوسط ​​الإحصائي يدويًا (https://github.com/rfitak/Circular_Biology/blob/master/Circular_data_by_hand.pdf) وكيفية استخدام البرنامج R (https://github.com/rfitak/ Circular_Biology / blob / master / Circular_ data_exercise.md).

تم جمع بيانات توجيه حشرة حبوب منع الحمل المقدمة هنا خلال فترتين دراسيتين من الدورة الصيفية لجامعة ديوك Bio190S (علم الأحياء الحسي - البصر والرائحة والذوق واللمس والصوت وما بعده) التي تدرس من قبل E.M.C. (مدرس التسجيل) و R.R.F. (محاضر ضيف). قدم مكتب دوق للدراسات المستمرة والدورة الصيفية التمويل للمواد. نشكر أيضًا الطلاب المشاركين في دورة Bio190S على مساهماتهم المفيدة في تحسين النشاط.


مقدمة

مع نمو سكان العالم بمعدلات غير مسبوقة مع الطلب المتزامن على الموارد الطبيعية ، تواجه البشرية الحاجة إلى تطوير طرق للعيش بشكل أكثر استدامة على الأرض. يتطلب العيش بشكل مستدام الموازنة بين الاهتمامات المتعلقة برفاهية الإنسان وتلك المتعلقة بحماية النظم البيئية التي تعتمد عليها الحياة (Walker & amp Salt، 2006). يتطلب إيجاد هذا التوازن فهم الأوجه العديدة والمتعددة التخصصات في العادة لأي مشكلة معينة وكيفية ترابطها (اليونسكو ، 2003). يتم ترميز هذه العلاقات المتبادلة بشكل متزايد في مجموعات البيانات الكمية الكبيرة والمعقدة في مصادر متعددة للمعلومات (Schultheis & amp Kjelvik ، 2015). وهذا يجعل محو الأمية المعلوماتية أمرًا حيويًا للنجاح المستقبلي للمجتمع الحاجة إلى الطلاب الجامعيين لتطوير المهارات الكمية لتحليل هذه المعلومات واستخلاص النتائج منها بشكل خاص ، حيث ترك الكثيرون المدرسة الثانوية بمهارات كمية غير كافية (Massey، 1989 Foreman & amp Steen، 1999 وزارة التعليم الأمريكية ، 1996 AAAS ، 2011). نتيجة لذلك ، من الضروري أن تتاح للطلاب الجامعيين الفرصة لتطوير المهارات الكمية ومحو الأمية المعلوماتية ، خاصة في سياق المشكلات البيولوجية في العالم الحقيقي التي سيواجهونها في المستقبل بغض النظر عن تخصصاتهم وأهدافهم المهنية المعلنة.

أحد الأمثلة على مشكلة العالم الحقيقي هو أزمة الغذاء الكوكبية الناشئة. من المتوقع أن يصل عدد سكان الأرض إلى تسعة مليارات بحلول عام 2050 ، ولتلبية الاحتياجات الغذائية لهؤلاء السكان ، ستحتاج الغلات الزراعية إلى زيادة بنسبة 70-100 في المائة (AAM ، 2012). إن مجرد الارتقاء بالعمليات الزراعية الصناعية الحالية ليس حلاً قابلاً للتطبيق لأنه سيزيد من الطلب غير المستدام بالفعل على المياه وكذلك الموارد اللازمة لتصنيع الأسمدة (Metson et al.، 2013 Kim & amp Lauder، 2013). هذه القضايا ، وغيرها من القضايا المتعلقة بالزراعة الصناعية ، يتساءل البعض عما إذا كانت الزراعة الموزعة ، والتي يتحمل فيها الناس مسؤولية زراعة بعض طعامهم ، قد يعيدون توزيع الموارد بشكل أكثر كفاءة و / أو يقلل الطلب على الموارد. على سبيل المثال ، سيتم تقليل استخدام الوقود الأحفوري حيث يشتري الناس منتجات مستزرعة أقل صناعيًا يتم نقلها لمسافات طويلة من المناطق الريفية إلى المناطق الحضرية (Evans et al. ، 2012). قد تزيد الزراعة الموزعة من إمكانية الوصول إلى أغذية مغذية وأكثر أمانًا ، حيث يمكن أن تفقد المنتجات من المزارع الصناعية قيمة غذائية كبيرة أثناء النقل (Rickman et al. ، 2007) وهي معرضة لخطر التلوث الميكروبي حيث يتم التعامل معها أثناء المعالجة (على سبيل المثال ، Opara ، 2003).

أحد المحاصيل التي قد تجعل الزراعة الموزعة ممكنة ، حتى بالنسبة لسكان الحضر والبستانيين عديمي الخبرة ، هي الخضر الصغيرة. ومع ذلك ، فقد قيمت القليل من الدراسات العلمية إمكانات الخضر الصغيرة لتكون محصولًا مستدامًا يخدم الاحتياجات الغذائية للإنسان. يمكن إجراء مثل هذه التقييمات من خلال التجارب والتحليلات الكمية في وحدة المختبر الموضحة أدناه (الشكل 1). تُشرك هذه التجارب الطلاب الجامعيين في أبحاث الاكتشاف ، والتي ارتبطت بزيادة تحفيز الطلاب ومكاسب التعلم (NRC ، 2003 Weaver et al. ، 2008 AAAS ، 2011) ، مع دمج التحليلات الكمية ومحو الأمية البيولوجية والمعلوماتية في دورات علم الأحياء التمهيدية (الجدول 1) ). يتوافق هذا التكامل مع التوصيات الصادرة عن الجمعية الأمريكية لتقدم العلوم (AAAS ، 2011) لمراجعة تعليم الأحياء الجامعية ويعمل على تحقيق معايير الكفاءة لمحو الأمية المعلوماتية للتعليم العالي التي حددتها جمعية مكتبات الكليات والبحوث (ACRL ، 2000) ).


شاهد الفيديو: مصادر الطاقة المتجددة و ترشيد استهلاك الطاقة للصف السادس (قد 2022).


تعليقات:

  1. Voodooran

    أجد أنك لست على حق. يمكنني إثبات ذلك.اكتب في PM.

  2. Dorion

    أتفق بشدة مع العبارة السابقة

  3. Estevan

    أنا أحب هذا

  4. Gardalmaran

    السؤال مثير للاهتمام ، أنا أيضًا سأشارك في المناقشة.

  5. Ciardubhan

    في رأيي تمت مناقشته بالفعل

  6. Oswin

    أعتقد أنك مخطئ. يمكنني إثبات ذلك. أرسل لي بريدًا إلكترونيًا إلى PM ، سنناقش.

  7. Martino

    أنا اشترك في كل ما سبق. دعونا نناقش هذه القضية. هنا أو في PM.



اكتب رسالة